Когда Моссовет начал разбираться в причинах дефицита, выяснилось, что в 1990 году прекратился импорт сигарет, правительство решило на сигареты валюту не тратить. Запасов отечественного табака не хватило, потому что, во-первых, табак скупали в России в больших количествах прибалты, они, готовясь к отделению от СССР, повысили цены на сигареты у себя. Во-вторых, сократилось поступление табака из Узбекистана, в результате межнационального конфликта были изгнаны турки-месхетинцы, традиционно занимавшиеся выращиванием табака. Рушились и межреспубликанские связи. В Армении был единственный завод по производству сигаретных фильтров, который не работал из-за карабахского конфликта. А в Москве остановились на традиционный летний ремонт фабрики «Ява» и «Дукат».
Такой кризис мог ликвидировать только целый комплекс мер, который и разработало руководство Моссовета. Срочно был закончен ремонт фабрики «Дукат». Президиум Моссовета обратился к трудовым коллективам этих фабрик с просьбой работать шестой день в неделю, а продукцией, произведенной в этот день, фабрики могли распоряжаться самостоятельно. Фабрики были освобождены от ограничений на выплату премий. На более долгосрочную перспективу были рассчитаны меры по реконструкции фабрик, выделена валюта, к производству запчастей для оборудования фабрик были подключены оборонные предприятия.
Но самой радикальной мерой стало введение талонов — очень непопулярный шаг — из расчета 10 пачек на москвича, курящего или некурящего. Новый подход в решении старой проблемы дефицита состоял в том, что весь остальной запас сигарет был пущен в открытую рыночную продажу, чтобы заставить торговлю выбросить на прилавки припрятанные сигареты. На деньги, полученные от рыночной прибыли, был образован в Москве Фонд социальной защиты населения, так как речь шла о продукции не частной, а государственной промышленности.
В конце августа 1990 года в Москве разразился хлебный кризис. Обычно в это время года в городе спрос на хлеб повышался на 30 процентов — люди приезжали из отпусков, с дач, дети из лагерей, возвращались в город студенты. Поэтому специально создавался запас муки на это время. Но в 1990 году он быстро исчез, и началась хлебная паника. При разборе обстоятельств кризиса выяснилось, что его природа та же, что и у табачного. Хлебные заводы двадцать лет не реконструировались, оборудование устарело, не было запчастей к оборудованию, конвейеры простаивали еще и потому, что некому было работать — люди из-за низкой зарплаты уходили с завода. Москвичи на хлебозаводах не работали, поэтому они держались на иногородних рабочих. Но новый Моссовет, исходя из общего мнения москвичей, лимитную прописку в Москве иногородних рабочих запретил.
Для ликвидации кризиса был проведен срочный ремонт оборудования, часть запчастей изготовили оборонные заводы, часть была срочно закуплена за границей. Вопрос о рабочей силе на хлебозаводах решили за счет учащихся ПТУ, руководство Моссовета обратилось к Министерству обороны с просьбой предоставить солдат для работы на заводах. Лужкову в течение двух недель удалось запустить часть простаивающих конвейеров, были введены ночные смены, повышена зарплата квалифицированным рабочим. Пришлось использовать для производства хлеба мощности кондитерской промышленности. За две недели Моссовету удалось снять ажиотаж и справиться с ситуацией. Но на будущее были разработаны меры по перестройке хлебопекарной отрасли, по переходу от больших заводов к мелким пекарням, действующим в каждом микрорайоне. Принятые меры должны были привести к разгосударствлению предприятий, повысить работоспособность, мобильность и самостоятельность заводов, пекарен и булочных.
В принципе руководство хлебопекарной промышленности многое могло бы сделать самостоятельно. Но сказалась многолетняя привычка полагаться на вышестоящие органы, которые давят, «вызывают на ковер», объявляют выговоры. Как только партия перестала вмешиваться в хозяйственные дела, выяснилось, что самостоятельно руководить своим предприятием мало кто хочет, не привыкли перетруждаться.