Процессы, происходившие в университетах с начала XIX в., показывают дифференциацию и специализацию научных дисциплин и вместе с тем противоречие между назначением университета в качестве места подготовки научных кадров и профессионализацией. Учитывая положение университетов в первые десятилетия XIX в., немногочисленность студентов физико-математических факультетов, постепенный переход естественной истории к самостоятельному положению вне медицинских факультетов и, соответственно, переход зоологии и ботаники из рук докторов медицины в руки магистров ботаники и зоологии и докторов естественных наук, можно сказать, что университеты были больше нацелены на воспроизводство кадров, нежели на выпуск специалистов для образования или других отраслей. Однако достаточно длительное время воспроизводство кадров не имело успешного результата.
В области естественных наук практически все профессорские места действительно занимали готовые специалисты-иностранцы. Как таковой подготовки научной смены не велось. Закрепленный уставами университетов пункт о заграничных командировках практически не исполнялся, что было связано также со сложной внешнеполитической обстановкой, особенно после Наполеоновских войн. Проблема нехватки научных кадров осложнялась также углублением специализации и обособлением различных отраслей наук. Физико-математические отделения, естественно, не могли быстро наладить воспроизводство кадров, так как сами только начинали свое развитие. Именно такое сложное положение в высшей школе России и побудило академика Г. Ф. Паррота к созданию проекта Профессорского института, что помогло на какое-то время ослабить проблему дефицита собственных научно-педагогических кадров. Однако одновременное старение корпорации привело к еще более сильному кризису в 1850‑е гг.
Ситуация с учеными степенями на физико-математических факультетах прояснилась только после появления положения 1819 г. Степени физико-математических факультетов стали появляться в университетах в 1820‑е гг., и это были магистры физико-математических наук. Двухстепенная система, применяемая на этих факультетах, затрудняла получение степени доктора, поэтому все без исключения преподаватели биологических дисциплин, выпущенные российскими университетами в первой трети XIX в., являлись магистрами. Докторов по-прежнему поставляли медицинские факультеты. Поэтому неудивительным представляется получение медицинского образования после естественно-научного или вместо него теми, кто хотел заниматься ботаникой или зоологией. Отечественные доктора появились после создания Профессорского института, однако все они получили свои степени доктора медицины или доктора философии в Европе. При этом устав 1835 г. уже требовал от профессора степени доктора[1267].
Только к середине XIX в. естественные отделения физико-математических факультетов стали выпускать докторов естественных наук, которых во второй половине XIX в. сменили доктора зоологии и ботаники, ставшие повсеместным явлением среди профессоров-биологов, вытеснив обладателей медицинских степеней из среды профессоров естественных отделений. Таким образом, мы видим складывание системы ученых степеней на естественных отделениях, закрепленное положением 1864 г. Эта система прошла эволюцию от магистров физико-математических наук (1819) к магистрам ботаники и зоологии (1837), магистрам ботаники, магистрам зоологии и докторам естественных наук (1844), магистрам и докторам ботаники, магистрам и докторам зоологии (1864). Следует отметить, что степень доктора наук по естественному отделению фактически была оформлена только к 1840‑м гг., так как все профессора-биологи получали степень доктора медицины российского или европейского университета[1268]. Что касается остальных естественных наук, то согласно положению 1819 г. в ученую степень по естественной истории помимо ботаники и зоологии входила также минералогия, а физика и химия были вынесены отдельно. Положение 1837 г. объединило минералогию с химией и отправило физику в разряд математических наук, одновременно выделив в отдельный разряд технологию, сельское хозяйство и лесоводство. Следующее положение 1844 г. поправило эту ошибку, выделив для магистров пять разрядов: физики, химии, минералогии и геогнозии, технологии, сельского хозяйства и лесоводства, а для докторов два – физики и химии и естественных наук, куда входили ботаника, зоология и минералогия. Согласно последнему положению 1864 г. магистры и доктора могли получить степень по физике, химии, минералогии и геогнозии, физической географии, технологии и сельскому хозяйству. Лесоводство было «отправлено» в специализированные ученые заведения, а естественные науки завершили цикл специализации.