В 1798 году Наполеон нашёл поручение для литераторов. Он приказал составить ему и для всей армии походную библиотеку из отделов: точные науки, география, история, поэзия, романы, политика и мораль.
После захвата острова Мальта Наполеон приказывает Монжу и Бертолле осмотреть хранилище Ордена Иоаннитов для выяснения, что в них есть ценного. Затем поручает Бертолле переплавить все золото и серебро в слитки.
В Египте он поручает Монжу, Бертолле вместе инженерами оборудовать в Каире здание, в котором помещались бы французская и арабская типографии, химическая и физическая лаборатории, библиотека, зал для заседаний, а если окажется возможным, то и обсерватория.
Наибольшее предпочтение Наполеон отдавал математикам. В Египетском походе принимали участие трое известных учёных. Это Гаспар Монж (1755–1839), который дал объяснение эффекта миражей, которые пугали солдат в пустыне. Он прославился своим приложением алгебры и анализа к геометрии. Верный сторонник Бонапарта был назначен им пожизненным сенатором. Жан Батист Фурье (1768–1830) известен работами по алгебре, дифференциальным уравнениям и математической физике. Его «Аналитическая теория тепла» является основой создания теории тригонометрических рядов (рядов Фурье). Он сопровождал Наполеона в Египет, был назначен губернатором Нижнего Египта. По возвращении во Францию в 1801 году более 10 лет возглавлял один из департаментов Франции, добившись на этом поприще больших успехов. В 1822 году стал постоянным секретарем Французской академии наук. Этьен Луи Малюс (1775–1812) – французский физик и военный инженер, являлся капитаном в Египетской экспедиции. За работы в области поляризации света стал членом Французской академии наук.
Четвёртым доверенным лицом Наполеона являлся математик, механик и астроном, один из создателей теории вероятностей Пьер Симон Лаплас (1749–1827), единственный, кто не принимал участия в Египетском походе, но которого Наполеон осыпал всеми почестями и привилегиями. Через месяц, будучи уже первым консулом, назначает Лапласа министром внутренних дел и до середины ноября 1799 года возлагает на него непонятные министру поручения. В 1803 году Наполеон сделал Лапласа вице-президентом сената, а через месяц – канцлером. В 1804 году ученый получил орден Почетного легиона. Наполеон Бонапарт – без пяти минут диктатор, он усиленно подчеркивал свои симпатии к последним энциклопедистам эпохи Просвещения, клялся в верности их идеалам. Он частенько цитировал Руссо, которым немного увлекался в ранней молодости. Готовя меч, генерал нередко посещал Академию наук и места, где собирались учёные и философы.
Самым удивительным открытием научной части экспедиции явилось обнаружение Розеттского камня. Интересно, что первое сообщение об уникальном камне появилось 15 сентября 1799 года в газете «Курьер Египта». «…Во время фортификационных работ командир инженерного батальона Дхаутпул обнаружил камень из очень красивого черного мелкозернистого гранита… Одна сторона, хорошо отполированная, представляет различные надписи, разделенные на три параллельные полосы. Первая и верхняя надпись – письмо из иероглифических букв. На ней помещено четырнадцать строк, однако часть ее утрачена вследствие разрушения камня. Вторая и промежуточная – буквы, которые, как полагают, являются древнесирийскими; в ней насчитывается тридцать две строки. Третья и последняя надпись – письмо на греческом языке. Генерал Мену частично перевел греческую надпись… Этот камень представляет большой интерес для изучения иероглифических букв…»
Сотрудники Института сделали копии высеченного на памятнике текста, используя метод копирования, который впоследствии будет назван литографическим, а Эдмонд Франсуа Жомар воспроизвел надписи «Розеттского камня» в рисунках. Копии и рисунки немедленно отослали в Париж, как бы предчувствуя, что находка будет утрачена.
В 1801 году французы потерпели в Африке поражение от англичан. После капитуляции французов возник спор по поводу произведений древнеегипетского искусства, собранных французскими учёными. Одним из ключевых артефактов был Розеттский камень. Генерал Ж. Мену отказался передать находки англичанам, утверждая, что они принадлежат Франции. Как именно камень оказался в руках англичан, остаётся загадкой. Английский полковник Тёрнер, который сопроводил камень в Великобританию, заявил позже, что он лично отобрал его у Мену и увёз на лафете (камень имеет высоту 114,4 см, ширину 72,3 см и толщину 27,9 см, весит 760 кг). Тёрнер доставил артефакт в Великобританию на борту бывшего французского фрегата «Египтянки» в феврале 1802 года. 11 марта Розеттский камень был представлен Обществу антикваров Лондона. Позже он был передан в Британский музей, где хранится и по сей день.
Конечно, ситуация у Наполеона в Египте могла сложиться более благоприятно, если бы не гибель французского флота в бухте Абукир. Рассмотрим детали этого трагического сражения, в котором контр-адмирал Нельсон принимал деятельное участие.