Громадную роль сыграл авторитет неутомимого наместника Лавры в борьбе с ересью обновленчества, что вызвало явное неудовольствие богоборческих властей. За время своего служения епископ Григорий трижды подвергался арестам по заведомо ложным обвинениям и провел, в общей сложности, более года в застенках внутренней тюрьмы ЧК на Шпалерной. Здесь держался он мужественно и с достоинством. По свидетельству очевидцев, отвечал на вопросы «безбоязненно, но любезно…»
В августе 1928 года, ввиду сложной обстановки внутри Церкви, владыка Григорий добровольно ушел на покой. Великой скорбью отозвались в его душе разногласия, возникшие между Заместителем Патриаршего Местоблюстителя митрополитом Сергием (Страгородским) и Ленинградским митрополитом Иосифом (Петровых). Однако, наместник Лавры открыто не принял ни ту, ни другую линию. Пользуясь древним правом ставропигии, которое имела Лавра, он никому не подчинялся и поминал лишь Патриаршего Местоблюстителя митрополита Петра, находившегося в заточении.
В своем прошении митрополиту Сергию об увольнении на покой он писал: «…Линия моего церковного поведения и руководства в направлении укрепления единства Церкви вне ориентировки на личности учитывается Вами как ошибочная, а я считаю ее, в условиях данного момента здешней церковной жизни, единственно мудрой, и так как результаты этой линии расцениваются Вами как углубление смуты…» [114, с. 452] Дальнейшее пребывание на кафедре стало для владыки Григория невозможным…
Временный Патриарший Синод вынес постановление о переводе епископа Григория (Лебедева) на Феодосийскую кафедру. Преосвященный Григорий от нового назначения отказался и, «вопреки просьбам Лавры и районов» [192, с. 11], 28 августа 1928 года оставил свое служение в Лавре.
В прощальном слове к петроградской пастве он говорил: «Моя жизнь здесь началась скорбью, кончается слезами, но да будет воля Божия! Богом я не был оставлен, и не случайно моя последняя служба в этом храме совпала с празднованием иконы Божией Матери "Всех скорбящих Радость". Пресвятая Богородица, приими меня под покров Свой!» [192, с. 213–214] Впоследствии, в письмах к духовным детям, владыка Григорий писал: «Ищу только одного, чтобы Господь помог мне укрепиться в добре…» [192, с. 12]
Покинув Петроград, владыка жил сначала в родной Коломне, а затем в небольшом городке Тверской губернии – Кашине. Он полностью отошел от церковной деятельности, посвятив себя богомыслию и творчеству. Здесь создает он ряд удивительных богословских сочинений – духовные размышления над Евангелием от Марка, толкование молитвы преподобного Ефрема Сирина и многие другие.
Творения святителя Григория, собственной жизнью исполнившего заповеди Святаго Евангелия, пронизаны любовью ко Христу и Его созданию: «Как безконечно Божественное милосердие! Когда человеческая душа, эта христианка по природе, сбитая с толку и сбитая с пути своим грехом и злом мира, все же ощупью тянется к Свету и дотягивается до Бога и до Христа, когда она еще не познала Христа в совершенстве и не ходит по Его пути и за Его учениками, Господь все же бережно ласкает ее и благословляет ее путь…» [192, с.296]
В этот период времени преосвященный Григорий неоднократно посещал Вырицу, где с радостью и любовью встречал его отец Серафим. Одному Господу известно содержание их долгих бесед, но до последних дней земной жизни вырицкий подвижник глубоко почитал своего духовного сына и сомолитвенника. В их пути ко Христу было очень много общего. Главное же, что необыкновенно роднило двух добрых пастырей – это
На пути к блаженной Вечности епископ Григорий опередил своего духовника. В апреле 1937 года владыка был арестован богоборцами. Следователи предложили ему «сознаться» в «создании фашистско-монархической организации и назвать имена ее членов», то есть его духовных чад и сомолитвенников. На первом же допросе святитель Григорий твердо отверг все обвинения и категорически отказался «сотрудничать со следствием». За что и сподобился от Господа самого высшего, мученического венца.
17 сентября 1937 года исповедник Христов мужественно принял мученическую кончину.
Пронизывая мглу десятилетий безбожия, доносятся из далеких 20-х годов его проникновенные слова: «Крест – это стержень, на котором все держится, вся жизнь. Возьмите Его – и все земное, суетное рассыплется… Если ты христианин, то не думай – бери и неси. Не бойся страданий на этом пути. Они будут, они должны быть. Но будем помнить слова апостола Павла:
День Памяти священномученика Григория, епископа Шлиссельбургского – 4/17 сентября и в Соборе новомучеников и исповедников Российских – в ближайшее воскресенье после 25 января.