Французскую Нильскую флотилию составляли шебека (парусно-гребное трёхмачтовое судно с косыми парусами), один фрегат ТИПА «Конкорд» и три канонерские лодки (боевых корабля с артиллерийским вооружением, предназначенных для боевых действий на реках, озёрах). Со стороны Нила египетских воинов прикрывала флотилия из семи канонерских лодок, управляемых греческими моряками.
С восходом солнца на горизонте появилось войско Мурад-бея из почти четырёх тысяч конных мамлюков и 10 тысяч пехотинцев, мобилизованных феллахов. По воспоминаниям современников, роскошные одеяния и богато украшенное оружие мамлюков произвели большое впечатление на французских солдат – они сразу сосредоточились на мысли о военной добыче.
Как только мамлюки оказались в зоне поражения стрелковым оружием, французы открыли сильный огонь из ружей и артиллерийских орудий. Это решительно отразило первый натиск египтян. Но мамлюкская конница продолжала атаковать экспедиционную армию, а французы всякий раз хладнокровно отбрасывали воинов Мурад-бея.
Вид французских каре немало озадачил Мурад-бея. В течение почти трёх часов мамлюки лишь гарцевали небольшими группами вокруг монолитных построений французов, пытаясь нащупать слабое место в их боевых порядках. Только к 9 часам утра завязалась артиллерийская дуэль между столкнувшимися на Ниле флотилиями враждующих сторон. Вскоре конница Мурад-бея наконец устремилась в атаку. Так продолжалось около часа, после чего беи отступили на исходные позиции. Тогда же Наполеон приказал войскам перейти в наступление, чтобы помочь своим Нильским силам, попавшим в критическую ситуацию. Первоначально события на Ниле складывались для мамлюков более удачно: по французам вели огонь не только корабли поддерживавшей мамлюков флотилии, но и оборудованная беями у Шубрахита артиллерийская батарея, а также находившиеся на обоих берегах Нила стрелки, имеющие огнестрельное оружие.
Когда положение французских речных сил становилось угрожающим, в разгар боя флагманскому кораблю удалось метким выстрелом попасть в пороховой погреб головного египетского корабля, который тотчас же взлетел на воздух. Среди мусульман эта неудача породила панику, как на суше, так и на воде. Увидев гибель головного корабля, Мурад-бей, объятый ужасом, обратился в бегство, бросив на поле боя артиллерийские орудия и тяжёлое снаряжение своего войска. Прочие мамлюки тут же последовали примеру своего предводителя. Приведённые беями пехотинцы, в свою очередь, сели на лодки и поплыли по направлению к Каиру. После бегства мамлюков французы заняли Шубрахит, не встретив никакого сопротивления.
Французская армия в этом сражении потеряла 20 человек убитыми (на кораблях флотской флотилии), в то время как урон мамлюкских беев составил около тысячи убитых и раненых. В плен попали 300 мамлюков, артиллерийские орудия и обоз войска Мурад-бея были захвачены французами. После боя солдаты Наполеона активно занялись мародёрством, собирая с тел убитых или раненых мамлюков ювелирные украшения, дорогое оружие и золотые монеты, которое они хранили при себе.
Вооружение воина-мамлюка состояло из подбитой ватой одежды в виде халата или рубашки и кольчуги. Защитой головы простому воину служил тюрбан, а богатые мамлюки носили металлические шлемы с кольчужными бармицами. Основным оружием был лук или арбалет. Кроме того, имелось копьё, меч, кривая саблями и булава. С конца XIV века мамлюки стали использовать артиллерию. В походе воин-мамлюк имел всего одну лошадь, а также одного или двух верблюдов для перевозки багажа и снаряжения. В армии мамлюков не было единообразной униформы. Однако многие носили красную или жёлтую одежду. Главным отличием офицеров были пояса, украшенные золотом, серебром и драгоценными камнями.
Столкновение у Шубрахита ясно показало французам, что на поле боя мамлюки не представляют для них особенной опасности. Храбрость и индивидуальное мастерство мамлюкской конницы не смогли нивелировать подавляющее превосходство французской армии в тактике ведения боя и огневой мощи. Тем не менее войскам Наполеона не удалось отрезать египтянам пути к отступлению, и большей части сил Мурад-бея удалось выйти из-под удара французов. Бонапарт был взбешён и отдал приказ продолжить наступление вглубь египетской территории.
Вскоре новости о поражении мамлюков достигли Каира, усилив беспокойство жителей столицы Египта. 16 июля Мурад-бей и правитель объединённого Египта Ибрагим-бей появились в селении Инбаба (Эмбабех) на западном берегу Нила и отдали распоряжение начать возведение линии укреплений от Инбаба до Баштила.
Силы египтян встретили французское войско в 15 километрах от пирамид и в шести километрах от Каира под командованием Мурад-бей и Ибрагим-бея. Под их началом было около 10 000 кавалерии и почти 24 000 янычар (регулярная пехота вооружённых сил Османской империи) и спешно мобилизованных крестьян-феллахов, укрывавшихся за наскоро возведенными земляными укреплениями.