Папская булла, в которой приказывалось арестовать тамплиеров, была получена на острове только в мае 1308 г., и нечего было думать произвести арест тайно и внезапно, так как тамплиеры знали уже о том, что произошло во Франции. Число врагов их было велико вследствие участия, которое они приняли в политических распрях эпохи; только через них регент Амори Тирский мог добиться власти. Он поторопился повиноваться предписаниям, полученным из Рима, однако не без некоторого страха, так как тамплиеры сначала приняли оборонительное положение. Но сопротивление для них было невозможно, и через несколько недель они покорились; имущество их было секвестровано, сами они были арестованы на честное слово; в таинствах им отказано не было.
Подобное положение продолжалось два года; затем, в апреле 1310 г., аббату из Але и старшему священнику из Риети Томассо в качестве папских инквизиторов было поручено начать расследование как относительно отдельных братьев, так и всего ордена вообще, при помощи епископов Лимиссо и Фамагосты. Следствие началось 1 мая и тянулось до 15 июня, когда дело было сразу оставлено, несомненно, вследствие волнения, вызванного убийством регента Амори. Все тамплиеры острова, числом семьдесят пять, и пятьдесят шесть других свидетелей были надлежащим образом допрошены по всем многочисленным пунктам обвинения. Единодушное отрицание виновности, выказанное всеми тамплиерами, и их смелое утверждение чистоты ордена показывают, что пытка не была применена. Но еще более ясно выступает их невинность из показаний, данных посторонними свидетелями, духовными лицами всех степеней, вельможами и горожанами; хотя многие из них были политическими врагами обвиняемых, тем не менее все они решительно показали в пользу ордена. По словам некоторых из этих свидетелей, им были известны только факты, делавшие честь ордену. Все подробно говорили о милостивой щедрости ордена; некоторые остановились на горячей ревности, с которой тамплиеры выполняли свои религиозные обязанности. Один или два свидетеля упомянули о подозренияхвозведенных в народе таинственностью, окружающей заседания капитулов и прием неофитов; доминиканский приор Никозии повторил слухи, принесенные его собратьями из Франции после арестов тамплиеров, а приор госпитальеров Симон де Сарезариис сказал, что он получил от своих корреспондентов подобные же сведения; но не подлежит никакому сомнению, что на Кипре, где тамплиеров знали лучше, чем где-либо в другом месте, к ним чувствовали симпатию не только друзья, но и враги, и особенно все те, кто долгое время был с ними в близких отношениях; никто не поставил в вину ордену никакого преступления, пока виновность его не была так беспричинно подтверждена буллами Папы.
Когда все эти данные были сообщены Клименту, он был крайне недоволен. В августе 1311 г., видя приближение Вьеннского собора, он спешно послал строгие приказания по двергнуть тамплиеров пытке и получить от них нужные сознания. Чем окончилась эта попытка, нам не говорит ни один документ.
Письмо, посланное Филиппом королю Арагонскому, Якову II, 16 октября 1307 г., сопровождалось письмом доминиканца бр. Ромео де Брутера, который писал, что он лично присутствовал при сознании Иакова Моле и многих других обвиняемых. Тем не менее Яков, подобно Эдуарду II, ответил 17 ноября горячей похвалой тамплиеров своего королевства и отказался арестовать их, пока не получит положительных улик их виновности или приказаний, исходящих от самого Папы.
Через два дня он писал Клименту, спрашивая его совета и прося его указаний; но Климент ответил только 3 января 1308 г. Он указывал Якову на предписание от 22 ноября и обещал ему, если он последует им, вечное блаженство. Но Яков начал действовать раньше получения этого ответа; когда он получил 1 декабря 1307 г. посланную с нарочным буллу 22 ноября, то сразу перестал колебаться.
Епископ Валенсии Рамон и епископ Сарагоссы Хименес де Луна находились в это время как раз при дворе, и король приказал им произвести тщательное расследование о тамплиерах каждому в своей епархии. Одновременно с этим инквизитору Арагонии, брату Хуану Льотгеру, было предложено уничтожить ересь. Так как ожидали некоторого сопротивления, то 3 декабря были разосланы королевские грамоты, в которых приказывалось немедленно арестовать всех членов ордена и секвестровать их имущество. Инквизитор издал указы, вызывавшие тамплиеров явиться на суд перед его трибуналом в доминиканском монастыре в Валенсии, чтобы изложить свою веру; всем местным чиновникам запрещалось при этом оказывать помощь обвиняемым.