В РСФСР и других республиках ускоренно переподчиняли себе министерства внутренних дел. В России таковое было воссоздано (с 1966-го его не существовало) еще при Бакатине в 1989-м, а в 1990-м его возглавил Виктор Павлович Баранников, человек, уже ориентированный на Ельцина. И милиция на местах уже не знала — кого слушать, какого министра, кому подчиняться?
В тот же день, 1 декабря, прошло и другое назначение — Борис Громов стал первым заместителем министра внутренних дел. Таким образом, изначально должна была действовать связка — опытный партийный работник с чекистским прошлым и боевой афганский генерал. Борис Громов, командовавший 40-й армией в Афганистане и руководивший выводом советских войск из этой страны, был известен на всю страну и пользовался популярностью как бравый и телегеничный военачальник. К моменту назначения он служил командующим Киевским военным округом. Предполагалось, что в годину межнациональных конфликтов он внесет в работу МВД строгость и требовательность героя-«афганца», особенно с учетом его боевого опыта. Те, кто видел в Громове всего лишь солдафона, ошибались. Он оказался хитрым и ловким деятелем, и его политическая карьера продлилась после перевода в Москву более двадцати лет. Уже в мае — июне 1991 года он принял участие в президентских выборах в РСФСР, баллотируясь как кандидат в вице-президенты вместе с Николаем Рыжковым.
Едва Борис Пуго был утвержден в своей должности, как начались события в Прибалтике, в том числе в его родной Риге. К тому времени ОМОН был переведен напрямую в союзное подчинение, чтобы этим мощным оружием не воспользовались местные националисты. К тому же местные МВД отказались финансировать ОМОНы, которые этнически были в основном русскоязычными. В Вильнюсе, в столкновениях 11–13 января, ОМОН играл подчиненную роль, во главе были десантники и «Альфа». Однако в Риге омоновцы вышли на первый план. Именно они захватывали здания, принадлежащие местной милиции, в ходе чего 20 января состоялась перестрелка возле МВД Латвии, в которой погибли семь человек.
Все делалось непоследовательно, без плана, поэтому результат оказался половинчатым, а точнее, не в пользу Центра. ОМОН удерживал ряд объектов в столицах республик, но политически ситуация развивалась неблагоприятно для Москвы. Правительства националистов сохранились, антирусские, антисоветские настроения усилились. Наступил период неопределенности, когда обе стороны готовились делать решительные шаги. Центр противостояния переместился на… границы.
Государственных границ, разумеется, тогда еще не было, но на административных литовские власти пытались устанавливать таможенные и пограничные посты. Как признавался один из дежуривших на них сотрудников, «это и не была таможня в полном смысле слова. Был просто вагончик с литовским флагом, — то есть больше политическая акция, демонстрация всему миру намерений маленькой Литовской Республики стать независимой».
После введения правительством в Вильнюсе в апреле 1991 года ограничений на вывоз товаров из республики таможенники начали проверять и задерживать автотранспорт. Поскольку это решение противоречило законам СССР, по приказу Бориса Пуго с середины до конца мая проводилась операция по разблокированию незаконных таможен силами Рижского и Вильнюсского ОМОНов. Как это обычно бывает, силовые акции и сопротивление им привели к человеческим жертвам. Самым трагичным стало нападение на таможенный пост в Мядининкае на границе Литвы и Белоруссии в ночь с 30 на 31 июля 1991 года, когда были расстреляны семь человек. До сих пор обстоятельства этого убийства в точности неизвестны, хотя в причастности к нему подозревался Рижский ОМОН. При этом Горбачев, как и в случае с событиями в Вильнюсе, утверждал, что ему ничего не известно о действиях ОМОНа по ликвидации незаконных постов.
В любом случае Борис Пуго в связи с событиями в родной Латвии, где власти также создавали таможенные посты, и в Прибалтике вообще, оказался между молотом и наковальней. Он видел, что Горбачев может предать в любой момент и уйти от ответственности, кулуарно же побуждая «действовать». Еще в апреле 1990 года прошел XXV съезд компартии Латвии, на котором ЦК КПСС представлял Борис Пуго. Но несмотря на его участие на съезде, не удалось предотвратить главного — раскола местной компартии. Если коммунисты, оставшиеся верными Москве, избрали первым секретарем Альфреда Рубикса, председателя Рижского горисполкома, согласившегося уйти с хозяйственной работы на партийную в то время, когда это становилось совсем не модным, то раскольники, создавшие Латвийскую независимую коммунистическую партию, избрали своим лидером Ивара Кезберса, до того — секретаря по идеологии, что подчеркивает тот хаос и неуправляемость, которые воцарились в политике.