Со временем у латинской церкви появлялось все больше правил и обычаев, которые заметно отделяли ее от восточной. Например, западные христиане ели удавленину, хотя это было запрещено еще апостольским собором в Иерусалиме. Европейские клирики повсеместно брили бороды, что ромеи считали признаком женоподобности, и иначе, чем греки, делали тонзуры, подстригая их снизу, чтобы было похоже на венец. Прихожане римской церкви, вопреки требованиям византийцев, постились по субботам и совершали евхаристию в Великий Пост.
Еще больше разногласий появлялось в обрядах и богослужении. В отличие от греков, латиняне — или, как их тогда называли, «франки», — не употребляли в причастии квасной хлеб, только пресный, и не добавляли в евхаристическую чащу теплую воду («теплоту», по-гречески «зеон»), как это было принято у восточных. Во время Евхаристического канона латинские священники не призывали Святого Духа, хотя в византийской литургии эта часть молитв, называвшаяся «эпиклеза», играла важную роль. Таинство миропомазания у латинян могли осуществлять только епископы. Случалось так, что священник крестил нового христианина, но получить миропомазание тот не мог, потому что рядом не было епископа. Поэтому два этих таинства у франков разошлись во времени: тех, кого крестили во младенчестве, позже, в возрасте от 7 до 14 лет должны были подтвердить свое присутствие в Церкви, получив миропомазание; отсюда возник обряд конфирмации, то есть «подтверждения».
В западном богослужении среди прочих новшеств появилась органная музыка. Орган в литургическую практику ввел папа Виталий (VII век), но самые лучшие и качественные инструменты делались в Византии. Один из таких дорогих органов Константин Копроним подарил франкскому корою Пипину, отцу Карла Великого. Примерно в то же время на Западе возникла практика «тайных», или частных, месс, когда две мессы служились одновременно в одном храме: одна вслух, а другая тайно, шепотом, чтобы не мешать первой. Это было сделано вынуждено, из-за большого количество верующих.
Важной особенностью Рима церкви было безбрачие и священников, и епископов. В Византийской церкви обет безбрачия соблюдали только монахи и епископы, а священник, наоборот, не мог быть холостым (и поэтому никогда не мог стать епископом). Развод среди мирян в латинской церкви не допускался ни по каким причинам, но вступать в брак вдовцам и вдовицам разрешалось сколько угодно раз.
Наконец, на Западе клирики часто принимали участие в войнах с оружием в руках, что в Византийской церкви было строго запрещено, под страхом отлучения. Вид воинственных епископов и священников, восседавших на конях в полном боевом вооружении во время Первого крестового похода, повергал византийцев в шок.
Монахи
Монашество на Западе в это время тоже было не на высоте. Его обвиняли в тех же грехах, что и восточных монахов: стремлении к накоплению богатств, упадке нравственности и дисциплины. Однако как раз в начале X века европейское монашество получило новый мощный толчок в лице аквитанского герцога Гильома, который в 910 году основал в Клюни новый монастырь. Настоятелем он сделал бургундского аббата Бернона, ревностного последователя Бенедикта Нурсийского. Службы в клюнийском монастыре велись почти круглосуточно и не оставляли монахам времени ни на что другое, включая физический труд: они только молились.
Строгость жизни клюнийцев, их безупречная нравственная чистота и благочестие быстро завоевали им огромный авторитет. Во время сильного голода в 1028–1030 годах в южной Франции клюнийские монастыри открыли свои склады с хлебом и спасли множество людей. В то же время они призывали к покаянию, боролись за улучшение нравов и образованности духовенства, введение единой литургической практики. Они восстали против симонии — продажи церковных должностей за деньги, — что в то время было повседневной практикой, и так называемой инвеституры, когда феодалы или короли раздавали земли и светские должности представителям Церкви, требуя от них взамен вассальной зависимости. Особой популярностью пользовался клюнийский аббат Одон, прозванный «могильщиком» за постоянно опущенные к земле глаза. Его грозные проповеди, обличавшие порок и блудодейство мира, потрясали прихожан.
Начинание Бернона имело такой успех, что по всей Европе стали появляться «клюнийские» монастыри: не самостоятельные, а как бы филиалы главного, имевшие единый устав и одного общего настоятеля. К ним подключались и старые монастыри, переходившие на клюнийский устав. Все вместе это составляло конгрегацию (союз), в который в середине XI века входило 65 обителей по всей Европе. Кроме Клюнийской, позже появились множество других конгрегаций, которые стали называть орденами: валломброзанцы, цистерианцы, картузианцы и т. д.