Начальником зарубежной РДМ в те годы являлся архим. Димитрий (Биакай), который был не намного старше, чем о. Пимен, и принадлежал ко второй волне эмиграции. Он жил и принял постриг в Киеве, а на Западе оказался лишь в конце войны. Был духовным чадом схиархиепископа Антония (Абашидзе), недавно прославленного в лике святых Киевской митрополии. Мог ли о. Пимен, побывавший в войну на оккупированной немцами Смоленщине, сам оказаться на его месте?..
В то время намерения московской стороны в отношении зарубежной РДМ не оставляли сомнений: «Впереди будет предстоять важный вопрос, – пишет о. Пимен патриарху в марте 1957 г., – полное отторжение у раскольников наших церквей, земель и вообще всего имущества путем судебным или иным путем, но в настоящий момент делать какие-либо капитальные шаги в этом направлении несколько преждевременно, ибо политические условия для этого мероприятия еще не созрели и даже, я бы сказал, в какой-то степени отдаляются» (с. 433).
Летом 1957 г. архим. Пимен вернулся в Москву и вскоре был назначен наместником Троице-Сергиевой лавры (там им был пострижен в монашество будущий митрополит Волоколамский Питирим). Его преемником на Святой Земле стал о. Никодим (Ротов), в будущем митрополит Ленинградский, один из виднейших церковных деятелей Русской церкви 60-70-х годов.
Будущий митр. Никодим (Ротов. 1929–1978) был одним из выдающихся русских епископов. Митрополит Ленинградский и председатель Отдела Внешних Церковных Сношений, он нашел пути противостояния церкви советской власти без видимого нарушения границ дозволенного. Участие Московской патриархии в международном экуменическом движении стало эффективным способом выживания во время хрущевских гонений. В его епархии не стало ни на один храм меньше, и он находил пути к сохранению духовных школ и поставлению новых епископов в такие времена, когда имелось указание властей не рукополагать новых епископов: советская власть думала взять церковь «кадровым измором». Многих из старых архиереев русской церкви и сегодня нередко называют «никодимовцами»: они были выдвинуты и воспитаны покойным Ленинградским митрополитом.
В феврале 1956 г. о. Никодим был назначен членом миссии в Иерусалиме, а с 1957 по 1959 г. являлся начальником московской РДМ. «Регулярно все время совершаются богослужения, – писал о. Никодим в Москву, – как это бывает у нас, когда два священника обслуживают четыре храма: в Иерусалиме литургия бывает неопустительно, в Яффе в воскресные дни попеременно или литургия, или молебен с акафистом. В Хайфе богослужение бывает через воскресенье. Стараемся и в Горнем совершать регулярные богослужения, но это не всегда удается» (с. 498).
В Иерусалиме о. Никодим занимался не только текущими делами миссии: он интересовался также историей РДМ и работал в архивах. Если о. Киприан (Керн) готовил в Иерусалиме книгу об о. Антонине (Капустине), которую окончил и издал после отъезда, то о. Никодим написал в годы своего пребывания на Св. Земле «Историю Русской Духовной Миссии в Иерусалиме» и в 1959 г. был удостоен за нее степени кандидата богословия в Ленинградской Духовной Академии.
В марте 1959 года, по возвращении в Москву из Иерусалима, он был назначен заведующим канцелярией Московской патриархии, а 1960 г. – рукоположен во епископа.
После о. Никодима (Ротова) начальником московской РДМ в 1959–1961 гг. являлся о. Августин (Судоплатов, 1912–1979). У него была биография одного из самых загадочных начальников Русской миссии Московского патриархата. Он принял монашество и был рукоположен в возрасте 43 лет, до этого занимая должность директора школы в Астрахани. В войну служил кадровым офицером. Уже на следующий год после пострига о. Августин был возведен в сан архимандрита и назначен наместником Псково-Печерского монастыря – в годы, когда в монастыре было немало вернувшихся на родину русских эмигрантов. Пробыв три года наместником монастыря, он стал начальником РДМ. Главным его делом на этом месте была подготовка второго паломничества патриарха Алексия (Симанского) на Ближний Восток и Святую землю, которое состоялось в ноябре-декабре 1960 года – в разгар хрущевских гонений на Церковь. После этого архим. Августин пропадает из поля зрения церковного служения почти на десять лет – с тем, чтобы в 1970 году возникнуть вновь в качестве наместника Троице-Сергиевой лавры. Наместником его назначили сразу после смерти патриарха Алексия (предыдущий наместник был возведен в архиереи), и на этом посту он оставался все время, пока в лавре проходил Поместный собор, на котором был избран новый патриарх Пимен.
За два года своего наместничества о. Августин жил в лавре недолго: считается, что он находился где-то неподалеку на даче. Скончался в Астрахани в 1979 г.