Те из латышей, кто дожил до 1940 года, смогли вздохнуть облегченно. После присоединения Латвии к Советскому Союзу они сразу оказались востребованными на высоких постах на своей бывшей родине — проводить быструю большевизацию страны. Латышей-коммунистов искали во всему Союзу и отправляли их в Ригу. В их числе оказался и Карл Пуго, ставший секретарем Рижского горкома ВКП(б). Первым секретарем столичной парторганизации по совместительству, как тогда было принято, оставался Ян Калнберзин, первый секретарь республиканского ЦК, тоже бывший латышский стрелок.
Через год, когда началась война, семье Пуго пришлось срочно эвакуироваться из Риги, захваченной немцами уже 1 июля. Советским войскам стреляли в спину националисты, а немцы входили в город под приветствия местных жителей. А Пуго оказались в Кировской области, затем семья переехала в Москву и вернулась в Ригу уже только в конце 1940-х годов.
За это время в Латвии произошло много драматических событий — трехлетняя нацистская оккупация, последующий новый приход Советов. Латыши в массе своей встречали немцев как освободителей — года советской власти им хватило понять все прелести режима, а буквально за неделю до начала войны прошла депортация 15,5 тысячи человек во исполнение постановления ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 16 мая 1941 года «О мероприятиях по очистке Литовской, Латвийской и Эстонской ССР от антисоветского, уголовного и социально опасного элемента».
Однако немцы менее всего думали о предоставлении Латвии независимости. Был учрежден рейхскомиссариат Остланд, отвечавший за управление Прибалтикой и Белоруссией, составной частью которого стал Генеральный округ Латвия. Латышей допустили лишь до участия в так называемом «Латвийском самоуправлении» — вспомогательной организации при рейхскомиссариате. Гораздо активнее их использовали как пушечное мясо, призвав более ста тысяч человек в Латышский легион СС и прочие вспомогательные части. Местные коллаборационисты также активно участвовали в истреблении евреев.
В памяти же коренного населения, как это обычно бывает, остались лишь репрессии коммунистов, а то, что делали немцы и их пособники, либо сразу не замечалось, либо быстро забылось, либо всячески оправдывалось. Латышам хотелось чувствовать себя единственной жертвой.
Борис, родившись на территории России, рос в атмосфере русской речи и русско-советской культуры. Говорить по-латышски было небезопасно даже в семье. Да это не имело и практического смысла — как не овладевают языком родителей дети иммигрантов в Америке. В итоге он так и не выучил «родного» языка, при том что и мать, и отец были латышами. Он мог лишь понимать устную речь, но не говорить сам. Это обстоятельство, малозначимое в советское время, сказалось на его карьере уже в конце 1980-х, когда стало очевидно: первый секретарь без беглого латышского не может руководить республикой.
Карл Пуго под конец ушел с партийной работы, стал проректором Рижского университета, а затем возглавлял республиканскую партийную школу. Ушел из жизни он сравнительно рано, в 1955 году, не дожив и до шестидесяти лет.
Хотя латыши и ненавидели советскую власть, утвердилась она в республике относительно мирно. Борьба «лесных братьев» того размаха, как в Литве, не приобрела. А в 1949 году были депортированы еще 42 тысячи человек, потенциально «опасных». Поэтому физической опасности для коммунистов, в том числе высокопоставленных, как Карл Пуго, не существовало. Однако его сын не мог не ощущать на себе, что он член семьи «угнетателя», приехавшего в обозе московских захватчиков. Кроме того, языковой фактор отдалял его от сверстников, вынуждая вращаться в русскоязычной среде.
В семье старых большевиков царила пуританская дисциплина, гармонировавшая парадоксальным образом с немецким пуританством латышей. При доступе к «блату» обладанием им не считалось самоцелью, вообще говорить о материальных и финансовых преференциях руководству считалось неприличным, как и стремиться к ним. Ранняя смерть отца, как это ни удивительно прозвучит, способствовала карьере молодого Бориса, поскольку в советское время было не принято выдвигать на «ответственную» работу детей действующего начальства. Да они и сами не охотно на нее шли, как правило, ибо она подразумевала не только льготы и привилегии, но и неограниченный рабочий день, жесткую дисциплину и беспрекословное подчинение начальству.