Однако за славословием тогдашних политиков скрывались раздражение и страх. Удивительные победы Наполеона в Италии, его успешные переговоры с итальянскими правительствами и австрийцами сделали его политической фигурой. Он перестал быть всего лишь одним из многих генералов. В течение почти двух лет в Италии Наполеон действовал не только как военный, а распоряжался в политико-дипломатической сферах. Он не считался с интересами правящей группировки, а поступал в прямом противоречии с ними. В частности, Директория дала Наполеону прямое указание не заключать мир с Австрией, а начать поход на Вену. Но генерал вопреки чётким указаниям правительства подписал в Кампо-Формио мирный договор. Директория была вынуждена его принять, так как и законодательные советы, и вся страна, измученная войной, жаждали мира. Скрытое противостояние постоянно усиливалось, что пугало членов Директории. Позиции Наполеона постоянно крепли, и его политика встречала широкую поддержку.
Перед Бонапартом стоял вопрос: что делать дальше? Ситуация во Франции была тяжёлая. Казна в Республике оказалась пустой, невзирая на поступления из Италии. Кучка поставщиков наживала на армии огромные состояния. При этом простое население страны страдало от нехватки продуктов, высоких и спекулятивных цен на продовольствие. Директория не смогла создать стабильный режим и навести порядок в стране. Наоборот, её члены сами участвовали в хищениях и спекуляциях.
Наполеон был достаточно честолюбив и мог претендовать на место в Директории, даже предпринимал попытки в этом направлении. Но члены Директории, и прежде всего её председатель Поль Баррас, были против включения генерала в состав правительства. Законный путь к вершине власти оказался для Наполеона закрытым. Большинство населения страны ещё поддерживало Республику, поэтому незаконный захват власти мог вызвать серьёзное сопротивление в обществе. Иные же пути были пока невозможны.
Ещё за полтора месяца до возвращения в Париж Бонапарт был назначен командующим «английской» армией, которая предназначалась для вторжения на Британские острова. После подписания мира с Австрией и Российской империей в состоянии войны с Францией находилась только Англия. Относительная слабость французского флота в сравнении с британским не позволяла перевезти большую французскую армию до Америки или Индии. Поэтому предлагалось два варианта действий. Во-первых, высадить десант в Ирландию, где ненавидели англичан, которые фактически проводили здесь геноцид. Во-вторых, высадить армию во владениях Османской империи и при удаче двинуть далеко её – в Индию. Там же французы рассчитывали на поддержку местных правителей.
Второй вариант был предпочтительнее, так как считалось, что с турками можно поладить. Традиционно Франция имела крепкие позиции в Стамбуле. После захвата французами Ионических островов и подписания Францией выгодных соглашений с Неаполитанским королевством Британия могла бы утратить все свои военно-морские базы на Средиземном море. Кроме того, Наполеона всегда манил Восток. Ведь его любимым героем был Александр Македонский. Можно привести высказывание Наполеона своему другу и товарищу, а с 1793 года его личному секретарю Луи Антуану Фовель де Бурьенну. «Европа – это кротовая нора! Здесь никогда не было таких великих владений и великих революций, как на Востоке, где живут 600 млн человек». В голове Наполеона рождались масштабные планы: дойти до Инда, поднять местное население против англичан; затем повернуть, взять Константинополь, поднять греков на освободительную борьбу против Турции и т. д. Он всерьез говорил о том, что Европа мала и что по-настоящему великие дела можно совершить лишь на Востоке.
Наполеон понимал, что стратегически Англия – главный противник Франции в Европе и мире, поэтому идея вторжения на Британские острова была очень соблазнительной для него. Ведь Англия не имела мощных сухопутных сил и не смогла бы противостоять французской армии. Уже в 1796 году французам удалось наладить контакты с ирландскими национально-революционными кругами. Но операция была очень рискованной. В феврале 1798 года Наполеон выезжал к западному и северному побережью Франции. Он посетил Булонь, Кале, Дюнкерк, Ньюпорт, Остенде, Антверпен и другие места. Он беседовал с матросами, рыбаками, контрабандистами, вникал во все детали, анализируя ситуацию. Выводы, к которым пришёл Наполеон, были неутешительны. Успех десанта на Британские острова ни в военно-морском, ни в финансовом отношении не был обеспечен. По словам самого Наполеона, успех операции зависел только от удачи, но к этому вопросу ему придётся вернуться после Египетского похода в 1801 году, когда начнутся подготовительные работы в Булони для подготовки флота.