Вопрос об учреждении поста мэра не был чисто волевым шагом одного человека, в данном случае председателя Моссовета Попова. Он был решен на мартовском референдуме 1991 года, когда москвичи одновременно высказали мнение о введении поста президента России и сохранении СССР.
Размышляя над правильностью принятого им решения участвовать в выборах мэра, даже несмотря на предвидение будущего конфликта, Г.Х. Попов так объяснил свое согласие: «Будь в то время послеавгустовская ситуация — отстранение КПСС, — я бы, скорее всего, на выборы не пошел. Но тогда, в апреле, борьба с КПСС была столь острой, что мой отказ от участия в выборах мэра ослаблял бы позицию демократических сил. И я решился».
Пришлось срочно подводить законодательную базу под новый институт городского управления, не дожидаясь принятия закона о статусе Москвы. В апреле за подписью Р.И. Хасбулатова было принято постановление Верховного Совета РСФСР «О статусе и структуре органов управления г. Москвы», которое определило функции Моссовета и мэра. А 27 апреля постановлением Верховного Совета было утверждено «Положение о порядке избрания мэра города Москвы». Параллельно коммунисты активно готовились к выборам и неустанно критиковали Попова. В интервью «Московской правде» первый секретарь МГК КПСС Ю.А. Прокофьев обвинил Попова в авторитарных пристрастиях, в том, что, придя к власти под демократическими лозунгами, он в своих практических действиях демократическими принципами не руководствовался, поэтому Моссовет с ним «поссорился».
Горком партии на выборы не смог выдвинуть такого кандидата, который устроил бы всех в аппарате КПСС, причем единого кандидата компартия не смогла выдвинуть и на президентские выборы. Ошибкой было то, что горком взял курс на два тура голосования. В первом туре несколько кандидатов должны были отобрать у Попова голоса: Ключев — голоса научных работников, Брячихин — региональщиков, Сайкин — избирателей с промышленных предприятий. Предполагалось, что на второй тур останется только один их них. Но Попов 12 июня 1991 года набрал более трех миллионов голосов в первом же туре (почти 2/3) и был избран первым мэром Москвы. Вице-мэром стал Ю.М. Лужков.
Первое, что сделал Попов на посту мэра, — отменил плату за проезд в городском транспорте для пенсионеров. Но и эта мера вызвала язвительный комментарий. Один из депутатов Моссовета напомнил об апрельском решении Президиума и Исполкома Моссовета о повышении стоимости проезда в три раза.
Новый мэр принялся за работу немедленно. За короткий срок с 13 июня по 19 августа 1991 года им было принято 16 важнейших распоряжений, которые устанавливали порядок формирования органов исполнительной власти в Москве, обозначали компетенцию вице-мэра, правительства, городского собрания и других структурных подразделений мэрии, вводили новое административное деление Москвы на округа и районы, утверждали временные положения об органах управления в округах — префектурах, о столичной коллегии. До августа 1991 года была почти сформирована в Москве новая исполнительная вертикаль, которой вскоре суждено было пройти испытание на прочность.
После выборов вся политическая атмосфера России была пронизана ожиданием грозных событий. Все предчувствовали неизбежность силового варианта разрешения конфликта между центром и республикой. Горбачев позднее утверждал, что ничего не знал о готовящемся силовом варианте. Попов считает иначе. «Я думаю, что именно после разрыва левоцентристской коалиции, после провала программы «500 дней», после начала попыток создать президентский режим и были подготовлены, как достаточно цельные, варианты того, что потом было названо путчем. Тогда это называли системой чрезвычайных мер. Горбачев как Президент не мог не знать о них».
События 19 августа… Это день стал днем политического размежевания, когда каждый гражданин должен был определить свою позицию по отношению к путчу и путчистам. Это относилось и к московским властям. Естественно, что Попов, как только узнал о путче (утром 19 августа он был в Киргизии на озере Иссык-Куль), сразу же приехал в Москву к Ельцину и активно поддержал президента.
Мэр, находясь рядом с российским президентом, организовывал мирное сопротивление москвичей, выступал на митингах и по единственному, сохранившему независимость вещания, радио «Эхо Москвы». Он настраивал москвичей на доброжелательное отношение к солдатам воинских частей, введенных в Москву, призывал идти на митинги протеста. И жители столицы, всегда наиболее политизированная часть российского общества, своего мэра и своего президента поддержали. Москва тогда продемонстрировала столь редкое для истории России явление: единство законной власти и общества.
Горбачев, вернувшись из Фороса, упустил шанс возглавить победившую страну. 23 августа он долго колебался, прежде чем принять решение об уходе с поста генсека, о разрыве с ЦК, поддержавшем путч, о роспуске КПСС.