Несколько позже, 8 мая 1918 г., по поручению Совнаркома Наркомюст образовал специальный отдел по проведению декрета об отделении церкви от государства и школы от церкви в жизнь во главе с П.А. Красиковым. Первоначально, в 1918 г., в соответствии с общим количеством отделов в наркомате отдел имел порядковый номер – VII, затем VIII, а в 1922–1924 гг. – V. Кроме официального названия за ним закрепилось и иное наименование – «ликвидационный отдел», которое иногда, особенно в церковной среде, толковалось как «ликвидация религий и церквей». Конечно, это не так. Речь шла о «ликвидации» правоотношений между церковными сообществами и государством, свойственных клерикальному (православно-христианскому) государству эпохи царской России, и о выстраивании новых, свойственных государству светскому.
Бонч-Бруевич настаивал, чтобы в формирующейся системе найти место и «общественному элементу», а потому предполагалось, что отдел будет опираться на консультативный орган – Комиссию, состоящую не только из представителей заинтересованных государственных ведомств, но и выразивших согласие на то религиозных организаций.
Первое организационное заседание комиссии состоялось 10 мая, пока без представителей религиозных организаций. Его возглавил управделами Совнаркома В.Д. Бонч-Бруевич, заявивший: «Мне думается, на Комиссию следует, во-первых, возложить разбор и разрешение многочисленных случаев нарушения декрета, возникающих на местах. Во-вторых, она должна взять на себя законодательный почин в деле издания правительственных актов в развитие, дополнение и разъяснение декрета. В-третьих, нужно подготовить детальную инструкцию о применении декрета и разослать на места, чтобы обеспечить единообразие в понимании и применении декрета».
В обсуждение вступил П.А. Красиков: «Мне представляется, что Комиссия, опираясь на Наркомюст, одновременно должна привлекать все необходимые силы из иных наркоматов и государственных ведомств. И именно к этой “головке” и можно добавить широкую Комиссию из экспертов и делегатов от церквей. Но чтобы как-то снизить поток в центр однообразных дел, следует разъяснить губернским Совдепам, какие вопросы они вправе решать самостоятельно, без обращения в Москву».
Профессор М. Рейснер лишь добавил: «Обязательно и в первую очередь нужны инструкции и инструкции для местных властей».
В.Д. Бонч-Бруевич: «Если все высказались, давайте примем решение о составе комиссии. Как сказал т. Красиков, нужна “головка”. Как мне кажется, в нее должны войти все присутствующие здесь. В качестве секретаря Комиссии давайте привлечем А.Ф. Ефтихиева, от Наркомюста. Если нет возражений, займемся “широким составом”. Есть мнения?»
Первым взял слово Ефтихиев: «У каждого религиозного общества есть официальные представители, к которым и следует обратиться. А кто они, где живут и прочие установочные сведения можно заполучить в МВД. Так что надо послать запрос товарищам в Питер с просьбой все это вскорости выслать в Москву».
«Я не против официальных руководителей, – отозвался Рейснер, – они есть и будут. Но нам нужны не они, а их представители-эксперты, могущие и быть рядом, и работать быстро. Поэтому следует обратиться к официальным лицам церквей с просьбой делегировать специалистов».
Вновь в диалог вступил Бонч-Бруевич: «Наверно, все согласны с этими мыслями. И все же, не дожидаясь переписки, сами мы можем наметить некий желательный список экспертов в Комиссию?» Послышались предложения: профессор И.М. Громогласов и К. Агеев от православных, М. Галкин из Питера, Мельников от старообрядчества, Проханов от евангелистов».
На этом заседание завершилось, наметив день следующей встречи, все стали расходиться. Однако, как показали последующие события, идея Комиссии экспертов оказалась мертворожденной. С одной стороны, этому не способствовало обострение общеполитической ситуации в стране, а с другой – проявившееся резкое неприятие со стороны П.А. Красикова каких-либо контактов с «церковниками». Поэтому «выжил» только специальный отдел при Наркомюсте, первое заседание которого состоялось 14 мая. Вел заседание В.Д. Бонч-Бруевич, и предложено было обсудить план ближайшей деятельности отдела. Он еще и еще раз заострял внимание на том, что деятельность отдела затрагивает «интимные интересы миллионов граждан Российской Федеративной Советской Республики, причем, несмотря на наблюдаемое ослабление влияния религии на население, оно продолжает относиться с болезненной восприимчивостью ко всяким незаконным посягательствам на свободу религиозных убеждений и отправление религиозного культа».