Устав 1869 г. действовал лишь 15 лет и был сменен новым Уставом, который и современники, и исследователи часто называют «контруставом» по отношению к Уставу 1869 г. Задача данного раздела – выявить причины, вызвавшие проведение реформы духовных академий 1884 г.; проанализировать основные идеи проектов духовных академий и мнений архиереев, составленных в процессе разработки реформы; основные положения Устава 1884 г., относящиеся к учебному процессу и научной деятельности академий, и проблемы, возникшие в духовных академиях при его введении.
Устав 1869 г. критиковали на протяжении всего периода его действия, желая его рабочей коррекции или радикального изменения. Но преподаватели духовных академий, даже наиболее резко настроенные, могли лишь высказать свое мнение, без проявления какой-либо инициативы. Корпорации, получившие опыт самостоятельных обсуждений и решений в пределах одной академии, готовы были участвовать и в более широких дискуссиях и преобразовательной деятельности, но по привлечению церковной власти. Таким образом, для корректировки Устава нужна была внешняя – высшая – инициатива: она могла исходить от Святейшего Синода, государственной власти или лично обер-прокурора.
К концу 1870-х гг. произошло изменение отношения государственной власти и общества к проведенным в 1860-е гг. реформам: неудачные результаты некоторых из них, в том числе церковных, заставляли думать об их приостановлении, если и не полной отмене. Общий контрреформационный настрой заставлял критически оценить результаты всех преобразований, в том числе и духовно-учебных.
Рост революционных настроений и нигилистической пропаганды в России к началу 1880-х гг. остро поставил вопрос о воспитании народа в духе преданности Церкви и российскому престолу. Надежды, возлагаемые в этом вопросе на церковно-приходские школы и приходское духовенство, заставили обратить внимание на правильную постановку образования в духовной школе. Отзывы епархиальных преосвященных и ревизоров о состоянии семинарий давали основания для беспокойства. Замечания архиереев касались в основном воспитательных проблем, но авторы указывали на связь этих проблем с недостатками в учебном процессе, что ставило вопрос и о неверном направлении в учебном и научном развитии академий как педагогических институтов.
Студенческие волнения, ставшие нескончаемым процессом в светских высших школах, стали отражаться на состоянии духовных академий: конкретная связь студентов духовных академий со студентами светских учебных заведений обнаруживалась редко, но представляла потенциальную опасность. Император Александр II при разработке реформы в 1867 г. высказывал надежду на академии как на оплот благочестия. Но по прошествии времени Устав духовных академий 1869 г., допустивший проживание студентов духовных академий на городских квартирах и открывший доступ в академии вольнослушателям, оценивался критически и с этой стороны.
Разработка нового университетского Устава, начавшаяся еще в 1872 г. и продолжавшаяся 12 лет, делала проблемы высшего образования одной из наиболее обсуждаемых тем в образованной части общества. При этом затрагивались и проблемы высшей духовной школы: Устав 1869 г., развитие богословской науки, контакты преподавателей духовных академий с университетскими коллегами приблизили духовно-учебные проблемы к общеобразовательным.
В Святейшем Синоде в конце 1870-х гг. при обсуждении проблем духовной школы, участившихся случаев дисциплинарных нарушений ставился вопрос о неправильном настрое преподавателей, но большие опасения вызывали преподающие в семинариях кандидаты университетов. Епархиальные архиереи указывали на вредные последствия предоставления широких прав преподавательским корпорациям и на необходимость более определенной власти архиерея по отношению к духовным школам.