Для ослабления и полного подчинения себе боярства царь Иван учредил опричину. В Александровской слободе он построил себе дворец и окружил себя отрядом воинов, получивших название опричников; с их помощью начал он «перебирать» свое государство, выводя из него «измену». На свой опричный двор царь Иван отписал много земель, не считаясь с теми, кто жил на этих землях или кому они принадлежали. Затем началась перемена землевладельцев. «Вотчинников и помещиков, коим не быти в опричнине, – читаем в летописи, – царь велел из тех городов вывести и подавати земли велел в то место в иных городах». По этому повелению вотчинники и помещики целых уездов должны были переселиться в другие уезды, где указывал государь. Понятно, кого заставлял переселяться царь Иван и куда направлял переселение. В опричину он взял земли, где находилось много больших владений потомков прежних удельных князей. Многих из них Грозный сорвал с их старых родовых гнезд, где они еще чувствовали себя владетелями, и поселил подальше. Князья с верхней Оки получили земли к северу за Москвой, князья ростовские были переселены ближе к Оке. Тех из княжат, кого Грозный оставлял на старом гнезде, он брал в опричину, под свой строгий непосредственный надзор. Нечего и говорить, какой сильный удар нанесло княжатам это переселение с земель, где предки их были государями, где их все знали и почитали; они вдруг очутились на новых местах, среди населения, которое их не знало и относилось к ним равнодушно. На прежних землях у бояр-княжат были свои служилые люди, которые получали землю от них и служили у них в отрядах; Грозный обратил этих боярских служилых людей в служилых людей великого государя. После такой «переборки» целые века складывавшиеся хозяйства были разорены. Опалы и казни пресекали всякую тень сопротивления со стороны княжат. Некоторые княжеские роды были истреблены поголовно.
Опричина и все связанные с ней меры подорвали могущество княжого боярства. Преследуя право отъезда бояр, Грозный низводил бояр-княжат в положение простых подданных; лишая княжат права держать от себя служилых людей, царь отнимал у бояр вооруженную силу и указывал, что военную службу можно нести только под самим государем, и бояре-княжата такие же его, царевы, слуги, как все служилые люди; сажая в Боярскую Думу людей незнатных, царь Иван ослаблял силу княжого боярства в правительстве, а мерами опричины лишал бояр-княжат власти и значения на местах и разорял их благосостояние; жестокими казнями царь Иван истребил фамилии знатнейших княжат. После царя Ивана княжатам стало невозможно оправиться и вернуть себе прежнюю силу даже в такую благоприятную для этого рода начинаний пору, как Смутное время. Не удалось им это прежде всего потому, что против боярства был и народ. Но, карая жестокими казнями всякое, даже кажущееся противоречие царской власти, царь Иван по внешности ничего не изменил в государственном устройстве. По-прежнему Боярская Дума и при нем и при его наследниках стояла во главе управления, суда и законодательства в Московском государстве, только эта Дума бояр все более и более оказывалась в подчинении царской власти и, благодаря мерам опричины, не могла ставить себя рядом с царем, как обязательный для государя совет, чего так хотели достичь и утвердить в строе Московского государства бояре-княжата XV и начала XVI века. И при царе Иване и долго после него путь в Думу открыт широко для знатного боярства, но рядом с ним и тоже по назначению государя являются заседать в Думе иногда совсем незнатные думные дворяне и дьяки. Знатному человеку царь Иван считал себя обязанным послать «сказать думу», когда к тому время подходило, но этот знатный думец стал теперь таким же слугой государевым, каким был и заседавший вместе с знатным человеком любой из думных дворян.