Подготовка к высадке началась сразу. Британские «морские пехотинцы» находились на «Горгоне». Еще три парохода привезли турецкие войска. На следующий день после обманного маневра все силы были высажены на берег в бухте Джуния, в 10 милях к северо-востоку от Бейрута. Высадку прикрывали «Пауэрфул», «Ревендж», «Тандерер», «Кастор», «Пика», «Дидо» и «Уосп», а также «Мукадим-и-Хаир» и еще два турецких корабля. Полковник сэр Чарльз Смит, который вышел на «Пике», чтобы командовать британским десантом, заболел, и его функции весь следующий месяц выполнял Нейпир.
Остальные корабли союзников оставались у Бейрута, и в ночь на 12-е, после того как Солиман-паша отверг предложение эвакуировать город, он подвергся массированному обстрелу, и его фортификационные сооружения были в значительной степени разрушены. Однако никаких попыток не было сделано, чтобы развить успех, и 16-го британский и австрийский адмиралы переместились к Джунии, оставив только «Гастингс» и «Эдинбург», которые периодически делали несколько выстрелов «для тренировки».
Тем временем попытка взять Гебал, расположенный в 10 милях к северу, кораблями «Кэрисфорт», «Дидо» и «Циклоп», была отбита, причем высадочные партии понесли некоторые потери. Но после возобновления обстрела гарнизон ушел и городом завладели жители. Батрун, расположенный в нескольких милях к северу, был легко взят «Кэрисфортом» и «Циклопом» 15-го, и здесь, как и в других местах, жителям сразу раздавалось оружие для использования против своих египетских хозяев. «Бенбоу», который ушел из Бейрута 14-го, взял с собой «Кэрисфорт» и бриг «Зебра» в Батруне, и 18-го эти корабли подошли к Триполи. Это место располагалось слишком далеко от берега, чтобы его можно было обстрелять с кораблей, но на следующий день некоторый ущерб все же был нанесен обращенным в сторону моря окрестностям. После этого три корабля направились в северном направлении и 21-го овладели островом Руад. Затем 24-го последовала лодочная атака на Тортозу (Тартус), но здесь лодки попали под сильный огонь и сели на мель, в результате чего нападавшие понесли значительные потери, так и не добившись цели.
Двигаясь в противоположном направлении, «Кастор» и «Пика» совместно с турецким фрегатом «Деван» 17-го взяли Хайфу, а 24-го – Тир. Атака на Сидон уже была запланирована и должна была выполняться линкором «Тандерер» капитана Беркли и бригом «Уосп», австрийским фрегатом «Герриера» под командованием эрцгерцога Фридриха и турецким корветом «Гуль Сефид». Однако Нейпир настоял, что он, как старший офицер, должен принять командование, и обещал завершить операцию и вернуться к исполнению своих обязанностей на берегу в течение сорока восьми часов. После некоторых колебаний Стопфорд согласился, и 25-го после наступления темноты Нейпир покинул Джунию на «Горгоне». С ним был второй пароход, «Циклоп», и оба были нагружены войсками. На следующее утро он встретил в море корабли Беркли, и к нему также присоединились пароход «Стромболи», только что прибывший из Англии, и «Гидра» капитана Уокера, возвращавшаяся после обследования возможностей Тира как береговой базы.
Предложение сдаться было тотчас отвергнуто, и последовал короткий обстрел. Затем началась высадка, в которой участвовали и Нейпир, и Уокер, и эрцгерцог Фридрих. После упорной борьбы город сдался. Некоторые пленные оказались в Джунии тем же вечером. И сам Нейпир, оставив Беркли у Сидона, прибыл туда, как и обещал, на следующий день.
С падением Сидона союзники стали получать все более активную поддержку населения страны и смогли начать планирование нападения на Бейрут. Нейпир, снова ставший генералом, должен был действовать в соединении с местными нерегулярными войсками и преградить египтянам путь к отступлению, в то время как корабли Стопфорда атаковали с моря. Эти планы были сорваны неожиданной эвакуацией города, которую Солиман-паша провел в ночь на 9 октября. В тот же день Стопфорд написал Нейпиру, что сэр Чарльз Смит вернулся к исполнению своих обязанностей главнокомандующего наземными силами и он не должен предпринимать никаких действий до дальнейших распоряжений. 10-го он написал, что падение Бейрута полностью изменило ситуацию и теперь Нейпир должен отойти к берегу. Этот же приказ он подтвердил, несмотря на протесты Нейпира.
Вместо того чтобы подчиниться, Нейпир поступил наоборот. И хотя он столкнулся с Ибрагимом, а не с Солиманом, и еще не установил контакт с союзниками, но все же атаковал и благодаря личной храбрости одержал решающую победу. Если бы его постигла неудача, ему несомненно пришлось бы предстать перед военным трибуналом. А так он получил от Стопфорда письмо с поздравлениями. После этого он вернулся на «Пауэрфул» и снова приступил к обязанностям коммодора.