Решения панмонголистского съезда подтвердили правоту Отани. В его работе, проходившей с 25 февраля по 6 марта 1919 г. в Чите, участвовали 16 делегатов, представлявших бурятов, баргутов и забайкальских казаков. От Японии в качестве наблюдателей присутствовали капитан Судзуэ Мантаро и Накагоми Томисабуро. Съезд принял решение об образовании независимого федеративного монгольского государства, в состав которого должны были войти Внутренняя и Внешняя Монголия, Барга и земли забайкальских бурят. Столицей будущего государства объявлялся Хайлар, однако в связи с его оккупацией китайскими войсками правительство временно располагалось на станции Даурия. За особые заслуги в деле создания монгольского государства Семенов получил приглашение стать первым советником нового правительства454.
Участие Судзуэ в работе съезда и последовавшее затем заявление капитана Куроки от имени японского правительства о полном содействии монгольскому государству вызвали недоумение в военно-политическом руководстве империи. Генерал-лейтенант Фукуда в докладной записке начальнику Генерального штаба Уэхара, в частности, удивлялся, с какой целью командир 3-й пехотной дивизии послал Судзуэ на съезд – собрать информацию или устанавливать контакты с монголами. 16 марта 1919 г. кабинет министров Японии принял решение о прекращении всякого участия японских представителей в монгольском движении за независимость ввиду возможного осложнения отношений с Китаем и союзниками по Антанте455.
Противостояние Колчака и Семенова, его нежелание подчиниться Хорвату и попытки воплотить в жизнь идею «Великой Монголии» вскрыли очевидную неспособность японских разведывательных органов на Дальнем Востоке, в Сибири и Забайкалье контролировать развитие ситуации в регионе в выгодном для Японии направлении. В связи с этим зимой 1919 г. Генеральный штаб заменил руководство военной разведки в России. 15 января в Японию были отозваны начальник 2-го отдела штаба ВЭА генерал-майор Накадзима Масатакэ и резидент в Омске генерал-майор Муто Нобуёси. После убытия Муто японскую военную миссию при Колчаке с февраля возглавил руководитель европейского отдела 3-го (разведывательного) отделения МГШ контр-адмирал Танака Котаро. Начальником разведки Владивостокской экспедиционной армии стал бывший глава 2-го управления Генштаба генерал-майор Такаянаги Ясутаро, который позднее сменил Танака на посту японского представителя при Колчаке456.
Необходимо отметить, что назначение главой омской миссии старшего офицера морской, а не армейской разведки противоречило принятой на тот момент практике невмешательства флота в континентальные дела и диктовалось желанием МГШ добиться от Колчака широких гарантий для японских нефтяных концессий на Сахалине в расчете на дружеские отношения, сложившиеся между двумя адмиралами во время пребывания Танаки в Севастополе (1916) и Колчака в Токио (1917). Фактически же все время пребывания в Омске – с февраля по июль 1919 г. – Танака был занят урегулированием конфликта Семенова с Колчаком457.
Кадровые изменения коснулись и руководства головных разведывательных органов в Харбине, Хабаровске и Чите: 20 февраля 1919 г. их возглавили генерал-майор Исидзака Дзэндзиро, полковники Гоми Тамэкити и Куросава Хитоси. До прибытия Куросава в Читу главным военным советником при Семенове оставался капитан Куроки Синкэй458.
С учетом все возраставших потребностей Генштаба и кабинета министров Японии в оперативной оценке событий на Дальнем Востоке, в Сибири и Забайкалье, а также для координации деятельности японских военных советников при русских администрациях, формально числившихся за Генштабом либо за пехотными дивизиями459, 27 февраля 1919 г. начальник штаба ВЭА генерал-лейтенант Юхи Мицуэ направил на утверждение в военное министерство «Положение об учреждении органов особой службы», определявшее задачи, зоны ответственности и штатное расписание организованных на принципиально новой основе разведорганов армии, которые в официальной переписке с русским командованием именовались «японскими военными миссиями» («токуму кикан»).
В оперативном отношении все ЯВМ подчинялись 2-му отделу штаба Владивостокской экспедиционной армии во главе с генерал-майором Такаянаги Ясутаро. Общими для всех миссий задачами являлись ведение агентурной разведки, координация и контроль работы русской администрации, помощь в организации Белой армии, надзор за деятельностью местной печати.
Миссии подразделялись на головные и периферийные: харбинская ЯВМ руководила миссией во Владивостоке, хабаровская ЯВМ – миссией в Благовещенске, читинская ЯВМ – миссией в Иркутске. Независимый статус сохранила только омская ЯВМ, на которую также возлагалась связь с правительством Колчака и высокопоставленными военными представителями союзных держав. Всего же в японских военных миссиях на территории Дальнего Востока, Забайкалья, Сибири и Северной Маньчжурии служило 27 офицеров и гражданских специалистов, причем наибольшими штатами располагали органы в Омске (11 сотрудников) и Харбине (5 сотрудников)460.