Визит патриарха Алексия на Ближний Восток был поневоле частью этой советской политики, поэтому Святейшего патриарха полностью контролировали в передвижениях, речах и контактах. Как это делалось, мы и сегодня знаем лишь отчасти. Так, например, на фотографиях, запечатлевших патриарха и его спутников во время паломничества, среди прочих изображен молодой иеромонах Ювеналий (Лунин). Этого человека генерал П. А. Судоплатов в своих воспоминаниях потом называл «асом советской разведки, который хорошо освоился в профессии священнослужителя». В годы войны он – тогда еще попросту И. И. Михеев – был разведчиком в тылу у немцев, сделавшись иподиаконом епископа Василия (Ратмирова) на оккупированных территориях, затем «служил» в Псково-Печерском монастыре (участвовал в так называемой операции «Послушники»). И. И. Михеев уже в глубокой старости рассказывал в интервью: «В конце войны меня отозвали в Москву: предстояло выполнить новое задание и готовиться к зарубежной командировке». Новым заданием стало сопровождение патриарха Алексия (Симанского) на Святую Землю. Перед поездкой майор НКВД Иван Михеев был пострижен в монахи и рукоположен в священный сан с именем Ювеналий (Лунин), сопровождал патриарха в его паломничестве, после чего совершил еще и поездку в Англию. Вскоре по возвращении в Советский Союз он сложил с себя сан и продолжил работу в органах. Помимо него, делегацию патриарха сопровождало большое число «личной охраны в штатском» (из указания Сталина перед поездкой).
Одной из целей пребывания патриарха Алексия в Иерусалиме была подготовка к возможной передаче Русской Духовной Миссии в управление Московскому патриархату. Учитывая союзнические отношения Великобритании и Советского Союза, а также хорошие отношения Московской патриархии с восточными патриархами, Русской миссии в Иерусалиме было чего опасаться.
По согласованию с британскими властями в Иерусалиме, патриарх Алексий посетил Елеонский и Гефсиманский монастыри. Интересны воспоминания о его визите иерусалимской монахини Таисии:
«За несколько дней до приезда [патриарха Алексия] в Палестину архимандрит [о. Антоний (Синкевич)] был предупрежден иерусалимским губернатором об этом событии: было дано понять, что ворота обители должны быть открыты для посещения Патриархом, но предоставлена полная свобода в характере приема [очень по-английски!]. […] Его посещение было назначено в 4:30 ч. веч., время нашего вечернего богослужения. Незадолго до его приезда у ворот обители появился наряд моторизованной вооруженной английской полиции, которая возвестила о прибытии гостей. Служба уже началась. Все сестры были в храме. Я вышла в притвор, чтобы лучше видеть всех сестер; оглянулась назад, и увидела вдали нашей длинной аллеи, ведущей от врат обители, странное шествие: два белых клобука [Патриарха и митрополита Николая Крутицкого], окруженных духовенством греческим, сирийским и своим, и целой толпой, в черных рубашках, чекистов; по обе стороны их шли по два английских полицейских с ручными пулеметами, готовыми на прицел.
[…] С приближением шествия к храму я прошла внутрь его. Патриарх и все его окружение дошли до середины церкви и остановились; ни одна сестра не двинулась. В момент его входа в храм певчие пели псалом: “Блажен муж, иже не иде на совет нечестивых”. Царские врата оставались закрытыми. Греческий Архиепископ Афинагор прошел в алтарь и раскрыл царские врата. Патриарх прошел через южные [двери] и все духовенство за ним.
[…] Архидиакон, сопровождавший Патриарха, проходя с ним к выходу, обратился к сестрам, стоявшим по обе стороны храма с опущенными вниз глазами, со словами: “Матушки, что вы не подходите взять благословение у Святейшего?” Все сестры продолжали стоять и молились. Кто-то из стоявших рядом с патриархом расслышал его реплику: “Ну и дисциплина у архимандрита Антония!” Так же встретили патриарха и в Гефсиманском саду». Начальник РДМ о. Антоний (Синкевич) действительно старался всеми способами пресекать «промосковские» настроения среди членов миссии и русских монашествующих.