Но, как всегда, жизнь Нельсона складывалась из чередования светлых и темных периодов. В июле 1797 года новоиспеченный контр-адмирал узнал о том, что из Америки следует судно с большим грузом золота на борту. Оно направляется для дозаправки к острову Тенериф, входящему в состав испанских Канарских островов. Чтобы захватить золото, Нельсону нужно было высадиться в порту Санта-Крус раньше, чем туда прибудет противник. Адмирал Джервис предоставил Нельсону для этой операции семь судов. Операция началась 20 июля, но из-за встречного ветра и подводных течений подготовка к высадке продлилась больше назначенного времени, что позволило испанцам укрепить свои позиции. Нельсон понял, что высадку десанта необходимо провести в ночь на 24 июля. Фрегаты англичан бросили якоря в двух милях к норд-осту от города и сделали вид, что намерены с этой стороны высадить десант. Но по плану Нельсона все гребные суда эскадры под прикрытием линейных кораблей должны были десантировать около тысячи человек непосредственно в гавань, пройдя под дулами 40 пушек крепости. Вылазку Нельсон возглавлял лично. Отряды матросов и солдат, высадившиеся с адмиральского катера, овладели молом, но были выбиты защитниками крепости. Англичанам мешали полная темнота и сильный ветер, поэтому испанцы смогли обнаружить десант и уничтожить его оружейным огнем. Англичане потеряли 150 солдат.
Около половины второго утра 25 июля при выходе из лодки Нельсон был ранен в правую руку, возможно, картечью или мушкетной пулей. Шпага, которую ему когда-то подарил его дядя Морис Саклинг, выпала из правой руки, и он поймал ее левой. Его пасынок услышал слова Нельсона: «Мне прострелили правое плечо! Я погиб!» Его положили на дно шлюпки. Плечевая артерия была повреждена. Кровь обильно хлынула из раны. Нельсон почувствовал слабость из-за потери крови. Пасынок Джесаи наложил на рану адмирала тугую повязку из шелкового платка, она помогла остановить кровотечение. В половине четвертого Нельсон вернулся на корабль. Хирург Томас Эшелби осмотрел рану адмирала и установил, что произошёл перелом правой плечевой кости чуть выше места отхождения локтевой артерии. Была немедленно выполнена гильотинная ампутация плеча в средней части. Никакой анестезии не было, кроме двух стаканов виски. После операции Нельсону дважды давали настойку опия. Потом он принимал его в течение нескольких недель. 28 июля у контр-адмирала поднялась температура. В качестве жаропонижающего ему давали настой хинной коры. Культя сильно болела, хотя размер операционной раны был невелик (≈ 2,5 см). Видимо, опий не слишком помогал. Нельсон принимал таблетки опиума каждый вечер перед сном в течение нескольких недель. 31 июля самопроизвольно отошла одна из лигатур, и рана выглядела неплохо, но по ночам Нельсон ощущал дергающую боль в культе. Нельсон был очень раздражён.
1 сентября фрегат «Сихорс» доставил раненого Нельсона на Спитхедский рейд у Портсмута в Южной Англии. В Лондоне Нельсон получал консультации у главного хирурга британской армии T. Кайта. Однако пользы от них было немного. Рана воспалилась, появилась лихорадка, боль в ампутированной культе усилилась. Вероятно, что были фантомные боли. Рана не заживала больше четырех месяцев.
В течение семи месяцев Нельсон оставался на лечении в Лондоне. Практически после тяжёлого ранения он покинул флот. 27 сентября в Сент-Джеймском дворце король Англии вручил контр-адмиралу знак ордена Бани. Одновременно ему была назначена пенсия – 1000 фунтов стерлингов в год. Это была немалая по тем временам сумма. В целом Родина встретила Нельсона как героя, несмотря на провал экспедиции и справедливую критику в газетах за авантюризм. Получалось, что Нельсон собирался захватить крепость с восьмитысячным гарнизоном силами небольшого десанта. Безрассудный азарт всегда был недостатком Нельсона, и ему вообще не везло на суше.
Одна из лигатур, которая могла быть источником инфицирования, оставалась в ране. Она отделилась только 4 декабря, тогда же исчезла боль, и Нельсон впервые смог заснуть без опия. После этого рана зажила буквально за неделю! Ему повезло. Уже в конце 1797 года, воспрянув духом и окрепнув, Нельсон обратился в адмиралтейство за назначением. В то время ситуация на флоте требовала наличия капитанов, имеющих океанический стаж плавания. Создавшееся положение отлично понимал адмирал Сент-Винцент, лучше других ценивший Нельсона. Он попросил Адмиралтейство направить Нельсона в свою эскадру, блокировавшую Кадис. В марте 1798 года Нельсон вернулся на службу, а в апреле следующего года поднял флаг на линейном корабле «Вэнгард» и отправился с эскадрой в Средиземное море, где в Тулоне французы накапливали корабли.
Контр-адмирал Нельсон, получив приказ наблюдать за действиями французов, уже 9 мая покинул Гибралтар во главе эскадры, состоявшей из трех линкоров и четырех фрегатов, а 19–20 мая оказался в Лионском заливе, в 120 км западнее Тулона. Здесь Нельсону не повезло. Его флот попал в сильнейший шторм, который сломал все мачты на флагмане «Вэнгард».