Когда разгорелась Гражданская война в США, Блэкуэлл взяла пример с Найтингейл. Элизабет полагала, что война открывает для женщин доступ к медицинской профессии. Изначально она предпринимала попытки по централизации возникающих идей о реформах, рассчитывая объединить их с уже существующими обществами. В конце апреля 1861 года она организовала встречу для женщин‑реформаторов в колледже Купер-Юнион. Там они основали Центральную женскую ассоциацию помощи (WCAR), которая ставила перед собой три основные цели: сотрудничать с медицинской службой сухопутных войск, обучать медсестер и объединять женские усилия по гуманитарной помощи [4]. Блэкуэлл и ее коллеги понимали, что для получения признания их организацию должен возглавить мужчина. Священник по имени Генри Беллоуз предложил свою кандидатуру. Он должен был отправиться в Вашингтон (округ Колумбия), чтобы встретиться с президентом и рассказать ему о планах организации.
Тем временем Доротея Дикс, которая на тот момент уже обладала репутацией защитницы прав душевнобольных, начала собственную кампанию. Как и Блэкуэлл, она во многом руководствовалась принципами Найтингейл и даже пыталась с последней познакомиться. В 1855–1856 годах, в разгар Крымской войны, Дикс совершила путешествие по Европе, изучая психиатрические лечебницы в попытке разобраться в принципах лечения. Она также побывала в Скутари, где совсем чуть‑чуть разминулась с Найтингейл. Но зато своими глазами увидела результаты ее деятельности на примере больничных палат [5]. Во время той поездки она, помимо всего прочего, узнала, как медсестры могут использовать политическую стратегию для продвижения сквозь дебри военной бюрократии. Когда разразилась Гражданская война в США, она обратилась напрямую к военному министру Саймону Кэмерону (подобно тому, как Найтингейл обратилась за помощью к Сидни Герберту).
Беллоуз в конечном счете объединился с Дикс, поскольку полагал, что она больше, чем Блэкуэлл, подходит для поддержки его кампании по продвижению санитарной реформы [6]. Покинув Нью-Йорк, Беллоуз проехал множество военных лагерей. Там он стал свидетелем антисанитарных условий и осознал, что реформаторам в Нью-Йорке следовало расширить масштабы своей деятельности. И не только обеспечивать армию одеждой, бинтами и прочими медицинскими средствами, но и работать с проблемами в области санитарной гигиены, которыми кишели армейские части. Главы воинских частей поначалу отказались от идеи санитарной комиссии, полагая, будто женские организации слишком навязчивы. Однако Беллоузу удалось убедить военное начальство и самого президента Линкольна в том, что гражданский корпус может оказать армии необходимую поддержку, выступив в роли буфера между срочными потребностями армии и решимостью женщин принять участие в войне. Беллоуз пообещал, что комиссию будут возглавлять мужчины, а женщины не станут вмешиваться в дела армии. Линкольн согласился и 13 июня 1861 года подписал декларацию, одобрив создание Санитарной комиссии Соединенных Штатов [7].
Благодаря заключенной с федеральными властями сделке во главе организации встали мужчины, а женщины оказались на периферии. Их вынудили занять подчиненные позиции помощниц личного состава. Блэкуэлл надеялась, что война предоставит женщинам возможность получить врачебное образование, однако ее видение санитарной комиссии было утрачено в результате действий Беллоуза. Блэкуэлл продолжала сотрудничать с Центральной женской ассоциацией помощи, но готовила женщин‑медсестер, а не женщин‑врачей [8].
Первое сражение при реке Булл-Ран, также известное как Первое сражение при Манассасе, состоявшееся 21 июля 1861 года, открыло военным и правительственным властям глаза на медицинские кризисы, которые неизменно порождают военные действия. Сотни раненых солдат остались на поле сражения или были эвакуированы в полевые госпитали. Помимо боевых потерь война также влекла за собой разрушение окружающей среды, из‑за чего получали распространение инфекционные болезни. В результате передвижений крупных полков истощались природные ресурсы, а запасы воды были ограниченны. Перемещения войск с одной точки на другую приводили к уничтожению экологических систем и повреждению грунта. Разбивка лагерей влекла за собой эрозию сельскохозяйственных ландшафтов и гибель лесов.