В 1527 году правитель Адаля из династии Валасма был убит военным лидером Ахмадом ибн Ибрагимом, получившим прозвище Грань (Левша). Говорят, что он был сомалийцем. Приняв титул имама, он повел воинов афар и сомалийцев на джихад, который в последующие десять лет охватил другие мусульманские государства и почти всю христианскую Эфиопию. (О ролях, сыгранных в этой борьбе португальцами и османскими турками, говорилось в очерке Багли.) После поражения и смерти Ахмада Граня в 1543 году движение исчерпало свой потенциал, и негус Клавдий, правивший в 1540–1559 годах, сумел вернуть многие утраченные территории. Имам не мог обеспечить гарнизонами и управлять завоеванными территориями. Войска, состоявшие по большей части из кочевников, интересовались только добычей. Хотя арабские и эфиопские хроники в один голос утверждают, что он жег церкви и монастыри и насильно обращал население в ислам, вторжение не оказало более или менее постоянного влияния на религиозные воззрения жителей горных районов, где национальная христианская церковь пустила глубокие корни. Давно существовавшее джабарти (эфиопское мусульманское меньшинство) лишь немного укрепилось.
Более важным в долгосрочном плане оказалось вторжение племен галла на эфиопские нагорья, начавшееся около 1537 года и продолжавшееся несколько десятилетий. Галла покорили обширные пространства на юге и временами угрожали самому существованию христианского государства. В южном регионе сидамо, ранее находившемся под влиянием Бали и других мусульманских государств, ислам был фактически уничтожен. Жизнь в нем поддерживали кочевники афар и Сомали и народ Харара, который в середине XVII века сформировал независимый эмират, существовавший более двух столетий.
Волны миграций галла внесли немалый вклад в изоляцию высокогорного плато и сделали состав населения еще сложнее. Галла, которые оставались на плато, становились или мусульманами, или христианами. В XVIII и XIX веках, когда христианское государство было слабым, ислам добился многого, особенно среди галла. Те, что жили в центральных областях, нашли в исламе средство сохранить отличие от говорящих на амхарском языке христиан. На юге, на территории бывших мусульманских государств сидамо, значительная часть региона, считавшаяся потерянной для ислама, была возвращена путем обращения захватчиков галла. Это делалось при посредстве мусульманских торговцев, которые имели поселения по пути. На языке галла «торговец» и «мусульманин» обозначается одним и тем же словом (naggadi). Религиозные ордена так же, как и в других местах эфиопского региона, сыграли большую роль в распространении и укреплении ислама. Торговые отношения, особенно с Хараром, позже принесли ислам более далеким поселенцам галла, к примеру, галла — завоевателям Джиммы и других бывших городов-государств сидамо на юго-востоке. Ислам распространился среди других племен галла (но не как государственная религия или религия большинства), а также некоторых групп региона гурадж и сидамо. Прогресс ислама был остановлен триумфом христианского государства над египетским вторжением 1875–1876 годов и вторжением махдистов 1888–1889 годов, а также политикой централизации императоров Теодроса, Йоханнеса и Менелика, которые объединили Абиссинию, включив в нее Харар и многие другие регионы, населенные мусульманами и язычниками.
Восточноафриканское побережье было открыто ближневосточному влиянию еще с древнейших времен. Литературные и нумизматические свидетельства, хотя их и немного, показывают, что купцы из Египта и моряки из Аравии Плодородной (Аравии Феликс, Йемен) и Персии посещали порты Азании (то есть земли зандж) и женились на местных женщинах, но неизвестно, создавались ли постоянные поселения уже тогда или только в исламские времена. В IX веке зандж были главным элементом рабов, которых использовали при осушении болотистых земель юга Ирака. Если арабы переняли эту систему колоний рабов у Сасанидов, можно предположить, что они унаследовали и организацию получения рабов из Восточной Африки. Самое раннее археологическое свидетельство — надпись на острове Занзибар, датированная 1107 годом, но неизвестно даже ее происхождение.