Цивилизация ширази исчезла после периода португальского господства. В 1598 году Васко да Гама с четырьмя кораблями подошел к берегу у Мозамбика, тогда небольшого мусульманского поселения, и, пройдя мимо Килвы, достиг Момбасы и Малинди. Он установил дружеские отношения с султаном Малинди и получил лоцмана, который довел его корабли до Каликута (Кожикоде) в Индии. Возможно, это был Ахмад ибн Маджид, знаменитый арабский моряк, лоцман, географ и писатель, чьи работы сохранились. С 1505 года и далее при вице-короле Франсишку де Алмейда и его преемниках португальцы требовали дань от мусульманских торговцев, и многие из них соглашались. Килва была занята в 1505 году, но в 1509 году гарнизон оттуда убрали, и город пришел в упадок. Момбаса, хотя и сгорела в 1505 году, приобрела коммерческую значимость и стала центром мусульманской оппозиции, а Малинди стала союзницей Португалии. Португальцы, главные интересы которых были в других местах, осуществляли лишь слабый и ненадежный контроль, и они многим обязаны помощи Малинди и других дружественных государств. Их главные форты и таможни располагались в Малинди, Момбасе (где они в 1528 году подавили восстание) и Мозамбике, а также на островах Занзибар и Пемба. Хотя они строили церкви за городскими стенами, но, в общем, не пытались обратить в свою веру «мавров» и почти не оказали на них культурного влияния. Не стремясь к разрушению мусульманских городов, они нарушили баланс жизни на побережье и положили начало экономической регрессии. Их деятельность существенно снизила мусульманское судоходство из Индии и Южной Аравии. Передвижения племен галла и банту ньика на север и рейдерских банд банту на юге также способствовали процессу. Из-за упадка торговли, которая была единственной функцией городов, а также растущей ненадежности города пришли в упадок, а некоторые из них, к примеру Геди, были покинуты. Одним из утраченных ресурсов оказалась старая торговля золотом. Имея в виду получение золота, португальцы в 1505 году овладели мусульманскими поселениями в Софале, а в 1507 году — в Мозамбике. Позже они поселились в дельте Замбези и вдоль реки. Они остановили вывоз текстиля и бус с Килвы, которые раньше мусульманские торговцы обменивали на золото. Поток золота иссяк. Возможно, истощились залежи, но, вероятнее всего, ему в немалой степени мешали внутренние проблемы государства Мономотапа и систематические вторжения племен. Сделанная португальскими миссионерами попытка в 1561 году обратить Мономотапу провалилась, и государство прекратило свое существование в начале XVII века. На Африканском роге влияние португальцев было небольшим — или его не было вовсе, хотя Барава — в то время республика, которой руководили двенадцать религиозных лидеров, — платила им дань. Португальские — и другие европейские — суда стали выбирать более южный путь в Индию, избегая этого побережья. Ранее (в XIII–XV веках) Могадишо был процветающим государством под властью местной династии Фахр ад-Дина, построившего уцелевшую мечеть. Один из его преемников описан Ибн Баттутой как «бербер», говорящий на местном языке, но немного знающий арабский. В XVI–XVII веках, при другой династии, город подвергся натиску Сомали и утратил свое значение.
Слабость португальцев стала очевидной, когда турецкий корсар из Йемена Мирали-бей стал осуществлять набеги, получая помощь от Могадишо, Ламу и других городов. Момбаса оказалась в его руках в 1588 году, и ее шейх объявил о верности османскому султану. Впоследствии турки были захвачены португальцами, а Момбаса была разграблена набегами банту химба, которые уже разорили Килву. Они двигались на север, очевидно, из долины Замбези и были известны своим каннибализмом. Затем они напали на Малинди, но потерпели поражение от местного племени сегеджу, и о них больше не слышали. После этого португальцы отдали Момбасу султану Малинди и построили укрепленный замок, форт Иисус, господствующий над городом. Позже они отправили сына султана Хасана, Юсуфа, на Гоа, где его воспитали как христианина, дав ему имя Дон Джеронимо. В 1630 году его возвели на трон. Годом позже он восстал и вернулся в ислам. Восстание было подавлено лишь после долгой борьбы. Сам Юсуф, избежавший плена, умер в 1637 году.