9 июня французская экспедиция подошла к Мальте, контролировавшей проход из западной в восточную часть Средиземного моря. С 1525 года остров принадлежал Ордену мальтийских рыцарей, которые в своё время сыграли большую роль в борьбе против североафриканских пиратов и Османской империи. Орден поддерживал дружественные отношения с Англией и Россией. Хотя Орден формально сохранял нейтралитет, но не признавал Французской республики. Кроме того, остров использовался как временная база для британского флота.
Остров представлял собой неприступную крепость, но былое рыцарство уже давным-давно исчезло. Орден жил за счет ренты с его владений в Западной и Центральной Европе. Кроме того, рыцари промышляли пиратством, получая доход от награбленного плюс выкуп за пленников. Бонапарт потратил на захват Мальты 48 часов, потеряв лишь трёх человек. 12 июня на борту флагманского корабля «Ориент» была подписана капитуляция Ордена. Мальта стала частью Французской республики. Неприкосновенность имущества на острове рыцарям гарантировалась.
Огромные запасы оружия и продовольствия на острове достались французам. Наполеон приказал пополнить свой флот 64-пушечным линейным кораблём Ордена, двумя полугалерами и парой шебек. Он взял на эти суда матросов, служивших Ордену, 700 турок – рабов, находившихся здесь в качестве невольников на каторге (в дальнейшем они были отпущены). За победоносной армией последовал легион, сформированный из солдат, служивших Ордену. На службу во французскую армию поступили все гренадеры из гвардии Великого Магистра и несколько рыцарей. Жители острова, говорившие по-арабски, пожелали быть переводчиками.
Три роты старых ветеранов Ордена, были отправлены на Корфу и Корсику. Артиллерия французов существенно пополнилась за счет военного арсенала острова: это 1200 пушек, 40 000 ружей, 1 млн фунтов пороха. Эскадра запаслась водой, продовольствием и зерном. Фрегат «Сансибль» отвез во Францию трофеи и несколько удивительных редкостей, которые главнокомандующий отправил правительству. Найденная в казнохранилище серебряная посуда стоимостью в миллион франков по прибытии в Каир была перечеканена в монету.
В течение шести дней Наполеон Бонапарт занимался преобразованием существовавших на Мальте общественных порядков и формированием новой администрации. Будущий император Франции отменил главнейшие феодальные привилегии и средневековые правовые институты. Оставив на острове двухтысячный гарнизон, 16 июня Наполеон направил свой флот в Александрию.
Вечером 30 июня наполеоновская экспедиция приблизилась к Александрии. Здесь участники похода узнали, что за двое суток до их прибытия рейд этого порта посетил английский флот, рыскавший по Средиземному морю в поисках французской эскадры. Наполеон принял решение немедленно высаживаться на берег у Абукира, расположенного в нескольких милях восточнее Александрии. Первой ступила на египетскую землю французская пехота. Следующей ночью командующий произвел смотр высадившейся части войск и приказал неотдохнувшим солдатам двинуться маршем в сторону Александрии. Ветхие оборонительные сооружения города не могли противостоять штурму, и к ночи 2 июля французский флаг взвился над стенами древнего города. Между тем высадка французской армии под Абукиром полностью завершилась только 5 июля. После этого Бонапарт двинулся вдоль берега Нила на юг, в сторону Каира.
Навстречу ему выступили два основных губернатора Египта – вождь египетских мамлюков, командующий конницей Мурад-бей и военный командующий и правитель объединённого Египта Ибрагим-бей.
Когда за несколько дней до первого сражения Мурад-бею донесли, что у экспедиционной армии Наполеона практически нет кавалерии, то он похвастался, что будет резать головы чужеземцев как арбузы. 11 июля все пять французских дивизий собрались в городе Рахмание. По данным разведки Наполеон узнал, что к деревне Шубрахит, расположенной примерно в восьми милях к югу от Рахмание, приближается войско Мурад-бея в составе 3–4 тысяч всадников, нескольких тысяч пехотинцев и боевой речной флотилии.
Через два дня на рассвете двадцатитысячная французская армия подошла к Шубрахиту и выстроила свои дивизии в каре с глубиной построения в шесть рядов. Немногочисленная кавалерия и обоз экспедиционной армии были помещены внутрь каре, а артиллерия расположилась по углам боевых порядков. Такое построение Наполеон выбрал по опыту изучения Русско-турецких войн, где каре было наиболее эффективным средством для противодействия восточной коннице. Например, фельдмаршал П. А. Румянцев (1725–1797) приспособил каре для решения наступательных операций.
32-пушечный французский фрегат класса «Конкорд». Примерно так же выглядели и его британские визави