Таково было положение, когда во второй половине сентября 641 г. в Александрию прибыл Кир. Хотя среди горожан и беженцев находилось немало сторонников продолжения военных действий, деморализованная и сильно потрепанная в предыдущих боях армия Феодора не была способна оказывать арабам дальнейшее сопротивление. В таких условиях Кир принял решение заключить мир. В октябре он встретился с Амром и предложил ему соглашение на прежних условиях: арабы получают дань и уходят из Египта. По преданию, при этом предложении арабы спросили: сможет ли Кир проглотить столб? Когда патриарх ответил отрицательно, ему сказали: «Так и мы не можем оставить Египет». Мир был заключен на более тяжелых для ромеев условиях: 1) александрийцы уплачивают дань; 2) византийская армия может оставаться в городе 11 месяцев, после чего покинет его; 3) арабы получают заложников (150 воинов и 50 мирных жителей) в качестве гарантии эвакуации армии; 4) мусульмане не захватывают церквей и не вмешиваются в дела христиан; 5) евреи остаются жить в Александрии. Позднее в договор включили еще одно условие: беженцы беспрепятственно возвращаются из Александрии в свои места и подчиняются арабам.
В течение одиннадцатимесячной передышки по приказу Амра был восстановлен древний канал от одного из рукавов дельты Нила до Красного моря. Это облегчило доставку продовольствия и другой добычи, а также налоговых поступлений из Египта в Аравию. С египтян завоеватели стали взимать подати не меньшие, если не большие, чем при византийцах. По преданию, сохраненному Иоанном Никиуским, патриарх Кир заболел от переживаний за тяжкую участь египетского населения и умер 21 марта 642 г. Новым патриархом 14 июля был поставлен диакон Петр, а 17 сентября 642 г. войско Феодора оставило Александрию и эвакуировалось на Кипр. Арабы заняли город, однако не сделали его центром управления Египтом. Эту роль отныне стал выполнять основанный вблизи Вавилона Фустат.
После занятия Александрии Амр, назначенный наместником Египта, несколько ограничил поборы с населения. В данном случае он поступил как расчетливый правитель. Чтобы доходы с Египта поступали регулярно, не следовало вконец разорять его трудовое население. Однако в Медине не поняли такой меры. Халиф Омар считал, что Амр попросту задерживает присылку налога в столицу Халифата. Египет был разделен на два наместничества. Амр остался управлять Нижним Египтом, наместником же Верхнего Египта стал Абдаллах-ибн-Сад. После смерти Омара в 644 г. новый халиф Осман вручил Амру приказ об отставке и объединил оба наместничества под управлением Абдаллаха. Тот немедленно повысил налоговый гнет. Арабские авторы сохранили известие о разговоре, происшедшем между Абдаллахом и бывшим наместником Амром. Первый сказал: «Верблюдица (т. е. Египет) дала молока больше, чем сначала». Амр возразил: «Но вы повредили ее детям».
В 645 г. ромеи сделали попытку вернуть себе Египет. К Александрии подошел византийский флот из 300 кораблей и высадил десант под командой евнуха Мануила, по происхождению армянина. Часть местного населения, недовольная увеличением податного гнета, перешла на его сторону. Мануил при поддержке александрийцев занял столицу Египта. Император Констант II утвердил его в качестве своего августала (наместника). Ввиду серьезности обстановки халиф вновь отправил в Египет Амра-ибн-ал-Аса и поручил ему вести войну с ромеями. Это было сделано потому, что Амр считался знатоком страны и имел большой опыт ведения войны. К тому же о его возвращении халифа просили арабы, поселившиеся в Египте.