Итак, вступая на патриарший престол московский и всея Руси, Никон заставил царя, бояр, освященный собор и весь народ дать торжественную клятву перед святынями всей земли, что все будут его слушаться. «Так поступить Никон считал нужным, очевидно, имея в виду какие-то свои особые цели… о которых царь не подозревал», – замечает проф. Н.Ф. Каптерев. Эта цель была одна – «реформировать исторически сложившиеся у нас отношения светской власти к духовной в том смысле, чтобы в лице, главным образом, патриарха освободить духовную власть от всецелого подчинения власти светской, поставить власть патриарха во всех церковных делах и управлении независимо от подавляющей ее царской власти, сделать ее в церковной области совершенно автономной и даже больше: поставить ее выше царской власти во всех церковных делах».
Этот свой взгляд Никон обнародовал в 1655 году в предисловии к Служебнику, изданному по его благословению. Здесь читаем, что Бог даровал России «два великие дара» – царя и патриарха, которыми все строится как в церкви, так и в государстве. Поэтому «должно убо всем повсюду обитающим православным народом восхвалити же и прославити Бога, яко избра в начальство и снабдение людем своим сию премудрую двоицу: великого государя царя Алексея Михайловича и великого государя святейшего Никона патриарха, иже… праведно и подобно преданные им грады украшают, к сим суд праведен храняще, всем всюду сущим под ними тоже творити повелеша… Тем же благословен Бог, в Троице Святей славимый, таковых великих государей в начальство людей своих избравый! Да даст же им, государем, по пророку, желание сердец их… яко да под единым их государским повелением вси, повсюду, православнии народи живуще, утешительными песньми славити имут воздвигшего их истинного Бога нашего…».
В 1654 году, в мае, царь отправился в поход против Польши и пробыл в отлучке до ноября 1655 года. За все это время высшее управление государством, по поручению царя, находилось в руках патриарха Никона. Патриарх стал именовать себя, с соизволения государя, великим государем и усвоил себе такой пышный титул: «Великий государь святейший Никон, Божиею милостию архиепископ царствующего града Москвы и всея Великия и Малыя и Белыя России патриарх». В царских указах новый титул патриарха прописывался рядом с царским: «указал великий государь, царь, великий князь, всея Великия и Малыя и Белыя России самодержец и мы, великий государь святейший Никон, патриарх московский и всея Руси».
На время отсутствия царя Никону были подчинены наместник царя и Боярская Дума. Начальники приказов и бояре должны были каждое утро являться к патриарху с докладами и не могли решать без него ни одного дела. За опаздывание с докладами Никон делал суровые замечания виновным.
Такое первенствующее положение патриарха Никона кололо глаза высшему московскому боярству. Отдельные лица этого круга пытались и явно, и тайно подкапываться под «великого государя» патриарха, нашептывая на него царю или громко обвиняя в самовластии. Никон не обращал внимания на замыслы своих врагов, а когда его предупреждали, не обинуясь говорил, что ему нечего бояться, что его положение, как «великого архиерея», слишком высоко. «Патриарх, – говорил Никон, – есть образ жив Христов и одушевлен, делы и словесы в себе живописуя истину»; по мнению Никона, патриарх есть «образ самого Христа, глава церкви, князь людей». «Мы от Бога есмы; разумеваяй Бога послушает нас, иже несть от Бога не послушает». Свой суд Никон считает не подлежащим никакому пересмотру. «Правила св. отец, – говорит он, – не оставляют патриарший суд никому посуждати».