В середине августа Мария переехала в Пиблшир, где охотилась на оленей среди холмов в окрестностях реки Меггет-Уотер. Морей, Мар и Босуэлл все время сопровождали ее, тогда как Дарнли появлялся лишь изредка. 22 августа Мария прервала свой отдых. Случилось нечто такое, что заставило ее почувствовать опасность и возродило страхи, которые терзали ее после убийства Риццио. Внезапно королева на два дня вернулась в Холирудский дворец. До сих пор принц Джеймс оставался со своей кормилицей в Эдинбургском замке, под присмотром Мара и его жены. Мария испугалась, что сына собираются украсть, и решила перевезти его в более безопасное место, в замок Стирлинг — крепость на скале, где когда-то ее саму прятала мать.
Она боялась, что Дарнли похитит Джеймса, поскольку понимала, что рождение сына снова изменило баланс власти. Королева значительно укрепила свои позиции, по крайней мере на какое-то время. Она произвела на свет наследника мужского пола и обеспечила династическую преемственность в Шотландии. Появление наследника также ослабило ее зависимость от шотландской знати. Но, как это ни парадоксально, сделало ее более уязвимой в долговременной перспективе, поскольку если Дарнли или лорды решат выступить против нее, они могут захватить наследника престола и назначить регента, который будет править до совершеннолетия мальчика, тем самым обеспечив себе власть на пятнадцать или двадцать лет. Не желая рисковать, Мария собрала отряд из пятисот аркебузиров, которые окружали паланкин принца Джеймса во время путешествия из Эдинбурга в Стирлинг. Там она снова оставила сына на попечение Мара и его жены. После благополучного завершения переезда Мария вернулась в Пертшир, чтобы продолжить свой отдых. Теперь, когда Джеймс был надежно защищен, она даже нашла в себе силы охотиться с собаками и соколами вместе со своим лицемерным мужем. Королева старалась соблюдать приличия. Последнюю неделю августа они провели в Гленарти, изобилующем благородными оленями охотничьем угодье в окрестностях озера Лох-Ирн. Оттуда королевская чета отправилась в замок Драммонд неподалеку от Криффа, после чего вернулась в Стирлинг.
К началу сентября Мария немного успокоилась. Она даже вняла просьбам Морея и Атолла и позволила Мейтланду снова занять должность ее секретаря. Он прибыл в Стирлинг 4 сентября, и на следующий день ужинал с королевой наедине. Мейтланд заверил королеву в своей верности, после чего Мария вернулась в Эдинбург. Мейтланду было приказано прибыть в столицу 11-го числа, и вскоре должно было состояться его примирение с Босуэллом. Трудно сказать, насколько искренним было это примирение, но Мейтланд радостно сообщал Сесилу, что вернулся ко двору и снова получил доступ к рычагам власти.
Дарнли же пребывал в ярости. Мария, полагал он, мирится с лордами для того, чтобы создать коалицию против него. Никаких причин для подобных подозрений у него не было. Королева всего лишь пыталась восстановить порядок и мир между враждующими фракциями после хаоса, вызванного заговором и убийством Риццио. Но Дарнли упорствовал в своем заблуждении. Когда Мария вернулась в Стирлинг, чтобы вместе с ним поехать в Эдинбург, он отказался покидать замок. Дарнли вел себя непозволительно, не стесняясь даже нового французского посла, Филиберта дю Крока, которого прислали в Шотландию вместо Кастельно.
Дарнли сделал шокирующее заявление. Он намерен расстаться с Марией и жить за границей. Это было сказано, как выразился дю Крок, «в припадке отчаяния». Тирада Дарнли накалила обстановку до предела. Мария «взяла его за руку и умоляла, во имя Господа, сказать, давала ли она повод для такого решения, просила его ничего не скрывать и не щадить ее». Но Дарнли оттолкнул ее. Даже лорды были изумлены. Они тоже хотели, чтобы он остался в Шотландии, поскольку речь шла не только об унижении брошенной королевы — Дарнли, планирующий заговор за границей, был опаснее Дарнли, планирующего заговор дома.
Дю Крок был озадачен этой ссорой. Ему еще не приходилось видеть подобного, особенно когда Дарнли признался, что у него нет никаких претензий, за исключением ярости оттого, что его должным образом не признают королем. Ему не давала покоя мысль, что Мария отказалась его короновать. Несмотря на многочисленные попытки успокоить Дарнли, он продолжал бушевать. Наконец он заявил Марии: «Прощайте, мадам, Вы не скоро увидите мое лицо». Потом повернулся к лордам, сказал: «Прощайте, джентльмены», — и вышел из зала.