Все путешествия давались непросто и были сопряжены с опасностью для жизни. Собственно, экспедиции и забрали у Николая Михайловича жизнь, когда ему не было еще и пятидесяти… Вот один лишь эпизод, когда он встретил в горах стадо яков. Выстрелами Пржевальский убил одного яка и ранил другого, который убежал. «…Я вернулся к ранее убитому яку. Досмотрел его, и так как до бивуака было далеко, да при том шкура зверя местами оказалась попорченною во время драк в период течки, то я отрезал только хвост и заткнул его себе сзади за поясной ремень. Затем направился к бивуаку, как раз по той долине, по которой убежал сильно раненый як. Последний не мог уйти далеко и залег на равнине. Подпустив меня шагов на сто двадцать, зверь встал и сначала шагом, а потом рысью бросился прямо ко мне. В это время у меня осталось только два патрона. Первым из них я ударил яка шагов на семьдесят; вторым – шагов на пятьдесят. Однако зверь не повалился от этих новых пуль, но, пробежав еще шагов десять или двадцать, остановился против меня, с наклоненными рогами и поднятым кверху хвостом, которым беспрестанно помахивал. Ружье мое в это время было пусто, а рассвирепевший як стоял так близко, что можно было различить не только небольшие его глаза, но даже видеть, как краснели раны на груди и капала кровь из морды. Сильно испугался я в ту минуту… Действительно, будь як поумнее и решительнее – он убил бы меня наверняка, так как на ровной степной долине спрятаться было негде, да и некогда. На крайний случай я поспешно вынул из-за спины заткнутый туда яковый хвост и повернул свою берданку ложею вперед, рассчитывая, при окончательном нападении зверя, бросить ему в глаза мохнатый хвост, а затем ударить со всего размаха винтовкою по голове – но что мог сделать подобный удар гигантскому черепу, который не пробивает наискось попавшая штуцерная пуля! Минуту или две, мы оба, т. е. як и я, оставались неподвижны, зверь только помахивал хвостом, но не изменял своей позы и не подвигался вперед; затем опустил хвост и приподнял голову – знак, что раздраженное состояние начало успокаиваться. Тогда я решил отступать и, пригнувшись к земле, пополз прочь, не спуская глаз с зверя. Шагов через шестьдесят я выпрямился и пошел быстрее; як же продолжал стоять на прежнем месте и только поворачивал головою по мере того, как я делал круговой обход по узкой долине. Лишь удалившись шагов на двести от зверя, я вздохнул свободнее и быстро направился к своему бивуаку, давши мысленно клятву всегда брать с собою на звериную охоту в Тибете запасную пачку патронов».
Пржевальский во время первого путешествия узнал от монголов о мифическом озере Лобнор. Его поискам ученый посвятил вторую свою экспедицию в 1876–1877 гг., во время которой открыл это озеро, а также реку Черчен-Дарью и огромный хребет Алтынтаг длиной 800 км и максимальной высотой 6161 м. Ученый изучал хребет в неимоверно тяжелых условиях в течение 40 дней. Исследования включали астрономическое определение, описание и съемку объектов, сбор экспонатов, орнитологические и климатологические наблюдения. Открытие хребта пролило свет на многие исторические события и на географию местности, уточнило северную границу Тибетского нагорья и сдвинуло ее на 300 км севернее. Алтындаг был признан всеми географами мира крупнейшим географическим открытием XIX столетия. Знаменитый немецкий геолог, географ и путешественник Ф. фон Рихтгофен, наставник многих европейских ученых, назвал Пржевальского «гениальным исследователем».
Пржевальский открыл тайну гор, имевшую отношение к направлению пустынных бурь в Центральной Азии. В Джунгарской пустыне ученый обратил внимание на то, что с утра поднимался сильный, неизменно западный и северо-западный ветер. Он объяснил это так: оттого, что в высоких восточных нагорьях воздух разрежен, там скалы и песок нагреваются быстро и отдают свое тепло воздуху. Западные же склоны в это время находятся в тени, и температура там гораздо ниже. «Отсюда в тысяче тысяч пунктов образуется ветер, который, раз возникнув, уже не имеет препон на безграничных равнинах пустыни, но, постоянно усиливаясь, вскоре превращается в бурю. А так как более тяжелый, холодный воздух находится на западной стороне предметов, то понятно, что и движение бури должно быть с запада на восток».