Русские отступили и начали строить флот для новой кампании. Всего за несколько месяцев под Воронежем было построено множество галер, брандеров и вспомогательных судов. Поставкой леса и мобилизацией рабочей силы из относительно близлежащих мест, как обычно, занимался Разрядный приказ; новшеством стало то, что строительство русского флота происходило под присмотром иностранных мастеров и при личном участии самого царя. Судоходные характеристики этих кораблей оставляли желать лучшего, но то, что их удалось построить в такие короткие сроки, было настоящим чудом. Как показали последующие события, этот южный флот был пригоден для выполнения своей первой боевой задачи [Phillips 1995: 59–70, 85–99; Perry 1968: 7–11; Загоровский 1960: 163–164].
Второй Азовский поход быстро продемонстрировал, что Петр извлек важные уроки из своей неудачи в предыдущей кампании. Сорокашеститысячная русская армия (стрельцы, отборные и разрядные полки пехоты, 20 тысяч казаков и 3000 калмыков) выступили прямо к Азову, не совершая отвлекающего маневра в устье Днепра. Гордону удалось разместить батареи на земляных укреплениях, откуда сверху простреливались город и гавань; в результате турецкому флоту не удалось высадить войска и выгрузить припасы. Главными силами русской армии командовал воевода А. С. Шеин, а гвардейские полки особенно отличились в осаде, проявив высокую боевую и тактическую выучку. Много пользы принесли и казаки, которые на своих легких лодках смогли незаметно подойти к Азову, сжечь и захватить часть турецкого флота. Стрельцов же, многие из которых были оставлены после предыдущего похода защищать захваченные у турок сторожевые башни (каланчи), Гордон в своем дневнике подвергает жесточайшей критике, называя их бесполезными лентяями. В 1698 году недовольные тяготами долгой и дальней службы и тем, что царь предпочитал назначать на высшие военные должности иностранцев, стрельцы снова взбунтовались. Несмотря на то, что в начале своего правления Петр продолжал следовать прежнему внешнеполитическому курсу и опирался на существующую административную систему, его стремление к европеизации России и реформированию ее военного устройства было очевидно уже тогда. В июне Азов капитулировал217.
Европейские державы не обратили особого внимания на эту победу молодого русского царя. Хотя Священная Лига и была создана для борьбы с Османской империей, взятие русскими Азова не принесло союзникам (да и самой Москве тоже) никакой непосредственной выгоды. В 1699 году Габсбурги подписали с Портой Карловицкий мир и вышли из Священной Лиги. Известия об этом положили конец планам Петра получить выход к Черному морю через Керченский пролив. Русское государство немедленно вступило в переговоры с Турцией. Россия на 30 лет получала Азов, уступая взамен занятую русскими войсками часть Поднепровья; все новые крепости в устье Днепра должны были быть срыты. Прочие требования Москвы, в частности касавшиеся прав православного населения на землях Османской империи, были отвергнуты.
Однако если говорить о том, как изменилась ситуация в степном пограничье, то здесь последствия взятия русскими Азова были куда более значительными. Во-первых, положение городов и поселений, находившихся под защитой новой Изюмской черты, стало более безопасным. Число украинцев на этих территориях перевалило за 100 000 человек218; лишь в немногих городках воеводы имели русское происхождение. Вскоре на эти хорошо защищенные земли потянулись новые поселенцы из России. В конце XVII столетия здесь был сформирован новый разрядный полк, и одновременно с этим было принято постановление, запрещавшее брать на военную службу беглых крепостных. Начиная с 1692 года на Слобожанщине комплектовались приписанные к Белгородскому разряду полки, которые затем приняли участие в Азовских походах Петра.
Еще более важным следствием азовской победы 1696 года стало достижение некоторых договоренностей с калмыками, которые смирились с русским присутствием на этих территориях; в свою очередь, царское правительство сочло выгодным заключить с ними союз. Русские помогали калмыкам в их степной войне с казахами и каракалпаками, а калмыки сдерживали набеги других кочевников на южное пограничье и участвовали в походах русской армии в качестве вспомогательного войска. Полоса ничьей земли между границами Русского государства и Османской империи сузилась еще больше и пролегала теперь к северу от Кавказского хребта. Калмыки сохранили определенную свободу, однако то время, когда на их пастбища нахлынут новые волны русских поселенцев, было уже не за горами. Схожую политику «разделяй и властвуй» царское правительство применяло и в отношении народов на востоке степи. Так, притеснения местными властями башкир вскоре привели к тому, что в борьбе за пастбища они стали воевать с казахами219. Свободного пространства в степи оставалось все меньше, а влияние Русского государства становилось все сильнее.