Пришедшую в упадок власть португальцев свергли арабы из Омана, которые освободили свою страну в 1650 году (см. ранее). С 1660 года и далее их корабли угрожали португальским поселениям и обеспечивали торговлю с мусульманскими городами. В 1698 году они после двухлетней осады захватили Момбасу и положили конец португальскому присутствию к северу от Мозамбика. Среди многих территорий, оказавшихся в их руках, они выбрали для своей штаб-квартиры остров Занзибар. Их положение было впоследствии ослаблено внутренними проблемами и иранским вторжением в Оман, которое в 1744 году привело к смене династии. Арабы успешно разгромили португальцев, которые в 1728 году снова заняли Момбасу на восемь месяцев, но правитель, которого они назначили, не признал новую династию Аль Бу-Саида, и Момбаса оставалась независимой при его потомках, династии Мазруи, до 1837 года. Город Могадишо, захваченный оманцами в 1704 году, теперь перешел к сомалийцам. Продолжая получать дань от разных городов, оманские арабы обосновались на островах Занзибар и Пемба. Некоторые города на материке образовали конфедерации Ширази. Постройки XVIII и начала XIX века свидетельствуют о возродившемся процветании на побережье. Его важными факторами стала торговля слоновой костью и рабами, которой оманские арабы придали новый импульс. Одних рабов продавали в Аравию и на Ближний Восток, других — на французский Иль-де-Франс (Маврикий) и Бурбон (Реюньон).
Оманские арабы были сторонниками секты ибадитов, однако не делали попыток распространить ибадизм. Наоборот, в XVIII и XIX веках наблюдалась устойчивая миграция арабов из Хадрамаута, где были очень сильны традиции Хадрами и шафиитский
Оманское влияние на побережье, от Могадишо до реки Рувума, было в значительной степени восстановлено Саидом ибн Султаном (правил в 1821–1856 годах), величайшим правителем из Аль Бу-Саидов, который с 1832 года постоянно жил на Занзибаре. На раннем этапе его правления на острове началось выращивание гвоздики, ставшее основой его экономики. В 1837 году он отобрал Момбасу у Мазруи, которые в 1823 году тщетно призвали на защиту британцев. Его правление стало поворотным моментом в истории Восточной Африки. Быстрый рост торговли слоновой костью привел к проникновению арабов и суахили во внутренние регионы, что изменило доселе чисто морское мировоззрение жителей побережья. Торговля слоновой костью была тесно связана с торговлей рабами. Рабы были необходимы для того, чтобы нести грузы там, где вьючные животные не выживали. Торговцы арабы и суахили проникли далеко вглубь территории — за озеро Танганьика к реке Конго и озеру Ньяса — и создали политически независимые торговые поселения, такие как Табора и Уджиджи. Но они не были распространителями ислама. Только отдельные личности, тесно с ними связанные — вожди
Династическая связь с Оманом завершилась со смертью Саида, после чего Оман унаследовал один сын, а Занзибар и зависимые от него территории — другой сын, Маджид (правил в 1856–1870 годах), а затем брат последнего, Баргаш (правил в 1870–1888 годах). Торговля, исследования и движение против рабства обострили европейский интерес к Восточной Африке и вовлекли султанов в европейскую дипломатию. Теснее всего они были связаны с британцами, которые в целом их поддерживали, но вынуждали предпринимать действия против рабства. В 1873 году Баргаш был вынужден запретить работорговлю. Затем, с помощью британского консула сэра Джона Керка, он попытался реформировать правительство и укрепить свои позиции на побережье. Только он не сумел взять под контроль островные племена банту и мусульманских торговцев, и британское правительство не поддержало его претензии на власть над внутренними территориями. Сначала немец доктор Карл Петерс, а потом шотландец сэр Уильям Макиннон заключили соглашения с вождями банту и суахили между побережьем и Великими озерами, и Восточная Африка оказалась разделенной на немецкую и британскую зоны влияния. Это произошло в 1887–1888 годах. А большая часть Сомали отошла итальянцам (1889). Эти события стали поводом для арабского восстания на Занзибаре, в 1890 году ставшем британским протекторатом по англо-германскому и англофранцузскому соглашениям. Затем имели место антибританские и антигерманские восстания на побережье, которые возглавили Мазруи и проповедник по имени Бушири.