Главные задачи учрежденного Института Египта были объявлены в декрете от 22 августа 1798 года. Это, во-первых, распространение и пропаганда знаний о Египте и, во-вторых, исследование, изучение и публикация фактов, относящихся к природе, хозяйству и истории Египта. Помимо этих научных задач на Институт Египта были возложены задачи сугубо практические. Их сформулировал Наполеон Бонапарт в своей речи на первом заседании института 23 августа. Он, в частности, предложил ученым изучить в первую очередь следующие вопросы: 1) «возможности улучшения печей, используемых для выпечки хлеба для армии»; 2) «существуют ли в Египте средства для замены хмеля в производстве пива»; 3) «какими способами можно осветлить и очистить воду из Нила»; 4) «какая мельница более подходит для постройки в современном состоянии вещей в Каире – водяная или ветровая»; 5) «есть ли в Египте материалы для производства черного пороха и какие это материалы»; 6) «каково состояние юриспруденции, гражданского и уголовного правопорядка и образования в Египте». Для изучения каждого из этих вопросов была образована специальная комиссия.
В первую неделю существования Института Египта вышел в свет первый номер и его печатный орган «Курьер Египта. Современный политический и военный журнал» (Courier de l’Egypte. Revue d’actualite politique et militaire). А ещё через два месяца появился литературный и политико-экономический журнал научного учреждения «Египетская декада» (La Decade egyptienne. Journal litteraire et d’economie politique). Журнал выходил ежемесячно вплоть до 21 марта 1801 года.
Наполеон у Сфинкса
Научная часть экспедиции была ядром этого похода. Недаром в моменты боя офицеры тут же отдавали команду: «Ученых и ослов – на середину!» Ученых берегли как зеницу ока, прикрывая их от случайных пуль, от бедуинских копий и сабель: ведь без них экспедиция теряла всякий смысл. И ученые не подкачали: эта гвардия, состоящая из 175 человек, блестяще справилась со своей задачей! Пока основная армия вела бои то в Египте, то в Сирии, пятитысячный отряд под командованием генерала Дезе прошел в Верхний Египет к острову Элефантина. Там находились древние храмы, которые были осмотрены и исследованы. Самое ценное было немедленно вывезено. Вот так без наказания произошло одно из ограблений века. По утверждению некоторых историков, на островах Элефантина и Филе, расположенных в дельте Нила, и было спрятано все самое ценное, на чем зиждилось богатство Древнего Египта.
Существуют свидетельские показания участников похода, согласно которым Наполеон лично исследовал пирамиду Хеопса и даже провел там целых три дня. Известно, что на «свидании» с мумией Рамзеса II командующий провел наедине более двух часов. То, что было собрано французскими учеными в Египте, невозможно переоценить. Этот груз знаний и тайн привел не только к появлению множества новых научных областей (например, египтологии, произведшей революцию в истории), но и к перелому в жизни человечества. Поэтому в конечном счёте свою битву на фоне египетских пирамид Наполеон выиграл, невзирая на то, что 23 августа 1799 года он вместе с ближайшим окружением погрузился на корабль и отбыл на родину, бросив армию на произвол судьбы. Но домой полководец, загубивший армию и флот, почему-то вернулся триумфатором. Его встретили как победителя и героя, и через некоторое время неудачник, проваливший военную кампанию, совершил небывалый взлет, став первым консулом Франции. Тайные знания, похищенные у египетской цивилизации, – вот что стало его подлинной армией, ведущей от победы к победе.
В составе авангардных частей генерала Луи Шарль Дезе находились и ученые, решившие воспользоваться случаем для изучения тайн Востока. Когда на французские войска налетали отряды мамлюков, раздавалась команда: «Ослов и ученых на середину!» Солдаты охраны ставили в центр каре эти две экспедиционные ценности – любознательных двуногих интеллектуалов и безотказных длинноухих носильщиков – и вступали в схватку. В стычках с мамлюками французы выходили победителями.
К чести учёных, находившихся в Египте, ими были сделаны важнейшие открытия и озвучены прорывные гипотезы. Математик Гаспар Монж дал объяснение эффекта миражей. Химик Клод Луи Бертолле в Египте исследовал свойства каустической соды, которые были использованы древними египтянами для мумификации. Художник Редут во время египетской экспедиции занимался зарисовками местной флоры и затем проиллюстрировал многие издания по ботанике. Писатель и гравер Доминик Виван-Денон изучал политические науки и после возвращения из похода издал 1802 году сочинение «Путешествие по Нижнему и Верхнему Египту», украсив его собственными гравюрами.
Механик и живописец Никола Жан Конте, который 1792 году предложил использовать воздушный шар для наблюдения за неприятелем, во время египетской экспедиции создал в Каире специальные мастерские, которые обслуживали армию. Французский натуралист и зоолог Жюль-Сезар Савиньи в Египте модернизировал систематизацию ракообразных и насекомых.