Впоследствии Морриса винили за то, что он прибыл в Триполи с большой задержкой. Однако, согласно его собственному рассказу, только 25 февраля был закончен ремонт на «Джоне Адамсе», а доставленные на нем запасы распределены по другим кораблям. Эскадра вышла в море 30 января. Но тем временем «Энтерпрайз» совершил несколько неудачный захват. Императорская полякра «Паолина» была загружена для Триполи на Мальте, и Моррис направил «Энтерпрайз» 15-го, чтобы тот дождался ее ухода. Захват был осуществлен 17-го, и на следующий день два корабля вернулись. К сожалению, часть груза принадлежала тунисским подданным, и это вызвало осложнения.
Американский консул в Тунисе, Уильям Итон, с энтузиазмом поддержал схему, предложенную Кэткартом, его коллегой из Триполи, направленную на помощь Хамету, законному паше Триполи, против фактического правителя, его младшего брата Юсуфа. К сожалению, Итон очень плохо уживался с большинством американских военно-морских командиров, с которыми ему приходилось контактировать. Он резко критиковал Бейнбриджа за согласие везти алжирского посла в Константинополь на борту «Джорджа Вашингтона», а Бэррона с «Филадельфии» – за неэффективность его так называемой блокады Триполи зимой 1801/02 года. Но самыми эмоциональными были его столкновения с Мюрреем с «Констеллейшн».
В марте 1802 года, в качестве меры самозащиты, Юсуф предложил назначить Хамета губернатором Дерны, что на восточном краю его владений, и Хамет, тогда находившийся в Тунисе, вероятно, был склонен согласиться. Но это не согласовывалось с планами Итона, и он на собственный страх и риск привлек 14-пушечное торговое судно «Глория» на государственную службу и отправил его со следующими инструкциями капитану: потребовать от Макнейла с «Бостона» перехватить судно, на котором собирался путешествовать Хамет, или, если необходимо, сделать это самому.
Макнейл был вполне готов согласиться, но тем временем Итон сумел убедить Хамета отправиться на Мальту для встречи с американским коммодором. Поэтому он послал «Глорию» – все еще в роли военного корабля – в Гибралтар, чтобы сообщить коммодору, когда тот прибудет, о договоренности. «Глория» достигла Гибралтара 25 апреля, и десятью днями позже письма были доставлены Мюррею на «Констеллейшн». Но Мюррей не одобрил оба плана Итона, равно как и его использование «Глории», и на месте освободил судно от государственной службы. Что касается Хамета, он пробыл на Мальте с середины апреля до середины августа и в конце концов отправился в Дерну на британском корабле, отклонив предложение Мюррея доставить его туда на «Констеллейшн».
Когда Моррис 30 января 1803 года покинул Мальту, он послал «Энтерпрайз» в Тунис, уведомив Итона, что намерен сначала навестить Триполи, но надеется присоединиться к нему уже через несколько дней. Поскольку он собирался попытаться вступить в переговоры, а если не получится, блокировать порт, это обещание выглядит несколько самонадеянным. Но так случилось, что его остановила ненастная погода, и 11 февраля он вернулся на Мальту, даже не увидев ни Триполи, ни Туниса. 19-го он снова вышел в море и 22-го бросил якорь на некотором расстоянии от Голетты. Итон прибыл на шлюпке с «Энтерпрайза» и сообщил, что бей угрожает войной, если «Паолина» не будет немедленно освобождена. На это Моррис 24-го ответил, что хочет передать это дело на рассмотрение британского адмиралтейского суда в Гибралтаре, поскольку на Мальте такого не было.
26-го Моррис и Кэткарт высадились на берег и направились в Тунис, где 28-го получили аудиенцию у бея. Тот заявил, что любое решение о правомерности захвата должно приниматься в Тунисе, и в конце концов Моррис согласился освободить ту часть груза, которая является тунисской собственностью. Эта договоренность была достигнута 2 марта, но в течение следующих двух дней были выдвинуты новые требования, и не приходилось сомневаться, что процесс продолжится. Поэтому Моррис решил покинуть Тунис без прощальной аудиенции.
Он как раз собирался отплыть в Голетту, но его догнал агент бея и потребовал возврата 34 тысяч долларов, которые ему должен Итон, и не позволил ему уехать. После новой аудиенции 5-го Моррис согласился на это требование, а Итон пустился в споры с беем и получил приказ покинуть страну. Моррис вернулся на «Чесапик» 6-го, а Кэткарт – тремя днями позже. 10-го фрегаты ушли, а 12-го Итон на «Энтерпрайзе» присоединился к ним в Порто-Фарина, оставив исполнять обязанности консула корабельного врача Дэвиса.
Из Порто-Фарина эскадра направилась в Алжир, а оттуда в Гибралтар, куда прибыла 23 марта. Моррис перешел на «Нью-Йорк», а бывший капитан этого корабля, Бэррон, 6 апреля отплыл домой на «Чесапике». «Адамс» с Кэткартом на борту5 7-го отправился в Ливорно с конвоем, а Моррис с тремя оставшимися кораблями 11-го ушел на Мальту. Мавританская «Мешуда» после двухлетнего простоя вышла в море 8-го. Моррис согласился соблюдать консульские гарантии безопасности корабля.