Растущий авторитет константинопольского архиерея, который со временем все больше вмешивался в дела окружающих епархий, вызывал зависть и раздражение со стороны других епископов и в первую очередь предстоятеля Александрийской Церкви Феофила.
На II Вселенском Соборе константинопольский архиерей был поставлен в диптихе на второе место после римского епископа. Это не принял Рим и это не приняла Александрия, которая оказалась передвинута на третье место, то есть старейшая кафедра Востока, архиепископы которой возводили свою линию к святому Марку, оказалась затерта архиепископией нового города, который не имел особой истории и вплоть до недавнего времени находился в подчинении у митрополита Гераклеи.
В начале 400-х годов в Константинополь прибыли изгнанные из Египта монахи по прозвищу «долгие братья», которых Феофил обвинил в ереси и отлучил от Церкви. Они обратились к Иоанну Златоусту за защитой, и тот разрешил им остаться в столице до разбирательств. Но Феофил Александрийский, которому в церковном плане подчинялся весь Египет, воспринял это как вмешательство Константинополя в дела Александрийской Церкви.
Поэтому фактически с подачи Феофила Александрийского под Златоуста начинают постепенно, что называется, «копать». В Константинополе постоянно присутствуют какие-то соглядатаи, которые доносят Феофилу, что происходит, что Златоуст делает, что он говорит, какие у него взаимоотношения не только с императором, но еще с каким-нибудь важными чиновниками, и так далее. Вот весь этот компромат постепенно накапливается, собирается, и над этим работают систематически.
К этому времени Иоанн Златоуст своими проповеди о нестяжательстве и критикой роскошного образа жизни придворных нажил множество врагов при дворе. Отношения с императорской четой стали натянутыми.
Любимое изречение, которое Златоуст использует многократно, гласит, что «легче верблюду пройти сквозь игольные уши, нежели богатому войти в Царствие Божие». Это все понятно, это слова Христа в Евангелии, но вопрос в том, что мы ставим во главу угла. Вот эти слова самые важные для нас – или там есть еще что-то кроме этих слов. Очевидно, что для этих людей, людей во власти, там было еще что-то, много чего, на что можно было опереться для того, чтобы жить так, как они привыкли, и в этой связи радикальная проповедь Златоуста ставит их в очень неудобное положение.
В 403 году, собрав достаточно сторонников, Феофил Александрийский прибыл в Малую Азию, но, не доезжая до Константинополя, остановился в городе Халкидон, на другом берегу Босфора, и с разрешения императора открыл Собор для рассмотрения обвинений против епископа Константинополя.