Равным образом Яков созвал на 6 января 1308 г. собор прелатов для обсуждения дела совместно с инквизитором. Но даже и это рвение не удовлетворило нетерпения Климента; в грамоте от 22 января Папа говорит, что враг рода человеческого ослабил рвение короля в послушании приказаниям Св. Престола, и приказывает ему, не колеблясь, делать свое дело. Настойчивость Климента вызывалась скорей его нетерпением, чем мягкостью Якова.
Было произведено много арестов; некоторые из братьев сбрили себе бороды, сняли свои одежды и успели скрыться; другие пытались бежать морем, захватив с собою большую часть своего богатства, но буря выбросила их на берег, и они были арестованы. Но большинство рыцарей заперлось в своих замках. Рамон Са-Гвардиа, наставник из Mac-Де в Руссильоне, действуя в качестве наместника командора в Арагонии, укрепился в Миравете; другие заняли крепости Аскон, Монтсо, Кантавиеха, Вилель, Кастельот и Чаламера. 20 января 1308 г. они были вызваны явиться на Таррагонский собор; они отказались, и Яков обещал прелатам употребить все силы государства, чтобы привести этих мятежников. Но задача оказалась далеко не из легких. Все светские сеньоры, за исключением графа Ургельского, виконта Рокаберти и епископа Гирона, обещали свое содействие; но тамплиеры пользовались симпатиями всего населения. Много молодых людей хороших фамилий стало на их сторону и присоединилось к ним в их замках; что же касается массы населения, то оно без всякой охоты повиновалось приказанию поднять оружие против них. Рыцари защищались мужественно. Первою сдалась на капитуляцию крепость Кастельот в ноябре месяце; немного спустя Са-Гвардиа, запертый в Миравете, получил от короля и не принял ультиматум, которым тамплиерам разрешалось выйти из крепости с оружием и удалиться группами по двое и по трое в назначенные для них места; они не имеют права удаляться со своих мест жительства на расстояние, в три раза большее полета стрелы из лука, и будут получать на свою жизнь щедрое содержание; король же, со своей стороны, попросит Папу, чтобы он приказал епископам и инквизиторам ускорить дело. 18 октября Са-Гвардиа обратился с воззванием к папскому вице-канцлеру Арнольду Фонфруа, а 22 октября к самому Клименту. Он выставлял заслуги ордена перед верой; много рыцарей, плененных сарацинами, томилось в темницах в течение двадцати или тридцати лет, тогда как отречение от веры сразу дало бы им свободу и богатство; даже в данную минуту 70 тамплиеров терпят это тяжелое испытание. Сами по себе они готовы явиться на суд Папы или защищать свою веру против обвинителей с оружием в руках, как это подобает рыцарям, но у них нет ни прелатов, ни адвокатов, чтобы защищать их дело в суде, – это дело Папы.
Миравет был уже вынужден сдаться на капитуляцию, когда Климент 5 января 1309 г. решил ответить на воззвание Са-Гвардиа; он ловко заявлял, что так как тамплиеры передали себя и свое имущество в его руки, то он послал, в качестве специального комиссара для приема всего этого, Бертрана, приора монастыря св. Кассиана в Безье. Остальные крепости тамплиеров скоро должны были уступить; только крепости Монтсо и Чаламера держались твердо до июля. Миссия Бертрана не была удачна. Ему было приказано передать в руки короля самих обвиняемых и их имущество, а взамен этого он должен был получить от короля расписки, достодолжным образом скрепленные королевской печатью; но Яков не был расположен отказываться от своих прав на захваченное имущество.
Он сослался на то, что большая часть этого имущества происходила от короны и что ему очень дорого стоили осады; он соглашался обещать только одно, что в случае, если собор уничтожит орден, он возвратит имущество, сохранив право короны на вознаграждение. Что касалось самих тамплиеров, то здесь король был более сговорчив: 14 июля он послал своим вигье приказ выдать узников инквизиторам и епископам по их первому требованию.
В 1310 г. Климент послал в Арагонию, как и в другие места, папских инквизиторов, специально уполномоченных вести дело. Эти лица встретили те же затруднения, что и их товарищи в Англии, так как в Арагонии закон не признавал пытки. В 1325 г. кортесы протестовали против применения этого метода и против инквизиционного судопроизводства как нарушающих установленные свободы страны; король принял протест и обещал, что пытка будет применяема только к фальшивомонетчикам и то только в том случае, если последние будут иностранцами или бродягами. Однако против тамплиеров инквизиторы действовали, как только могли. По их просьбе король июля 1310 г. приказал своим бальи заковать узников в цепи и обращаться с ними более строго.