Утверждение России в Северном Причерноморье, присоединение Крыма к России и строительство Севастопольской военно-морской базы и крепости вызвали резкий протест Турции. Ее поддержали Англия и Франция. Вокруг «Крымского вопроса» началась дипломатическая борьба, продолжавшаяся несколько лет. Во главе антирусской компании стала Англия. В сложной международной обстановке Екатерина II предприняла «путешествие в Тавриду». Оно стало политической демонстрацией против антирусской пропаганды в западноевропейских странах и имело целью показать подготовленность России к войне на Черном море. Свита Екатерины II была особенно поражена всем увиденным в Севастополе 22–23 мая 1787 г. В бухте выстроился молодой, но сильный флот из 27 военных судов и 8 транспортов, приветствовавший гостей пушечной пальбой. Был устроен торжественный смотр эскадры и продемонстрирована «атака» флотом берега – Северной стороны. Французский посланник Сегюр, сопровождавший Екатерину II в путешествии по Крыму, писал: «Боюсь, как через 30 часов флаги ее (Екатерины II) кораблей могут развеваться в виду Константинополя, а знамена ее армии водрузятся на стенах его».
В 1792 году в Севастополе насчитывалось 15 тысяч жителей. В порту стояло 58 кораблей с 1322 орудиями и личным составом свыше 9 тысяч человек. В достройке находилось еще 18 судов. Росла торговля, только за четыре месяца (февраль-май) в Севастополь и Балаклаву прибыло 20 иностранных судов.
В 1797 г. Павел I переименовал Севастополь в Ахтиар. Однако после его смерти городу было возвращено прежнее название.
В 1804 г. русское правительство официально объявило Севастополь главным военным портом Черноморского флота (вместо Херсона), а в 1809-м – военной крепостью. Главный командир флота и портов Черного моря с 1805 г. одновременно являлся и губернатором Севастополя.
Моряки Черноморского флота вписали не одну яркую страницу в историю Русского флота. Уже в первые годы своего существования Севастопольская эскадра под командованием Ф. Ф. Ушакова совершила в 1799 г. поход в Средиземное море, во время которого были взяты 16 городов и крепостей, в том числе и считавшаяся неприступной крепость Корфу.
Все эти достоинства Ахтиарского залива были хорошо известны морскому начальству от офицеров, которым прежде случалось заходить на рейд, и потому в мае 1783 года контр-адмиралу Меккензи поручено было устройство здесь порта и города, названного Севастополем и впоследствии вполне оправдавшего свое имя, в переводе означающее «Знаменитый город». В создании Черноморского флота много сделал князь Потемкин. Он умел схватывать главные основы всякого нового дела и предусматривал выгоднейшие условия для его развития. Потемкин, сознавая особенную важность флота, для скорейшего увеличения его собирал отовсюду нужные материалы и деятелей. Вскорости Потёмкин назначил начальником Севастопольского флота порта контр-адмирала Ф. Ф. Ушакова, что положительно сказалось на быстром строительстве нового порта.
Важным в морском отношении успехом российского флота было взятие небольшой крепости Гаджибея, лежащей верстах в 60 к западу от Очакова при обширной бухте, из которой в то время турки вывозили большое количество хлеба. На этом месте впоследствии был построен город Одесса. В этом же 1789 году, при слиянии рек Буга и Ингула, на месте более удобном, чем в Херсоне, устроена новая корабельная верфь. Основанный при ней город назван Николаевым. Первое судно, заложенное на Николаевской верфи, был 46-пушечный фрегат, носивший имя «Николай».
За время с 1762 по 1796 годы для Черноморского флота был построено 14 линейных кораблей и более 50 фрегатов. Большинство фрегатов имело от 36 до 44 орудий, и были 58-пушечные. Из кораблестроителей этого времени самый деятельный был И. И. Афанасьев (1730–1793) – корабельный мастер высокого ранга, построивший большинства линейных судов для Азовского и Черноморского флота.
На верфях при постройке «новоизобретённых кораблей» работал сын Ивана Ивановича Афанасьева – Семён, которому в некоторых источниках приписывается авторство строительства кораблей отца. Однако в этот период Семён Афанасьев был слишком молод, и будучи корабельным подмастерьем, занимался только поиском строительного леса для корабельных работ.
В 1771 году за постройку прамов и «новоизобретённых кораблей», а также за руководство поиском лесов для строительства кораблей Иван Афанасьев был пожалован денежной премией в 1260 рублей, а 31 декабря 1772 года ему было присвоено звание корабельного мастера полковничьего ранга. Прам – крупное плоскодонное артиллерийское парусно-гребное судно, применявшееся в качестве плавучей батареи, а также для перехода мелководья. В 1773 году Иван Афанасьев построил на Павловской верфи два больших палубных вооружённых бота и два галиота.