Как мы помним, желание сражаться за «дело парламента» Кромвель ставил выше всех других соображений при комплектовании своих частей. По его ходатайству Лильберн получил должность подполковника в армии Манчестера. Бок о бок с Кромвелем Лильберн сражался в 1644 г. при Марстон-Муре. Когда же Лильберну вскоре после этого представился случай «самовольно» принудить гарнизон роялистского замка Тикхилл к сдаче, не потеряв при этом ни единого человека, Манчестер обрушился на него с грубой бранью, угрожая «повесить» за самоуправство. Впоследствии, когда Кромвель выступил в парламенте с обвинениями против Манчестера, Лильберн оказался для него как нельзя более ценным свидетелем. На этом военная карьера Лильберна закончилась. Несмотря на то что во вновь создававшейся армии «нового образца» ему была предложена высокая командная должность, он отказался вступить в нее, так как и на этот раз предварительным условием являлась присяга Ковенанту. В конце апреля 1645 г., в канун битвы при Несби, Лильберн сдал своих драгун полковнику Окею, заявив при этом, что «скорее будет сажать морковь и капусту, нежели сражаться за власть, которая поработит его». В данном случае Лильберн проявил гораздо большую принципиальность, чем Кромвель, формально согласившийся с этим требованием.
Однако возврат Лильберна к «гражданскому состоянию» не означал для него возврата к мирной жизни. На самом деле речь шла лишь о смене форм и оружия борьбы. На этот раз слово сменило меч. Это во-первых. Во-вторых, в новом обличье предстал теперь перед ним противник, мешавший торжеству справедливости, как ее все более отчетливо понимал и Лильберн. После победоносного завершения первой гражданской войны, как мы уже знаем, линия водораздела между сформировавшейся к тому времени партией левеллеров и теми, кто занял место их гонителей за стремление обеспечить в новом политическом устройстве страны положение, при котором произвол властей предержащих не был бы возможен и по отношению к самому скромному по достатку жителю Англии, проходила теперь внутри самого лагеря индепендентов. Нечего говорить, что Долгий парламент, в котором большинство составляли пресвитериане и который фактически осуществлял высшую законодательную и исполнительную власть в стране, оказался выразителем интересов тех социальных слоев, для которых революция практически закончилась. Лендлорды, чьи владения были освобождены от бремени так называемого рыцарского держания, кредиторы парламента, разбогатевшие на займах, поставщики парламентских армий, нажившиеся на войне, спекулянты, участвовавшие в грабеже конфискованных у роялистов имуществ, — все они сгруппировались вокруг Долгого парламента в его сопротивлении, исходившем от левеллеров, требованиям политических, юридических и церковных реформ.
Как уже отмечалось, в дни единоличного правления Карла I Лильберн считал своими главными врагами прелатов английской церкви. Что касается светских властей, то в полном соответствии с учением Кальвина он призывал к повиновению им. Так, в уже упоминавшемся памфлете «Изыди из нее, народ мой» Лильберн писал: «Если ничтожнейший слуга в королевстве задержал бы меня… именем власти короля, я подчинился бы ему… ибо я знаю, что власть короля от бога… я считаю незаконным со стороны кого бы то ни было из народа божьего, даже в состоянии его величайшего угнетения магистратами, восставать или поднимать против них какое-либо светское оружие».
В ходе гражданской войны ему пришлось в основном переучиваться. На пути к свободе теперь стояло пресвитерианское большинство в парламенте, враждебно относившееся ко всякому проявлению инакомыслия столь же в вопросах веры, сколь и в вопросах политического устройства страны. В этих условиях мужественная борьба Лильберна против политического консерватизма и своекорыстия пресвитерианского большинства парламента