Столицей Османа дан Фодио стал Сокото, город, основанный им в 1810 году на бывшей территории Гобира. Дан Фодио умер в 1816 году, и, хотя переход власти в принципе не был наследственным, следующие «имамы» были его потомками, начиная с сына Мухаммеда Бело (умер в 1837 году). Главы провинций — эмиры — тоже стремились передавать должности по наследству и фактически правили независимо, хотя еще долго искали утверждения в должности из Сокото, и иногда платили дань. Самыми значимыми из них были Абдаллах, брат Османа, правивший Гандо, что к западу от Сокото (ныне на территории Нигера), и Модиббо[34]Адама, лидер фульбе, завоевавших плато на севере теперешнего Камеруна и основавших город Йола на реке Бенуэ, протекающей по современной Нигерии. Плато в честь него называется Адамава. Мухаммед Бело, хотя и часто воевавший, был не выдающимся генералом, а видным литератором. Он оставил арабские труды в прозе и стихах, включая исторические. Он, его преемники и эмиры были вынуждены подавлять восстания и отражать набеги туарегов, и, несмотря на благочестие многих правителей, ранний религиозный пыл постепенно угас. На многих территориях, где завоеватели покорили прежние языческие государства (Катагум, Баучи, Зария, Нупе и государство йоруба в Илорине), народные массы не приняли ислам, и потому не было никакого единства между правителями и их подданными. Примечательно, что такой свободный конгломерат государств сумел сохранить хотя бы какую-то степень единства между собой. Правители разделяли приверженность исламу и расовую гордость. Эмираты Илорин и Нупе были побеждены в 1896 году британцами под командованием сэра Джорджа Голди. В начале XX века Сокото и большинство северных эмиратов, а вместе с ними и Борну, заключили соглашение, согласно которому они продолжали существовать в виде британских протекторатов, в соответствии с предложенной сэром Фредериком Лугардом системой непрямого управления.
Важным результатом джихада стало то, что язык хауса стал лингва франка на обширной территории, и стала появляться литература на этом языке. Хауса и суахили были самыми важными африканскими языками, ставшими инструментами письменного общения под влиянием ислама. Для написания использовались арабские символы, которые в колониальный период были заменены латиницей.
Борну, несмотря на долгую исламскую историю, в 1808 году стал мишенью джихада, но сумел пережить сильные удары, благодаря неуемной энергии своего религиозного лидера — шейха Мухаммеда аль-Амина аль-Канеми (умер в 1835 году). При поддержке арабов шува (шоа) из Канема он сумел изгнать пришельцев (за исключением района Катагум, что на западе Борну). В государстве оставался номинальный правитель — маи из династии Сефува, а сам шейх Мухаммед довольствовался ролью «серого кардинала». Его сын Умар в 1846 году убил последнего маи из Сефува и стал и номинальным, и реальным правителем с титулом шейха. Он правил долго — с 1835 до 1880 года, постоянно заботясь о целостности государства перед лицом внешних и внутренних угроз. При его преемниках наступил быстрый упадок. В 1893 году шейх Хашим подвергся нападению и был убит работорговцем и авантюристом Рабихом, который пришел из Судана с отрядом численностью 2000 человек и установил контроль над большей частью территории Чада, произведя большие разрушения. В 1901 году французы поймали и убили Рабиха. Племянники шейха Хашима продолжали править британскими и германскими протекторатами, соответственно, в Майдугури и Дикве.