Иезуиты в Португалии в конце XVII в. обладали невиданной властью и влиянием, и это легко проверяемый исторический факт. Они принимали непосредственное участие в восстановлении независимости Португалии, и их мнение много значило при дворе и для первых двух монархов из династии Браганса. Казалось, их положение в первые годы правления дона Жуана V было довольно устойчивым. Его воспитанием занимались иезуиты, и в юности и первые семь лет его правления его исповедниками были тоже иезуиты. Однако с 1713 г. он сам выбирал себе исповедника из того или иного монашеского ордена. Он выказывал особое расположение ораторианцам и сделал щедрые пожертвования для их оратория Носса-Сень – орадаш-Несесидадеш. Правда, король не имел ничего против иезуитских исповедников у своего наследника и других своих детей. Он также богато украсил капеллу Святого Иоанна Крестителя в иезуитской церкви Сан-Роке. Часто король покровительствовал отдельным иезуитам, таким как итальянец падре Карбоне, который был одним из главных его советников вплоть до своей смерти в 1750 г., произошедшей за несколько недель до кончины самого Жуана V. Но по-настоящему близкими ему людьми были отец Гашпар да Энкарнасан и кардинал да Мота. По-видимому, он субсидировал просветительскую деятельность ораторианцев, намеренно противопоставляя их иезуитам, которые полностью господствовали в этой области. Наконец, король решительно противостоял попыткам иезуитов в миссии Мараньон – Пара запретить правящему епископу совершать инспекции их деревень. Его упорство в вопросе церковной юрисдикции заставило основного представителя иезуитов падре Жасинту де Карвалью в гневе воскликнуть: «Он просто свихнулся на этом вопросе!»
Наиболее опасным врагом иезуитов был поселенец из Мараньяна по имени Паулу да Силва Нунеш. Ему покровительствовал Бернарду Перейра де Берреду, автор классического труда об истории Мараньяна «Anais Historicos do Maranhao» (Лиссабон, 1749). Он был губернатором штата в 1718–1722 гг. и недоброжелателем ордена Иисуса. Его преемник Жуан да Майа да Гама, который умело и честно исполнял обязанности губернатора Мараньян – Пара с 1722 по 1728 г., был страстным сторонником иезуитов, и падре Жасинту де Карвалью в частности. Вскоре он вступил в конфликт с Нунешем да Силвой. Проведя некоторое время в тюрьме, он затем выехал в Лиссабон, где стал официальным представителем колонистов Мараньян – Пара. Вплоть до своей смерти в 1746 г. он продолжал обращаться к членам Совета по делам заморских территорий и другим влиятельным лицам с обличительными меморандумами о деятельности иезуитов в Амазонии. Вначале его поддерживал Берреду, а впоследствии – преемник губернатора Майа да Гама беспринципный дворянин Алешандре де Соуза Фрейре. Этот человек был ярым врагом иезуитов по причине того, что они отказали ему в займе 4000 крузадо в самом начале его губернаторства. Падре Жасинту де Карвалью вежливо, но твердо заявил ему, что у местной миссии и так много долгов, чтобы еще и оплачивать частные долги губернатора.
Паулу да Силва Нунеш был явно невысокого мнения об индейцах, которых называл «грязными дикарями, жестокими и низменными созданиями, напоминающих диких зверей во всем, за исключением своего человеческого облика». Он обвинил иезуитов в деспотических замашках и в узурпации королевской власти. Они подговаривали цветных слуг уходить от своих белых хозяев, из тех домов, где они выросли. Они снабжали индейцев огнестрельным оружием, что привело к убийству нескольких португальцев. В отдельных деревнях миссионеры построили тюрьмы, в которые без приговора бросали закованных в цепи белых людей. Так называемые деревни-миссии иезуитов стали больше напоминать деловые таможни, чем дома молитвы. И последнее, но не менее важное: они вели предательские переговоры с испанцами в верховьях Амазонки, с голландцами в верховьях Риу-Негру и с французами на побережье Гвианы.