Последовавшие за св. Филиппом слабохарактерные митрополиты «только молчали», разрешили царю четвертый и пятый браки, вопреки всем каноническим правилам, и не осмеливались вмешиваться в дела и поступки «царского величества». Новгородский архиепископ Пимен был утоплен, его преемник Леонид зашит в медвежью шкуру и затравлен собаками, – оба по одному подозрению в противлении царской власти.
Участие митрополита в заседаниях думы царь Иван хотел свести к одному почету и всячески препятствовал главе духовной власти сказать свое слово по-своему. «Священство, – писал царь Иван, – не должно вмешиваться в царские дела; дело монахов – молчание; иное правление святителей и иное царей. Когда Бог освободил израильтян от плена, разве Он поставил во главе их священника или многих советников? Нет, Он поставил им одного Моисея, как бы царя, Аарону же вручил священство, не дозволив ему вмешиваться в гражданские дела; но когда Аарон отступил от этого, то и народ отпал от Бога. Видите, священникам не следует брать на себя царских дел. Точно так же Дафан и Авирон вздумали восхитить себе власть, но и сами погибли и какое бедствие навели на весь Израиль! После того судьею был Иисус Навин, а священником Елеазар. Пока управляли израильтянами судьи, какие победы одержали они над врагами! Но когда Илий, священник, взял на себя священство и царство, израильтяне терпели поражения до воцарения Давида… Нет царства, которое не разорилось бы, подчинившись обладанию попов!» – кончает свою горячую речь царь Иван.
При первых царях из дома Романовых, пока патриархами были такие смирные люди, как Иосиф и его ближайшие предшественники, видимое первенствующее положение главы духовенства не имело большого влияния на течение государственных дел. Патриарх Иосиф не только не вмешивался в них, но даже допускал вмешательство светской власти в свои патриаршие дела и не умел протестовать, например, против учреждения Монастырского приказа, против мер, стеснявших монастырское землевладение, и т. д.
Но вот патриархом становится такая крупная, самовластная личность, как новгородский митрополит Никон. Царь Алексей искренно любил сильного духом и словом митрополита Никона, называл его своим «собинным другом» и подчинялся ему во всем, хотя Никон не скрывал своего недовольства новым Уложением и в Новгороде правил всем так, что о гражданских властях и слышно не было. Мечты митрополита простирались далеко и парили высоко. Еще из Новгорода сообщал он царю, как однажды после заутрени, когда он читал псалмы, видит он вдруг, что над образом Спасителя показался золотой венец, который пошел по воздуху, остановился над головой его, Никона, и опустился на него, «и я обеими руками ощущал его на своей голове, – говорит Никон, – и вдруг венец стал невидим».
В 1651 году Никон уговорил царя Алексея перенести в Москву, в Успенский собор, мощи св. митрополита Филиппа, низвергнутого царем Иваном и умерщвленного им. Мысль Никона была ясна: он хотел торжеством перенесения мощей добиться того, чтобы светская власть торжественно покаялась в своем грехе и тем самым как бы признала первенство власти духовной. За св. мощами Никон отправился сам в Соловецкий монастырь и повез с собою грамоту царя Алексея к св. Филиппу, в которой царь, обращаясь к святому, писал: «Молю тебя и желаю, чтобы ты пришел сюда разрешить согрешение прадеда нашего царя Иоанна, совершенное против тебя безрассудно, по зависти и беспредельному гневу. Хотя я не виноват в досаде, причиненной тебе, однако гроб прадеда моего постоянно убеждает меня и возбуждает во мне жалость, что вследствие твоего изгнания и до сих пор царствующий град лишен твоего святительского пастырства. И потому я преклоняю пред тобой сан царский за прадеда моего, против тебя согрешившего, чтобы ты своим пришествием к нам отпустил ему согрешение; пусть упразднится то поношение, которое лежит на нем за твое изгнание, пусть все уверятся, что ты примирился с ним: он раскаялся тогда в своем грехе, а ты, ради его покаяния и по нашему прошению, прийди к нам, св. владыка».
В 1652 году митрополит Никон был избран патриархом, но… отказался от этой высокой чести. В Успенском соборе, при мощах св. Филиппа митрополита, царь, всенародно «простершись на земле» и проливая слезы со всеми окружавшими, умолял Никона не отрекаться. Тогда Никон, обратясь к царю, боярам и наполнявшему собор народу, спросил: «Будут ли почитать его и слушать, как начальника, пастыря и отца, елико вам возвещать буду о догматах Божиих и о правилах?» Все с клятвой обещали, что будут, – и Никон согласился.