Чтобы добиться претворения в жизнь норм Конституции РСФСР о свободе совести и декрета об отделении церкви от государства, Наркомюст разработал специальную инструкцию «О порядке проведения в жизнь декрета об отделении церкви от государства и школы от церкви», которая была утверждена 24 августа и опубликована 30 августа 1918 г.[254] Она содержала в себе 35 пунктов, сгруппированных в шесть разделов:
1. О церковных и религиозных обществах (п. 1–3).
2. Об имуществах, предназначенных для совершения религиозных обрядов (п. 4-15).
3. О прочих имуществах (п. 16–25).
4. О метрических книгах (п. 26–28).
5. О религиозных церемониях и обрядах (п. 29–32).
6. О преподавании религиозных вероучений (п. 33–35).
Инструкция, как представлялось властям, исправляла упущения, недоговоренности и неясности декрета. По существу, каждый из тринадцати пунктов декрета теперь имел более или менее подробную содержательную расшифровку и объяснение порядка его реализации. В частности, конкретизировалось, что под действие декрета «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» подпадали: Православная, Старообрядческая, Католическая всех обрядов, Армяно-Григорианская, Протестантская церкви и исповедания: иудейское, магометанское, буддийско-ламаистское; и кроме того, частные религиозные общества, образовавшиеся для отправления какого-либо культа как до, так и после издания декрета. И хотя прав юридического лица им не предоставлялось, но устанавливалось, что отдельные их члены имели право устраивать складчины на приобретение для религиозных целей имущества и на удовлетворение других религиозных потребностей. Расписывался порядок создания местных религиозных общин и получения ими богослужебного и иного имущества и т. д.
Но вместе с тем, инструкция привносила новые смыслы в текст статей декрета и нередко явно не в пользу религиозных объединений: закрывались благотворительные и просветительные общества и изымалось их имущество; деятельность учтенных обществ все более и более дотошно регулировалась государством; отвергались всякие «вольности» духовенства в культовой и еще более во внекультовой сфере.
Инструкция встретила неприятие в православных рядах. Можно сказать, что эта позиция была запрограммирована, поскольку соборяне внутренне не могли, да и не хотели принимать новой власти, по отношению к которой считали себя противниками. Политическое неприятие всего и вся советского неотвратимо переносилось на все государственные акты, касавшиеся Православной церкви.
К вечеру первого дня сентября на Троицком подворье под началом патриарха Тихона открылось частное совещании членов Поместного собора и приглашенных лиц.