Русская община пережила военные годы на Святой Земле спокойнее, чем в любой другой части света. Военных действий здесь не велось, а ужесточение британского полицейского режима русских напрямую не коснулось. Англичане продолжали платить арендную плату за занимаемые ими русские здания. Пусть сумма и не индексировалась по ходу роста цен, плата за аренду составляла до 90 % доходов русских организаций на Святой Земле. Во внутренние дела англичане не вмешивались и ни на чем не настаивали. Когда уже в конце войны они просили отслужить в Троицком соборе молебен о победе союзников, начальник РДМ объяснил, что это затруднительно, поскольку первоиерарх РПЦЗ митрополит Анастасий находится на германской территории. Англичан такое объяснение удовлетворило, и они не стали рассматривать отказ как проявление нелояльности.
Поскольку митр. Анастасий (первоиерарх РПЦЗ) после смерти митр. Антония (Храповицкого, в 1936 г.) находился в Европе (и к тому же на подконтрольной немцам территории), в годы войны Русской миссией управлял архим. Антоний (Синкевич), начальник РДМ. Архим. Антоний (1903–1996) происходил из киевской священнической семьи, в эмиграции сначала жил в Сербии, а затем почти 20 лет служил на Святой Земле – с 1933 по 1951 г. В 1951 г. он стал епископом Русской Зарубежной церкви в Калифорнии и являлся одним из главных сторонников и организаторов канонизации Царской Семьи и новомучеников в РПЦЗ в 1981 г. Надо сказать, что владыка Антоний был, по воспоминаниям современников, очень жестким человеком, непримиримым в отношении сближения с церковью в России. Он не любил архиепископа Иоанна (Максимовича) и был противником его канонизации. Возможно, жесткая позиция архиеп. Антония в отношении церкви в России сформировалась в 40-е годы на Святой Земле, когда там появилась миссия Московского патриархата и связанные с этим проблемы.
Союзнические отношения Великобритании и Советского Союза не могли не вызывать беспокойства у русских на Святой Земле, ведь еще с начала 20-х годов Советский Союз пытался национализировать собственность Русской Миссии и Палестинского Общества. Но тогда англичане даже не отвечали на подобные предложения: официальный атеизм Советского государства противоречил тому, каким образом основатели «русской Палестины» предполагали использовать недвижимость и материальные ресурсы своих религиозных и благотворительных учреждений. После совместно перенесенной войны Англия не могла так просто игнорировать пожелания Советского Союза, армия которого теперь стояла во всех странах Восточной Европы.
Паломничество патриарха Алексия I (Симанского) на Святую Землю. 1945 г
Одним из важнейших событий в Русской церкви в конце войны было избрание московским патриархом Алексия (Симанского). Еще в 1943 г. патриархом был провозглашен митр. Сергий (Старогородский, 1867–1944), но его назначение было проведено без созыва собора и являлось, скорее, переменой титула. Патриарх Алексий был избран в феврале 1945 г. Поместным собором – первым после Московского собора 1917–1918 г. Избрание патриарха на соборе придало легитимность этому избранию в глазах других поместных церквей, а также многих «непоминающих» – духовенства и мирян русской церкви в Советском Союзе, которые отказывались поминать митр. Сергия (Старогородского). Епископ Афанасий (Сахаров) – в свое время один из лидеров «непоминающих» – так писал об этом в мае 1955 г.:
«В настоящее время положение церковных дел совершенно не похоже на то, что было при митрополите Сергии. Митрополита Петра, конечно, нет в живых… Иного первоиерарха, кроме Патриарха Алексия, в Русской Церкви нет. Его признали таковым все Восточные Патриархи. Его признали все русские иерархи. Не дерзаю уклоняться от него и я… Может быть, иное в деятельности Патриарха Алексия соблазняет, смущает, заставляет ревнителей насторожиться. Но все это не лишает его, ни подведомственное ему духовенство благодати… Поэтому, когда в 1945 году, будучи в заключении, я и бывшие со мною иереи, не поминавшие митрополита Сергия, узнали об избрании и настоловании Патриарха Алексия, мы, обсудивши создавшееся положение, согласно решили, что так как, кроме Патриарха Алексия, признанного всеми Вселенскими Патриархами, теперь нет иного законного первоиерарха Русской поместной Церкви, то нам должно возносить на наших молитвах имя Патриарха Алексия, как Патриарха нашего, что я и делаю неопустительно с того дня».