Если еще в бытность Никона новгородским митрополитом подчиненные его говорили, что лучше жить в Новой Земле за Сибирью, чем служить под его начальством, то бояре и высшее духовенство, страдавшее от самовластия Никона, не могли не питать враждебных чувств к патриарху. Царю, конечно, доносили о всех действиях патриарха. За время похода и сам царь изменился. «Поход, деятельность воинская и полная самостоятельность во главе полков, – говорит историк С.М. Соловьев, – развили царя, закончили его возмужалость; благодаря новой деятельности, им было пережито много, явились новые привычки, новые взгляды. «Великий государь» возвращается в Москву и застает там другого «великого государя», который за это время, будучи неограниченным правителем, тоже развился вполне относительно своего характера и взглядов… Никон не был из числа тех людей, которые умеют останавливаться, не доходить до крайности, умеренно пользоваться своею властью. Природа, одарив его способностью пробиваться вперед, приобретать влияние и власть, не дала ему нравственной твердости умерять порывы страстей; образование, которого ему тогда негде было получить, не могло в этом отношении помочь природе; наконец, необыкновенное счастье разнуздало его совершенно, и неприятные стороны его характера выступили резко наружу, а глубокое уважение со стороны царя и всех подражавших ему отуманило его и действительно заставило считать себя вязателем во всех делах, обладающим высшими духовными дарами». В новое издание церковных постановлений, Номоканон, Никон, конечно, не без цели, включил легенду о даровании царем Константином города Рима римскому епископу. На этой легенде римские папы, как известно, обосновывали свое право на обладание светской властью. На своей печати патриарх Никон изобразил все атрибуты вяжущей и разрешающей власти – здесь и крест, и жезл, Евангелие, благословляющая рука, ключ ап. Петра, образ Спасов, светильник, а увенчано все это коронованной митрой.
Пока Никон правил государством, он не чувствовал над собой власти; в свою очередь, и царь, находясь далеко от столицы, в армии, не мог тяготиться разрастающейся властью патриарха, ставшей рядом с его собственной. Но, когда оба «великие государи» сошлись вместе, взаимное неудовольствие не замедлило сказаться, а раздуваемое сплетнями и общими стараниями врагов Никона разгорелось до вражды. Да патриарх и действительно во многом превышал свою власть, жалобы на него сыпались со всех сторон. Но он считал себя в праве действовать так, как действовал. Несмотря на ясные указания Уложения относительно суда над духовными лицами, Никон не допускал судить духовных в приказах, постоянно жаловался на стеснение своей власти и неоднократно, по его словам, «докучал» царю, чтобы он «искоренил проклятую книгу».
Уложение навлекло на себя гнев патриарха потому, что в своих статьях о духовных делах подводило эти дела под общий уровень гражданских прав. С этой целью по Уложению большое значение в жизни духовенства должен был иметь Монастырский приказ – особое самостоятельное судебное учреждение, со светскими судьями во главе. Монастырскому приказу были подчинены, по всем гражданским делам или во всех гражданских исках, все духовные лица от высших до низших: все митрополиты, епископы, наравне со своими приказными и дворовыми людьми. Уложение было издано до патриаршества Никона, и Никон, тогда еще только архимандрит, подписался под ним «по неволе», как он говорил потом. Новгородским митрополитом он согласился быть только после того, как царь освободил от подсудности Монастырскому приказу всю Новгородскую епархию. Тем менее мог подчиняться Никон Монастырскому приказу, когда сделался патриархом. Это было невозможно при его понимании высоты и силы патриаршей власти. И Никон неустанно борется против ненавистного ему Уложения.
«Гражданское законодательство, – по мнению патриарха Никона, – должно согласоваться с божественными законами, потому что суд в своем начале есть суд Божий, а не царский: он предан людям не человеком, а Богом, ложных же законодателей всегда постигает кара свыше. Правда, цари преследовали иногда посланников Божиих, но зато и царства их погибали и запустели! И разве не сбылось то же самое и на нас? Все города Московского государства постигла моровая язва; сердце царя смутилось, царское семейство не знало, куда бежать. Господь обратил Москву и окрестные города в пустыню; души грешников погибли, ад отверз уста свои, множество славных, богатых и нищих приняли смерть. Так покарал Бог за неправду и беззаконие!»