Мария вернулась в Эдинбург. Когда через неделю Дарнли появился у ворот Холирудского дворца, настаивая, что ее советники должны удалиться, прежде чем он войдет, жена сама втащила его внутрь. Почти всю ночь она пыталась образумить супруга, но, потерпев неудачу, созвала Тайный совет, на котором в качестве независимого свидетеля на заседании присутствовал дю Крок. От Дарнли потребовали внятно изложить свои претензии, однако он не смог сказать в ответ ничего вразумительного, а продолжал настаивать на расставании с Марией. Тогда Тайный совет официально обратился к Екатерине Медичи, предупредив ее, что он сумасшедший и что будет искать помощи Франции при создании королевского двора в изгнании.
Затем Мария тяжело заболела. Это случилось в Джедборо, недалеко от границы с Англией. Она давно хотела приехать сюда и председательствовать на заседании специального разъездного суда, который рассматривал уголовные дела, проводя около недели в каждом месте. Сессию суда, на которой должны были рассматриваться дела также из Тевиотдейла и Лиддесдейла, отложили из-за позднего урожая, но она должна была начаться 8 октября. Босуэлл, в юрисдикции которого как лейтенанта «пограничного края» находились эти области, покинул Эдинбург 5 октября, чтобы подготовиться к визиту королевы.
Дарнли, все еще угрожавший уехать за границу, отказался сопровождать Марию. Но Морей, Аргайл, Мейтланд, Атолл и Хантли были в числе сорока человек, составивших королевскую свиту. Едва успев миновать Бортвик, в 11 милях к юго-востоку от Эдинбурга, Мария получила известие, что Босуэлл попал в засаду, устроенную его давними врагами Эллиотами из Лиддесдейла, которые были известны своими разбойничьими набегами во всем «пограничном крае».
Поначалу королеве сообщили, что Босуэлл убит, но потом выяснилось, что он жив, но ранен мечом в голову, грудь и руку. На носилках его доставили в Хермитедж, его ближайшую цитадель в долине реки Хермитедж-Уотер, но состояние его было серьезным. Мария нанесла ему визит, но лишь спустя неделю. Эти факты известны нам из докладов Сесилу от лорда Скроупа и сэра Джона Форстера, английских чиновников, наблюдавших за событиями из Карлайла и Берика. Поскольку, подобно всем англичанам, они ненавидели Босуэлла, то вряд ли стали скрывать его неблаговидные поступки.
По их словам, Мария действительно посетила Хермитедж, но не сразу после прибытия в Джедборо. Сначала она участвовала в заседаниях разъездного суда, которые продлились неделю, и только 15 октября, после закрытия сессии, она поехала навестить Босуэлла. Ее беспокоили его ранения: как бы то ни было, он был одним из самых доверенных членов Тайного совета. Босуэлл, лейтенант «пограничного края» с полномочиями усмирять грабителей и бандитов, 16 октября должен был открыть новую сессию разъездного суда в Лиддесдейле, и Мария, возможно, планировала присутствовать на ней. Кроме того, она приехала домой к Босуэллу не одна. Вопреки более поздним клеветническим измышлениям, ее сопровождал Морей и все влиятельные придворные. Может, они собирались переночевать в Хермитедже? Если и собирались, то передумали. Они пробыли в замке всего два часа и в тот же день вернулись в Джедборо. Им пришлось преодолеть около 30 миль в каждую сторону по пересеченной местности. Это может казаться невероятным, однако следует учесть, что в те времена 40 миль в день считались нормой. Путешествие длиной 50 миль — многовато, но не считается чем-то необычным. В хорошую погоду можно было преодолеть и шестьдесят.
Путешествие Марии пришлось на 15 или 16 октября — Скроуп и Форстер приводят разные данные. Затем, 17 октября, Мария тяжело заболела. Несколькими днями раньше она жаловалась на «хандру». В конце концов она слегла с сильнейшими болями в левом боку. Ее несколько раз рвало кровью, и она теряла сознание. Два дня Мария страдала от судорог и фактически потеряла способность говорить. На третий день она ослепла. 24 октября наступило улучшение, но на следующий день начался новый приступ. На пике болезни королева полчаса лежала как мертвая: «глаза закрыты, губы сжаты, ноги и руки неподвижны и холодны».
Марию спас ее французский хирург, Шарль Но, о котором отзывались как «о величайшем знатоке своего дела». Он очень туго перебинтовал Марии руки и ноги, сделал массаж, а затем насильно раскрыл ей рот и влил немного вина. Кроме того, он сделал клизму. Эти процедуры вызвали у больной рвоту и понос, в результате чего вышло много «плохой» (свернувшейся) крови. Через три часа у нее восстановились зрение и речь, началось потоотделение. Это была блестящая работа хирурга; при невозможности переливания крови такая процедура — наилучшая из доступных.