20 апреля 1990 года на сессии Моссовета Г.Х. Попов был избран председателем Московского совета народных депутатов. Его предвыборная программа содержала несколько пунктов. На первое место будущий председатель выдвинул идею разработки концепции выживания Москвы в условиях рыночной экономики, обосновал необходимость поиска новых путей организации поставок продовольствия, чтобы производитель был заинтересован в партнерстве с Москвой. Для этого необходимо было повысить конкурентоспособность московских товаров, технологий, разумно использовать выгодные столичные условия, что и реализовывал Попов уже во время пребывания на посту мэра.
Главным направлением деятельности Моссовета провозглашалась социальная защита москвичей в условиях радикальной экономической реформы. Г.Х. Попов предложил разработать программу работы Моссовета на пять лет, которую должны широко обсудить в Москве и одобрить жители.
Талант Попова-политика проявился в ходе борьбы за кресло председателя Моссовета. Несмотря на свои оппозиционные воззрения, он не отказывался от сотрудничества демократов с аппаратом: «Наша задача состоит в том, чтобы опереться в полной мере не только на депутатов, но и на весь профессиональный корпус аппарата Москвы […] Совершенно справедливо, демократии нет без профессиональных администраторов». Впоследствии многие упрекали его и за это, даже обвиняли в отходе от принципов, в непоследовательности и прагматизме. Но Моссовету предстояло руководить экономикой огромного города, сделать это либеральными методами в условиях существования административно-командной системы было невозможно, значит, администрирование должно было сохраниться вместе с администраторами.
Лихие депутаты-демократы имели тогда несколько примитивное, почти революционное представление о своей роли — раз они взяли власть, то должны посадить на ключевые посты своих аппаратчиков. Но именно их-то у демократов пока не было. Чтобы стать профессиональным управленцем и администратором, необходимо иметь соответствующий опыт лет десять — пятнадцать. Кроме того, Попов как специалист по управлению знал, что самый честный человек, став администратором, не сможет не играть по правилам этой системы, ничего кардинального в ней не изменит, а, наоборот, система его использует. Ведь чистка кадров ни при Андропове, ни при Ельцине ничего не изменила. А вот обвинение во всех неудачах, связанных с функционированием системы, как это и произошло позднее на российском уровне, ляжет на демократов-аппаратчиков.
На рубеже 80-х — 90-х годов продолжала существовать система управления, при которой советами с исполкомами фактически руководил горком КПСС, который утверждал кандидатуры депутатов Моссовета. Избранный на альтернативных выборах Моссовет выпадал из этой отлаженной системы и выходил из-под контроля горкома.
С избранием Г.Х. Попова на пост председателя Моссовета даже закулисный контроль за Президиумом Моссовета горкомом КПСС стал невозможен. Но сохранялась возможность влияния горкома через председателя Исполкома Совета, поэтому так важно было сделать правильный выбор кандидатуры на этот пост. Нужен был сильный администратор, хозяйственник, причем устойчивый к давлению КПСС. Выбор Попова остановился на Ю.М. Лужкове, который ранее был заместителем В.Т. Сайкина и не только заведовал продовольственным обеспечением города, кооперацией и другими негосударственными формами хозяйствования, но и был их защитником: «И, наконец, он был известен тем, — пишет Попов — что внедрил экономические методы в работу плодоовощных баз города и избавил сотни тысяч москвичей от многолетнего кошмара — всю зиму ходить на эти базы и перебирать гниющий картофель». А главное — Лужков никогда не был партаппаратчиком, он долгие годы руководил научно-исследовательским институтом, оттуда пришел в горисполком. Ю.М. Лужков стал председателем Исполкома Моссовета, он сформировал временное правительство города. Насколько правильным и дальновидным был этот выбор, показало время. Кроме того, назначение Лужкова сняло обеспокоенность аппарата за свою судьбу и настроило всех на совместную с демократами работу.
Частичная, половинчатая реформа представительной власти, как и вся деятельность Горбачева, создала в стране парадоксальную ситуацию: власть, с одной стороны, оставалась у аппарата КПСС, а, с другой стороны, появились наделенные правами Советы, не подчиняющиеся партии, вследствие чего началось противостояние между властными органами разного уровня, метко названное журналистами войной законов. Трудные условия складывались в Москве для работы — аппарат КПСС делал все возможное, чтобы дискредитировать демократическую власть.