Им противостояла отлаженная военная машина Наполеона, где каждый солдат был частью единого целого. Перед началом битвы Наполеон сказал своим войскам: «Солдаты! Вы пришли в эти края, чтобы вырвать их из варварства, нести цивилизацию на восток. И спасти эту прекрасную часть света от ярма Англии. Мы собираемся вести бой. Думайте, что эти памятники с высоты сорока веков смотрят на вас».
Мамлюки, в свою очередь, были уверены в победе и полны решимости стереть французов с лица земли. На правом берегу Нила собралось множество жителей Каира всех возрастов, чтобы наблюдать за предстоящим сражением: они были уверены, что в случае поражения мамлюков и османов иностранцы обратят всех обитателей Каира в своих рабов.
Армия Наполеона была разделена на пять частей (каре), имевших вид полых квадратов с конницей и припасами в центре и артиллерией по углам. Левый фланг французов, защищённый Нилом, был хорошо укреплен и включал в себя пехоту и артиллерию, оснащённую 40 старыми орудиями. Конница развертывалась на другом фланге, в пустыне. Правитель Египта Ибрагим-бей во главе второй армии с интересом наблюдал за сражением с восточного берега Нила.
Около трёх часов после полудня конница мамлюков пошла в атаку. Французы открыли огонь из мушкетов и артиллерии. Эти залпы производили большой урон в рядах атакующих, а те всадники, кому удавалось прорваться к боевым построениям французов, погибли на штыках пехоты.
Три тысячи мамлюков вместе с Мурад-беем устремились в сторону Гизы, в то время как остальные всадники направились к укреплённому лагерю. Тем временем около Нила дивизии генерала Бона начали контрнаступление на деревню Ембахех и полностью разгромили противника. В свою очередь, французский генерал Антуан-Гийом Рампон во главе двух батальонов пехоты занял ров и дамбу между селением Ембахех и городом Гиза, перерезав таким образом сообщение между отрядами мамлюков. Египтяне оказались окружены. Многие пытались переплыть реку, но большей части это оказалось не под силу. Конница Мурад-бея несколько раз безуспешно пыталась пробиться к селению Ембахех, но его действия были остановлены французами. К самой ночи предводитель мамлюков отступил, приказав предать огню египетские суда. Осознав, что мамлюкская конница разгромлена, а сражение проиграно, египетские пехотинцы переправились на противоположный берег Нила, а всадники-бедуины скрылись в пустыне. Французам достались артиллерийские орудия и обоз египетского войска. После победного сражения французские солдаты ещё несколько дней активно занимались мародёрством. На многих телах воинов-мамлюков французы находили по 200–300 золотых монет.
Оказалось, что небольшая группа регулярной армии французов победила около двух тысяч мамелюков. Наполеон привёл данные о потере 29 убитыми и 260 ранеными. Потери египтян были тяжёлыми. Турецко-египетская армия потеряла убитыми, ранеными, утонувшими или пленными 7000 воинов из мамлюкского корпуса, а также 3000 арабов, янычар и лёгкой пехоты. Мурад-бей во главе отряда в 3000 мамлюков бежал в Верхний Египет. Он воспользоваться передышкой в боевых действиях, для того чтобы переформировать остатки своих войск в Нижнем Египте, где пытался организовать партизанское движение. Ибрагим-бей вместе с группой мамлюков численностью 1200 всадников отступил в Сирию.
После поражения легендарной конницы мамлюки рассеялись по Египту и Сирии. Сражение у пирамид ознаменовало спад 700-летнего правления мамлюков в Египте. Успех Бонапарта был полным. Через день французские войска вошли в Каир. Наполеон остановился в доме Эльфи-бея – бывшей резиденции правителя Египта и взялся за налаживание управления страной «на европейский манер», все еще надеясь организовать себе опору и поддержку в местной среде.
Сразу после битвы у пирамид Наполеон ощутил нехватку в кавалерии. Уже летом 1798 года он создал особый полк дромадеров для действий в пустыне, лошади были заменены верблюдами. Полк численностью в 477 человек состоял из 2 эскадронов по 4 роты в каждом. Личный состав был собран со всей армии. Вооружены солдаты были саблями и пехотными ружьями со штыком. В бой вступали в пешем порядке. Часто при этом животных клали на землю, создавая укрытие от пуль врага. Части этого полка участвовали в Сирийском походе и Абукирском сражении. Кроме того, солдаты данной части входили в эскорт главнокомандующего. После отъезда Бонапарта новый командующий генерал Клебер приказал реорганизовать полк в три эскадрона по три роты (по 45 человек в каждой). В этом составе соединение примет участие в битве при Гелиополисе, когда 12 000 французов с 60 орудиями разобьют 60 000 турок под командованием Юсуф-паши.
Вновь организованное соединение «дромадеров» Наполеона было самой экзотической воинской частью великой армии французского императора. Оно отличалось не только своим необычным для Европы внешним видом, но и безумной храбростью, неудержимым напором в атаке, а также поистине собачьей верностью своему повелителю.