Другим важным направлением деятельности министра внутренних дел Советского Союза стал Нагорный Карабах. К моменту назначения Бориса Пуго главой МВД в этом районе и вокруг него уже более двух с половиной лет лилась кровь, сотни тысяч людей стали беженцами, сформировались боевые отряды армянских националистов, ведших борьбу за выход Карабаха из состава Азербайджана. Горбачев же, будучи пленником своего имиджа миротворца, никак не мог решиться на кардинальные действия по прекращению конфликта, всякий раз замахнувшись, он опускал руку. В результате ситуация только усугублялась, и парадоксальным образом обе стороны все сильнее начинали ненавидеть президента СССР, утверждая, что именно он поддерживает их противников. И сегодня для армян и азербайджанцев Горбачев — кровавый палач.
В апреле — мае 1991 года в Шаумяновском районе Азербайджана, не входившем в Нагорный Карабах, но заселенном преимущественно армянами, проходила операция «Кольцо», в которой главную роль играли внутренние войска. Целью операции, разработанной вылетавшим на место Борисом Громовым, было разоружение боевиков, фактически взявших под свой контроль ряд сел района. При этом жителям предлагалось временно переселяться в другие районы — на период проверок и зачистки местности. Как можно представить, главный удар пришелся именно на мирное население, которое страдало от обстрелов и насильственных депортаций. Советские внутренние войска, и особенно подразделения азербайджанского ОМОНа, совсем не были подразделениями типа современных ооновских миротворцев. Это были молодые люди со вполне советским менталитетом, так что на проявления с их стороны грубости и грабежей удивляться не стоит.
Армянская сторона подняла информационный шум, долетевший моментально до заграницы, и американский сенат принял специальное постановление, осуждавшее насилие и депортации в Нагорном Карабахе. К июню основные боестолкновения утихли; как и в Прибалтике, в Карабахе установилось неустойчивое перемирие. Исходные цели были отчасти достигнуты, боевиков вытеснили из нескольких сел, но потенциал незаконных вооруженных формирований уничтожен не был, а информационно война была окончательно проиграна. Ни о каком мирном диалоге речи идти не могло, позиции противоборствующих сторон стали еще более непримиримыми. Хуже всего было то, что в противостояние оказались втянутыми армянские и азербайджанские милиционеры. Получилось так, что сотрудники МВД, вроде бы подчинявшиеся Москве, воевали друг с другом, ибо армянское МВД оказывало помощь боевикам в Карабахе. Эта нелепая ситуация показывала, как далеко зашел развал правоохранительных органов и как были ограничены возможности Бориса Пуго.
Требовал его внимания и приднестровский конфликт, несколько приутихший после столкновений осенью 1990 года, но непризнанная Молдавская Приднестровская Советская Социалистическая Республика никуда не делась, и Кишинев не оставлял намерений силой возвратить ее в состав Молдавии.
Много сил и времени у Бориса Пуго забирали многотысячные политические демонстрации в Москве, почти беспрерывно шедшие в феврале — марте. Так, 10 марта Манежную площадь заполонили около 300 тысяч человек. Комментируя демонстрацию 28 марта, Пуго, как передавала газета «Московский комсомолец», заявил, что «неблагополучная молодежь из Зеленограда и Тушина, многие из которых „находились в состоянии алкогольного или наркотического опьянения“, вела себя агрессивно и даже пыталась раскачивать автомобили».
Немедленно последовало возражение:
«МИНИСТРУ ВНУТРЕННИХ ДЕЛ СССР ПУГО Б. К.
Мы, студенты Московского института электронной техники, не соглашаясь с целым рядом положений Вашего, г. министр, сообщения на заседании Верховного Совета СССР 28 марта 1991 года, выражаем особо решительный протест против той части сообщения, которая касается Зеленограда и Тушина, в том числе и молодежи этих районов. В сообщении заявляется, что неблагополучная молодежь из Зеленограда и Тушина, многие из которых находились в состоянии алкогольного или наркотического опьянения, вела себя агрессивно и даже пыталась раскачивать автомобили. Таким образом, черная тень министерской речи пала на молодежь Зеленограда и Тушина.
Мы требуем от Вас, господин министр, публичного извинения, которое должно быть сделано на том же уровне, на котором было нанесено оскорбление…
В случае непринятия нашего требования оставляем за собой право требовать удовлетворения за оскорбленную честь молодежи любыми средствами, не противоречащими законам Российской Федерации.
Подписи студентов МИЭТ прилагаются на экземпляре в Президиум Верховного Совета РСФСР