Как только в лондонских предместьях распространился слух о грозящей ему смертельной опасности, они пришли в движение. Уже к началу заседания суда помещение было до отказа забито народом, а само здание окружено густой толпой. Из рук в руки переходила листовка: «Если честный Джон должен умереть, 60 тыс. человек желали бы узнать, по какой причине». В парламент буквально посыпались петиции в его защиту. По городу распространялось множество памфлетов, оправдывавших действия Лильберна. Свидетель событий сообщает: «Трудно себе представить, какое глубокое уважение он заслужил одной только защитой законов и свобод от узурпаций этого времени». Сам Кромвель заявил, что смерть Лильберна породит 20 тыс. мстителей. Правительство как бы подтверждало своими действиями истинность этого предупреждения: три полка пехоты и кавалерии расположились у Сент-Джеймсского дворца.
Во время заседания суда шум толпы в зале и на прилегающей площади был столь велик, что заглушал голоса судей и ответчика. Само наличие в суде и вокруг него сочувствовавшей Лильберну толпы вдохновляло его настолько, что, когда его прерывали, он угрожал: «Если вы осмелитесь перед лицом столь большого стечения народа быть столь несправедливыми, чтобы лишить меня всех правил правосудия и прав, и насильно заставите меня замолчать… то я во всеуслышание обращусь к народу, который слышит меня сегодня, сообщив ему, как лорд-мэр и его суд насильно отняли у меня мое прирожденное право».
Разумеется, подобный ход уголовного процесса был возможен только в революционное время, когда голос уличной толпы звучал громко и угрожающе. Очевидно, что только в этих условиях вместо прямого ответа на вопрос: «Тот ли вы Лильберн, который упомянут в акте парламента об изгнании?» — «честный Джон» мог потребовать предварительного рассмотрения вопроса о законности этого акта. Вообще все свои реплики и речи Лильберн обращал не к допрашивавшим его судьям, а к присутствовавшей в зале толпе. По этой причине он не говорил, а кричал, временами истерически, и зал отвечал невероятным шумом одобрения его слов и возмущения поведением судей. Когда же судьи призвали в зал отряд солдат для наведения порядка, Лильберн обратился к ним следующим образом: «Кто вы есть? Разве вы не являетесь англичанами и истинно английскими солдатами, призванными для поддержания и защиты древних прав и свобод Англии? Как объяснить ваше появление в месте заседания суда на лошадях и с саблями наголо?» В конечном счете препирательства между судьями и подсудимым завершились уступкой первых. Лильберну было обещано рассмотрение законности оснований парламентского акта. Это случилось 16 июля.
Следующее заседание суда было назначено только на 10 августа. Тем временем сторонники Лильберна, невзирая на распространявшиеся против него властями инсинуации (о мнимых связях его во время изгнания с роялистами), продолжали подавать в парламент петиции в его защиту (29 июля — от имени женщин, 2 августа — от имени лондонских учеников). Когда же суд возобновился, несколько сот вооруженных сторонников Лильберна, присутствовавших в зале и окружавших здание, были готовы в случае обвинительного приговора силой вырвать Лильберна из рук властей. Лильберн снова продолжал свою тактику препирательства с судьями с целью затянуть как можно дольше процесс. Однако давала о себе знать и его усталость. Уже больше месяца он противостоял судебной машине, будучи на волосок от виселицы. 20 августа ему было предоставлено последнее слово. Его главная защита основывалась на разгоне «охвостья», из чего он заключал, что, поскольку он был осужден парламентом, его освобождение должно быть следствием признания парламента повинным в несправедливости и произволе. Если же парламент был законным и его управление — честным, то наказанию прежде всего должен был подвергнуться Кромвель как главный организатор его разгона. Между тем власти Лондона хорошо сознавали, что политическое положение требовало максимальной осторожности, так как даже такая искра, как осуждение Лильберна, могла вызвать непредсказуемого размера пожар. Так заключал цитировавшееся выше свидетельство современник. На этом основании он полагал, что Лильберн вероятнее всего будет подвергнут строгому заключению вместо смертной казни. Обращаясь в своем последнем слове к членам жюри, Лильберн произнес: «Если я умру в понедельник, то не сможет ли парламент во вторник вынести приговор каждому из вас… вашим женам и детям и затем всему Сити, затем всему графству Миддлсекс… и так шаг за шагом не останется людей для заселения Англии, кроме самих членов парламента». Через несколько часов жюри вернулось с ответом: «Невиновен в каком-либо преступлении, заслуживающем смертной казни».