Многие члены братства обучались в Богословско-пастырском училище, где, по мнению «специалистов» из ГПУ, «готовили врагов советской власти». Так было сфабриковано очередное «дело», по которому 27 мая 1927 года вновь арестовали архимандритов Гурия, Льва, епископа Григория (Лебедева), а с ними целый ряд братчиков и братчиц. На следствии все обвиняемые единодушно отрицали свою принадлежность к кружку «Ревнителей и ревнительниц истинного Православия», который якобы организовали отцы Гурий и Лев при содействии наместника Александро-Невской Лавры, епископа Шлиссельбургского Григория. По версии следствия, члены кружка «должны были готовить массовые выступления против закрытия церквей», однако, все надуманные обвинения доказать не удалось. «Дело» закрыли. Тем не менее, арестованным пришлось целых полгода провести в тюрьме. Освободили их только 19 ноября [340, с. 39].
Предчувствуя новые гонения, отцы-основатели братства в назидание своим духовным чадам составили следующие наставления: «В храмы, где держатся богослужебного устава, ходить на буднях не реже 2-х раз в неделю. Исповедоваться у отцов, состоящих в братстве или близких к нему. Не оставлять Иисусовой молитвы. Каждый день читать Библию, Псалтирь и что-нибудь духовно-нравственное. Заботиться друг о друге».
Ожидания не обманули братию. 24 декабря 1928 года был арестован по делу религиозно-философского общества «Воскресение» архимандрит Гурий (Егоров). На этот раз коллегия ОГПУ приговорила его к 5-ти годам лагерей. Отбывал он срок на строительстве Беломорканала. Затем последовала длительная ссылка в Среднюю Азию, после которой, в 1945 году, отец Гурий был назначен наместником возрождаемой Троице-Сергиевой Лавры и возведен в сан епископа. В 1945–1949 годах он состоял в переписке с преподобным Серафимом Вырицким, вплоть до блаженной кончины великого старца. В родной город воин Христов вернулся только в 1960 году уже в сане митрополита.
После ареста отца Гурия деятельностью братства продолжали руководить архимандриты Лев (Егоров) и Варлаам (Сацердотский). Отца Льва справедливо считали одним из лучших представителей ученого монашества. Тем не менее, подходы руководителей братства к его работе довольно существенно отличались друг от друга.
Архимандрит Лев, не возражая принципиально против монашества, находил возможным его существование без ухода от современной светской жизни, то есть, не меняя светского облика. Он призывал членов братства к широкой общественной деятельности, «направленной на внедрение христианства», поэтому предлагал повышать уровень светского образования и «учил сочетать культурную жизнь с верностью христианству» [340, с. 41]. Члены братства – духовные чада отца Льва, в большинстве своем были людьми интеллигентными или представителями учащейся молодежи. По словам самого отца Льва, он «считал необходимым, в изменившихся к худшему внешних условиях, готовить образованных молодых людей к принятию тайного монашеского пострига с тем, чтобы они, живя в светской среде и работая в гражданских учреждениях, боролись за Церковь и несли Слово Божие в массы» [340, с. 42].
Отец Варлаам учил внутреннему благочестию (не призывал к мирской, миссионерской работе и благотворительной деятельности). Он полагал, что по-прежнему необходимо создавать полулегальные общины сестер и братьев с уставом внутренней жизни, близким к монастырскому и постепенным отдалением членов общин от советской действительности и светской среды вообще.
Несмотря на различия во взглядах, отцы Лев и Варлаам с истинно христианской любовью относились друг к другу. Когда в апреле 1930 года была закрыта Троицкая церковь Творожковского подворья, где служил архимандрит Варлаам, он перешел служить в Феодоровский собор. Туда же перешли и оба больших братских хора. Окормлять певчих правого клироса стал настоятель собора, архимандрит Лев (Егоров), а духовным отцом певчих левого клироса был отец Варлаам.
Собор Феодоровской иконы Божией Матери, ранее бывший подворьем Феодоровского мужского монастыря Нижегородской епархии, являлся главным центром братства с апреля 1930 по февраль 1932 года. В храме и в начале 1930-х годов еще продолжало служить несколько монахов Феодоровского монастыря. Но настоятелем был отец Лев. По свидетельству А. Краснова-Левитина: «Он удивительно соединял исконную православную традицию с широкой культурой и тонким интеллектом. Это отражалось на всей жизни обители (подворья). Строгая уставность богослужения и постоянные проповеди. Строгий порядок, никакой давки, никакой толкотни и, наряду с этим, никакой суровости, никаких строгостей. Монахи его уважали… Он любил молодежь и умел ее привлекать. В обители мирно уживались малограмотные старички – иеромонахи, оставшиеся от Ипатьевского монастыря и монахи-интеллектуалы, привлеченные отцом Львом» [340, с. 43].