Аудитор должен убедиться в наличии порядка такого раздельного учета в приказе по учетной политике для целей налогообложения.
При этом в соответствии со ст. 170 (п. 4, абз. 6) НК РФ указанный порядок должен предусматривать разделение «входного» НДС между облагаемыми и необлагаемыми оборотами исходя из пропорции, которая рассчитывается как отношение стоимости оказанных услуг, освобожденных от НДС, к стоимости всех услуг, оказанных за налоговый период (квартал).
По мнению Минфина РФ (Письмо от 29.10.2004 г. № 03-04-11/185), для обеспечения сопоставимости показателей в расчете пропорции стоимость оказанных услуг следует брать без НДС.
Аудитор должен убедиться в правильности расчетов при осуществлении раздельного учета и в соответствии распределения НДС между облагаемыми и необлагаемыми оборотами полученному расчету.
Также аудитор должен обратить внимание на правильность заполнения книги покупок в этом случае. Согласно п. 8 Правил ведения книг покупок и книг продаж (Постановление Правительства РФ от 02.12.2000 г. № 914), счет-фактура должен быть зарегистрирован в книге покупок на ту сумму, на которую производится налоговый вычет, исходя из результатов расчета.
Для исчисления налога на прибыль образовательная организация, как было указано ранее, также должна вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках целевого финансирования (целевых поступлений), не облагаемых налогом на прибыль, и доходов (расходов) от основной деятельности (оказания платных образовательных услуг и осуществления иных операций).
Особое внимание аудитора должны привлечь операции по безвозмездному получению имущества образовательной организацией, имеющей соответствующую лицензию на ведение уставной деятельности. Подобная операция не относится к целевому финансированию, так как не предусматривает использования этого имущества только по целевому назначению или только для осуществления мероприятий целевого характера. Об этом свидетельствует и тот факт, что льгота по налогу на прибыль при подобной операции предусмотрена НК РФ не в пунктах, устанавливающих льготы при целевом финансировании (целевом поступлении), а в другом месте (в подп. 22 п. 1 ст. 251 НК РФ). При безвозмездном получении образовательной организацией имущества (основных средств, материально-производственных запасов, денежных средств) в соответствии с указанной нормой НК Р Ф и дальнейшем его использовании в основной деятельности возникают вопросы признания в налоговом учете соответствующих расходов.
Следует указать, что НК РФ не содержит разъяснений по данному вопросу, поэтому нужно руководствоваться письмами Минфина РФ и арбитражной практикой.
В отношении расходов по начислению амортизации безвозмездно полученных для осуществления основной деятельности основных средств аудитор должен иметь в виду следующее.
Некоторые комментаторы указывают на то, что Налоговый кодекс РФ (ст. 256) не запрещает начислять амортизацию по основным средствам, безвозмездно полученным организацией в собственность для использования их в предпринимательской деятельности. Согласно п. 1 ст. 257 НК РФ, первоначальная стоимость основного средства (если основное средство получено безвозмездно) определяется как сумма, в которую такое имущество оценено в соответствии с п. 8 ст. 250 НК РФ. При этом комментаторы ссылаются также на Письмо Минфина РФ от 15.05.2008 г. № 03-03-06/1/318, которое утверждает, что в налоговом учете начислять амортизацию по основным средствам, полученны м безвозмездно, возможно.
Анализ указанных выше норм НК РФ показывает, однако, что Кодекс позволяет начислять амортизацию по полученным безвозмездно основным средствам, по которым в налоговом учете будет определена их первоначальная стоимость, равная внереализационному доходу (с которого будет уплачен налог), исчисленному исходя из рыночной цены основного средства. Но если основное средство безвозмездно получает лицензированная образовательная организация, то в силу льготы, установленной подп. 22 п. 1 ст. 251 НК РФ, внереализационный доход организации равен нулю, а значит, равна нулю и первоначальная стоимость основного средства. Вследствие этого амортизацию по такому объекту образовательная организация начислять не может.
Если же безвозмездно получены материально-производственные запасы, то возможность последующего включения их в состав материальных затрат при их списании Налоговым кодексом не предусмотрена (п. 2 ст. 254 НК РФ разрешает включать в состав материальных затрат сумму налога, исчисленного с внереализационного дохода от рыночной стоимости материально-производственных запасов, полученных в виде излишков, выявленных в ходе инвентаризации или полученных при демонтаже выводимых из эксплуатации основных средств).