Константинополь возвышался вопреки всем правилам и канонам, силой факта. Халкидонский собор только узаконил то, что уже давно существовало фактически: в его 28-м правиле было сказано, что власти Константинополя подчиняются три диоцеза, фракийский, азийский и понтийский. Митрополит Ираклийский, бывший когда-то начальником константинопольского епископа, стал его подчиненным. Кроме того, собор постановил, что патриархи могут пересматривать вопросы, решенные митрополитами и поместными соборами, причем только к константинопольскому патриарху можно обращаться из любого места восточной империи, в том числе по делам, касавшимися других патриархов. Это поставило Константинополь выше всех церковных кафедр Востока, в том числе Александрии и Антиохии. Александрийские папы открыто возмущались, считая, что Константинополь должен признавать власть и авторитет их кафедры, как более древней и наиболее влиятельной на Востоке, и нередко пытались ставить в столичные патриархи своего епископа.
После захвата Александрии, Антиохии и Иерусалима арабами значение этих кафедр резко упало. Число христиан в захваченных областях тоже сильно уменьшилось, а оставшиеся подвергались притеснениям и гонениям: им запрещалось занимать общественные должности, совершать крестные ходы и похоронные процессии, звонить в колокола и служить литургию. Христиане не имели права ничего продавать и покупать, в том числе и вино, поэтому для совершения Евхаристии приходилось толочь сушеный виноград и смешивать его с водой. Христианские храмы разрушались или облагались огромными налогами, епископов сажали в тюрьму, у простых верующих отнимали имущество и даже детей, казнили их по первому доносу. Всех христиан заставляли одеваться в нелепую и унизительную одежду, вешать на себя пестрые лоскуты и бахрому и носить особый деревянный крест со свинцовой печатью, а на их домах христиан оскорбительно размещали изображения собак, обезьян и самого дьявола. Мусульманские власти нарочно сеяли раздоры между разными ветвями христианства и покровительствовали сектантам, которые были врагами их врага — Византийской империи.
В результате число христиан в Египте сократилось с нескольких миллионов до десятков тысяч, из которых большинство были еретики-яковиты. В православной Александрийской церкви оставалось не больше десяти епископов. Местные христиане перестали говорить на греческом и перешли на арабский. Патриархами все чаще становились незначительные, малообразованные люди, неизвестные сегодня даже по именам. Христианство на Востоке все больше гасло и глохло, превращаясь в малочисленную группу жителей мусульманских государств.
Несмотря на это, Церковь продолжала строго держаться учения о пентархии — главенствовании 5 патриархов: римского, константинопольского, александрийского, антиохийского и иерусалимского. Считалось, что власть пяти патриархов божественна, дарована им Господом, и их решения обязательны для всех. Бог основал Церковь на 5 патриархах, их правление будет вечным. Пять патриархий так же необходимы для полноценной жизни Церкви, как пять чувств — для полноценной жизни человека.
Рим
Значение Римской и Константинопольской церквей выросло благодаря особому положению этих городов в государстве. И тот, и другой были столицами, крупными центрами, где находилась власть и куда стеклось множество людей с разных концов империи. К тому же, на Западе Рим был единственным городом, в котором существовала древняя церковь, основанная одним из двенадцати апостолов. Авторитет «первоапостола» Петра делал римского папу неизбежным кандидатом в патриархи сначала всей Италии, а потом и всего Запада.
Несмотря на это, распространение церковной власти Рима проходило не слишком гладко. Ему пришлось преодолевать сопротивление многих авторитетных церквей, которые издавна существовали на Западе и не собирались подчиняться никаким другим епископам, даже римским. Церковь в Медиолане была основана ап. Варнавой, а епископскую кафедру здесь долгое время занимал знаменитый Амвросий Медиоланский, что придавало ей особое значение и вес. Она чувствовала себя настолько независимой, что во время спора «о трех главах» формально отделилась от Рима и была возвращена в ее лоно только папой Григорием Великим. Аквилейская церковь (Венеция) считалась основанной св. Марком, ее митрополиты называли себя патриархами и лишь в конце седьмого века признали власть римского папы. Одно время колебался сам статус Рима как главного города империи: во время нашествия вестготов император Гонорий перенес столицу в более защищенную, расположенную в горах Равенну, церковь которой также оставалась самостоятельной до VII века.