К тому времени под влиянием грабежей, контрибуций и убийств местное население начало разочаровываться в арабских завоевателях. Некоторые копты, ранее перешедшие на сторону арабов, стали возвращаться к ромеям. Епископ города Пшати (греч. Никиу) Иоанн, оставивший в своем историческом сочинении наиболее полное описание военных действий в Египте, упоминает двух военачальников Каладжи и Сабендиса, воевавших на стороне арабов, а потом перешедших к византийцам. Судя по именам, оба были коптами.
Однако византийцы не сумели использовать благоприятные факторы. Недоверие и отчуждение между ромейскими войсками и местным населением сохранялись. Это снижало способность к сопротивлению. Иоанн Никиуский сообщает, что когда военачальник Файюма Домитий (Домитиан) находился в городе Сиуте, он узнал о поражении ромеев под Вавилоном. Испугавшись, что теперь арабы обратятся против него, Домитий бежал ночью тайно от жителей города и прибыл в Никиу. Узнав о бегстве военачальника, арабы без труда заняли Файюм и Сиут и пролили там много крови. Аналогичным образом обстояли дела в Антинополе. Там горожане изъявили готовность сражаться с завоевателями. Однако комендант Иоанн предпочел бросить город на произвол судьбы и бежал в Александрию с подчиненным ему войском. При этом он не забыл захватить с собой всю сумму налоговых поступлений! В результате арабы подчинили себе большую часть Верхнего Египта.
В первых числах апреля 641 г. сдался Вавилон. По условиям капитуляции византийские воины должны были сдать арабам все военное снаряжение, а затем уйти из крепости, взяв с собой лишь немного золота. Свой последний день пребывания в Вавилоне ромеи отметили неслыханной жестокостью: сидевших в темнице упорных монофиситов они освободили, предварительно отрубив им руки.
После занятия Вавилона арабы двинулись дальше на север, где им встретилось войско полководца Домития, бежавшего из Сиута. Домитий повторил свой «подвиг» и здесь. Узнав о приближении арабов, он бросил своих воинов на произвол судьбы и бежал в Александрию. Оставшиеся без начальника воины были истреблены арабами. Из них спасся только один человек – сильный борец Захария. Не встречая сопротивления, арабы заняли 13 мая 641 г. Никиу, а затем и многие другие города дельты Нила. Везде они грабили и убивали местных жителей. Спасаясь, население бежало в Александрию под защиту войск главнокомандующего Феодора.
В византийском правительстве к этому времени произошли изменения. 11 февраля 641 г. умер император Ираклий. На престол вступил его сын Константин III. Он велел стянуть войска, чтобы отправить их морем в Александрию на помощь Феодору. Однако осуществить свое намерение император не успел. В мае того же года он внезапно заболел и умер, после чего последовала династическая борьба. Мачеха Константина III Мартина добилась провозглашения императором своего малолетнего сына Ираклеона. Она стремилась управлять государством от его имени. Однако в Константинополе у Мартины было много врагов, под давлением которых через несколько месяцев сын Константина III Констант II был объявлен соправителем Ираклеона, а затем и единоличным императором. Борьба закончилась падением Мартины и ее сына.
В условиях династической борьбы в Константинополе меньше всего думали об отражении арабской опасности военным путем. Еще до падения Ираклеона и Мартины александрийский патриарх Кир был возвращен из ссылки. Ему было поручено вернуться в Александрию и заключить с арабами мир, если он увидит, что дальнейшее сопротивление невозможно.
В Египте же обстановка была крайне нестабильной. Приверженцы различных политических группировок вели междоусобную борьбу. В самой Александрии происходили раздоры между военачальниками Миной и Домитием, тем самым, что дважды бежал от арабов. Горе-полководец Домитий возбуждал всеобщую ненависть тем, что бросил на произвол судьбы своих воинов и беззащитное население. Поэтому лагерь его противников был очень велик. Мину поддерживали солдаты и большинство мирного населения в Александрии. На его же стороне выступали, по-видимому, многочисленные беженцы, скрывавшиеся в столице Египта. Накануне прибытия Кира дело дошло до вооруженного столкновения. Сторонники Мины подожгли дом влиятельного приверженца Домития Филиала, после чего на них напали вооруженные противники. Во время побоища многие были ранены. Шесть человек погибли. Чтобы успокоить народные массы, верховный главнокомандующий Феодор снял Домития с поста военачальника, а затем и совсем изгнал его из города.